امروز چهارشنبه 1 آذر 1396

مطالعه روش‌های پیش‌بینی ارزش اصلاحی ژنومی - مقایسه روش‌های BLUP سنتی، G- BLUP و روش تک‌مرحله‌ای SS- BLUP

Study of genomic prediction methods-Comparisons of traditional BLUP, G-BLUP and the single-step BLUP

MGJ-16-C-00256

ژنتیک جانوری

پژوهشی کامل

Fa

 

 

هدف از مطالعه حاضر مقایسه تفاوت صحت انتخاب ژنومی برای روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP و روش تک‌مرحله‌ای یا SS-BLUP برای صفات تولید شیر، مقدار چربی، مقدار پروتئین و تعداد سلول‌های سوماتیک شیر در گاوهای هلشتاین ایران بود. در این مطالعه از رکوردهای مربوط به داده‌های ژنومی 345 راس گاو هلشتاین ایران که با کمک تراشه نشانگری50 کیلوبازی شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده شد. ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفات مورد مطالعه به‌کمک نرم‌افزار MIXBLUP برآورد شدند. نتایج حاصل نشان داد که میانگین صحت پیش‌بینی ژنومی روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP و SS-BLUP به‌ترتیب برابر با 39/0، 47/0 و 54/0 بود. دامنه برآورد صحت از 32/0 برای صفت تعداد سلول‌های سوماتیک شیر در روش BLUP سنتی تا 59/0 برای صفت تولید شیر در روش SS-BLUP متفاوت بود. صحت پیش‌بینی ژنومی روش SS-BLUP نسبت به روش G-BLUP برای صفات تولید شیر، مقدار چربی، مقدار پروتئین و تعداد سلول‌های سوماتیک شیر به‌ترتیب 1/0، 07/0، 09/0 و 07/0 و نسبت به روش‌ BLUP سنتی 16/0، 14/0، 17/0 و 14/0 بیش‌تر برآورد شد. میانگین مربعات خطای پیش‌بینی در روش SS-BLUP برای تمام صفات مورد مطالعه نسبت به دو روش دیگر کمتر بود. ضرایب رگرسیون پیش‌بینی ژنومی برای روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP و SS-BLUP به‌ترتیب 77/0، 88/0 و 94/0 به‌دست آمد. به‌طور کلی نتایج این مطالعه نشان داد که با توجه به بالا بودن صحت پیش‌بینی ژنومی روش تک‌مرحله‌ای نسبت به دو روش دیگر و هم‌چنین اریب کمتر آن در صفات مورد مطالعه، استفاده از روش تک‌مرحله‌ای در مقایسه با دو روش دیگر، برای پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی در صفات تولیدی برای گاوهای هلشتاین ایران توصیه می‌شود.

The purpose of this study was to compare the accuracy of three genomic prediction methods based on traditional BLUP, G-BLUP and single step method ( or SS-BLUP) for milk (MY), fat (FY), protein yield (PY) and somatic cell count (SCC) in Iranian Holstein dairy cattle. In this study the genomic data records of 345 Iranian Holstein dairy cattle, genotyped using the Illumina Bovine SNP50 BeadChip, were used. Genomic breeding values for the studied traits was estimated by MIXBLUP software. Results showed that the mean of genomic prediction accuracy of traditional BLUP, G-BLUP and SS-BLUP was 0.39, 0.47 and 0.54 respectively. Accuracy estimation ranged from 0.32 for somatic cell count trait in traditional BLUP method to 0.59 for milk production trait in SS-BLUP method. Genomic prediction accuracies under SS_BLUP for the considered traits including MY, FY, PY and SCC were 0.1, 0.07, 0.09 and 0.07 higher than the corresponding values obtained under G-BLUP, respectively. The corresponding values under SS-BLUP were 0.16, 0.14, 0.17 and 0.14 higher than the values obtained under traditional BLUP. Mean squared error for SS-BLUP compared to other methods was lower for all traits. Genomic prediction regression coefficients under tradition BLUP, G-BLUP and SS-BLUP methods were 0.77, 0.88 and 0.94, respectively. Therefore, compared to traditional BLUP and G-BLUP, the SS-BLUP approach can significantly improve the accuracy of genomic prediction for milk production traits in Iranian Holstein cattle.

نویسندگان مقاله
ناممحل خدمتپست الکترونیکی

یحیی محمدی
y mohamadi

نویسنده مسئول

مرتضی ستایی مختاری
m Sattaei Mokhtari

نویسنده مسئول

محمد رزم کبیر
m Razmkabir

نویسنده مسئول

مقالات چاپ شده