امروز جمعه 31 فروردین 1397

توالی‌یابی و تجزیه بیوانفورماتیکی قسمتی از راه انداز ژن بتاکازئین در شترهای تک‌کوهان و دو‌کوهان ایران

Sequencing and Bioinformatics analysis of partial promoter region of Beta Casein gene in Iranian Dromedary and Bactrian camels

MGJ-17-C-00270

ژنتیک جانوری

پژوهشی کامل

Fa

 

 

کازئین مهم‌ترین بخش پروتئین شیر است. ژن‌های کازئین و تنظیم بیان آن‌ها به خاطر اهمیت اقتصادی‌شان موضوع تحقیقات وسیع بوده‌اند. پیدا کردن عناصر تنظیمی مهم و آلل‌های چندشکل خاص در ناحیه راه‌انداز ژن‌های کازئین پایه خوبی برای انتخاب بر اساس مارکر ایجاد می‌کند. هدف از این مطالعه توالی‌یابی، آنالیز بیوانفورماتیکی و بررسی موتیف‌های قسمتی از راه‌انداز ژن بتا‌کازئین در شترهای تک‌کوهان و دو‌کوهان ایران و هم‌چنین بررسی تفاوت‌های تک‌نوکلئوتیدی (SNPs) در گونه شتر تک‌کوهان و دو‌کوهان ایران بود. تعداد 10 عدد نمونه خون شتر نر و ماده تک‌کوهان از کشتارگاه مشهد و تعداد پنج عدد نمونه خون شتر نر و ماده دو‌کوهان از ایستگاه تحقیقات منابع طبیعی و امور دام استان اردبیل تهیه شد. پس از استخراج DNA، واکنش زنجیره‌ای پلیمراز توسط آغازگرهای اختصاصی انجام شد و نمونه‌ها جهت توالی‌یابی به شرکت بایونیر ارسال شدند. توالی‌های مورد توافق برای شترهای تک‌کوهان و دو‌کوهان به‌دست آمد و بررسی موتیف‌ها، تجزیه و تحلیل تبارزایی و هاپلوتایپ‌ها انجام شد. بر اساس مقایسه توالی‌های به‌دست آمده با توالی‌های ثبت شده در پایگاه اطلاعاتی NCBI (بخشی از کل توالی)، مشخص شد که ناحیه مورد مطالعه، با وجود هاپلوتایپ‌های متفاوت، جهشی را نشان نمی‌دهد. بررسی‌ها هشت نوع هاپلوتایپ را در شتر‌های تک‌کوهان و پنج نوع هاپلوتایپ را در شتر‌های دو‌کوهان نشان داد.

Casein is the most important part of the milk protein. Casein genes and their expression regulation have been the subject of extensive research due to their economic importance. Finding important regulatory elements and specific polymorphic alleles in the casein promoter region of the casein gene provides a good basis for marker assistant selection. The objective of this study was sequencing, bioinformatics analysis and motifs evaluating of partial beta-casein promoter in Dromedary and Bactrian camels in Iran. The other goal of this study was to investigate single nucleotide differences (SNPs) in Dromedary camel and Bactrian camels of Iran.
Ten blood samples of male and female Dromedary camels from the slaughterhouse of Mashhad and 5 blood samples of Bactrian camels from the Natural Resources of Animal Research Station of Ardebil province were collected. After the DNA extraction, PCR reaction performed by gene specific primers and samples were sent to Bioneer Company for sequencing. Consensus sequence were obtained for Dromedary and Bactrian camels and motifs, phylogeny analysis and haplotypes were studied.
Based on the comparison of the sequences obtained with the sequences recorded in the NCBI database (part of the whole sequence), it was found that the studied region does not have SNPs, despite different haplotypes. The study revealed eight type of haplotypes in Dromedary camels and five haplotypes in Bactrian camels.

نویسندگان مقاله
ناممحل خدمتپست الکترونیکی

الیاس محمدی
E Mohammadi

نویسنده مسئول

مجتبی طهمورث پور
M Tahmoorespur

tahmoores[AT]um.ac.ir نویسنده مسئول

محمدرضا نصیری
MR Nasiri

نویسنده مسئول

هادی سخاوتی
H Hadi Sekhavati

نویسنده مسئول

نغمه ساعدی
N Saedi

نویسنده مسئول

مقالات چاپ شده