امروز چهارشنبه 1 آذر 1396

بررسی ساختار ژنتیکی و آنالیز فیلوژنتیکی جمعیت بز خلخالی با استفاده از ژنوم میتوکندری

Invetigation of genetic structure of Khalkhali goat using mitochondrial genome

MGJ-16-C-00249

ژنتیک جانوری

پژوهشی کامل

Fa

 

 

گونه‌های بومی بخشی از سرمایه‌های ملی و ذخایر استرات‍‍‍ژیک هر کشور محسوب شده و به‌دلیل کاهش شدید جمعیت آن‌ها شناسایی، حفاظت و تکثیر این نژادها اهمیت زیادی دارد. در این تحقیق ناحیه کنترل میتوکندریایی (D_LOOP) برای بررسی تنوع ژنتیکی، ساختار فیلوژنتیک و ژنتیک جمعیت بز خلخالی استفاده شد. نمونه‌های خونی از 100 بز خلخالی جمع‌آوری شد. نمونه‌های DNA با استفاده از کیت استاندارد استخراج و با استفاده از پرایمرهای اختصاصی تکثیر شد. بعد از تعیین ژنوتیپ از طریق تشخیص الگوهای متفاوت با استفاده از نشانگر SSCP توالی‌یابی شدند. توالی‌های مربوط به دیگر گونه‌های مزرعه‌ای که همتراز با توالی‌های حاصل شده بودند به‌عنوان توالی برون گروهی از طریق NCBI به‌دست آمد. در 126 توالی به‌دست آمده در حدود 62 جهش و 37 هاپلوتیپ شناسایی شد. تنوع هاپلوتیپی و تنوع نوکلئوتیدی در بین گونه‌ها به‌ترتیب 915/0 و 069/0 بود. و در بز خلخالی به‌ترتیب 834/0 و 008/0 به‌دست آمد که نشان‌دهنده تنوع ژنتیکی کم در این نژاد می‌باشد. نتایج مربوط به مقایسه با سایر نژاد‌های بز نشان داد که جمعیت بز خلخالی جز هاپلو گروه A در بین انواع هاپلو گروه‌های شناخته شده در جهان می‌باشد.

Local species are considered as a part of national capital and strategic recourses. Due to significant decline of their population, identification, preservation and reproduction of local breeds is very important. In this study D-loop region of mtDNA was used for analyzing genetic diversity, phylogenetic and genetics structure of Khalkhali goat population. Blood samples were collected from 100 Khalkhali goats and, genomic DNA was extracted using DNA extracting kit and amplified with specific primers. Then, genotyping were performed using SSCP method and were sequenced through detection of different pattern. mtDNA sequences of other species were collected from NCBI (as outgroups sequences) and analyzed by using bioinformatics software’s. In total 62 mutations were identified in 126 sequences that cause 37 haplotype. Haplotype diversity, nucleotide diversity between species were 0.915 and 0.069 respectively. Genetic diversity and haplotype diversity of Khalkhali goat was 0.008 and 0.834 respectively, which indicated low genetic diversity in this breed. The comparison between khalkhali goat and others haplotypes showed that khalkhali goat were located on Haplogoup A.

نویسندگان مقاله
ناممحل خدمتپست الکترونیکی

وحیده کریمی
V Karimi

نویسنده مسئول

نعمت هدایت
N Hedayat Evrigh

hedayatuma[AT]gmail.com نویسنده مسئول

رضا سید شریفی
R Seyed Sharifi

نویسنده مسئول

سعید نیک بین
S Nikbin

نویسنده مسئول

مقالات چاپ شده