امروز دوشنبه 25 تیر 1397

ارزیابی ژنومی تک‌مرحله‌ای (Single Step GBLUP): مطالعه موردی در ارزیابی ژنومی گاو گوشتی

Single Step GBLUP (SS-GBLUP): case study using beef cattle genomic data

MGJ-16-C-00265

ژنتیک جانوری

پژوهشی کوتاه

Fa

 

 

روش تک مرحله‌ای (SS-GBLUP) انتخاب ژنومی در مقایسه با روش چند‌مرحله‌ای، با توجه به ادغام ماتریس خویشاوندی روابط ژنومی آللی و ماتریس خویشاوندی شجره‌ای و استفاده هم‌زمان تمام حیوانات ژنوتیپ شده و نشده در مدل‌های ژنومی اخیراً کاربرد وسیعی در برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی ایفا کرده است. هدف از مطالعه اخیر مقایسه تفاوت صحت ارزیابی ژنومی برای روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP، SNP-BLUP و SS-GBLUP برای صفت وزن لاشه در گاو گوشتی بود. نتایج این مطالعه نشان داد که متوسط صحت پیش‌بینی ژنومی روش‌های فوق به‌ترتیب برابر با 11/0±77/0، 21/0±88/0، 23/0±87/0 و 25/0± 95/0 برآورد شد. صحت پیش‌بینی ژنومی در روش SS-GBLUP نسبت به روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP و SNP-BLUP به‌ترتیب 18/0، 07/0 و 08/0 بیش‌تر برآورد شد. میانگین مربعات خطای پیش‌بینی برای روش‌های فوق به‌ترتیب 46/3، 21/2، 22/2 و 76/1 به‌دست آمد. روش SS-GBLUP با توجه به پایین بودن میانگین مربعات خطا و بالا بودن صحت پیش‌بینی ژنومی روش مطلوب‌تری بود. ضرایب رگرسیون پیش‌بینی ژنومی برای روش‌های SNP-BLUP، G- BLUP و SS-GBLUP به‌ترتیب 81/0، 82/0 و 90/0 به‌دست آمد و بنابراین اریب برآوردها در SS-GBLUP نسبت به دو روش‌ دیگر کمتر است.

Single step genomic selection method (SS-GBLUP) with combining genomic relationship matrix and pedigree relationship matrix and simultaneous use of all genotyped and ungenotyped animals has been used widely in estimating genomic breeding values (GEBV) in recent years. The purpose of the present study was to compare genomic selection accuracy of traditional BLUP, SNP-BLUP, G-BLUP and SS-GBLUP for carcass weight in beef cattle. Results showed that genomic prediction accuracy for the above methods were 0.77±0.11, 0.88±0.21, 0.87±0.23 and 0.95±0.25 respectively. Genomic prediction accuracy of SS_BLUP was 0.08, 0.07 and 0.18 higher than SNP- BLUP, G_BLUP and traditional BLUP. Mean squared error of above methods was 3.46, 2.21, 2.22 and 1.76 respectively. In general, the performance of single step method was better than other studied genomic evaluation methods. Moreover, the regression coefficient of corrected phenotype on GEBV was 0.81, 0.82 and 0.90 for SNP- BLUP, G-BLUP and single step method, respectively. Thus, the bias of GEBV for single step method was less than G-BLUP and SNP-BLUP.

نویسندگان مقاله
ناممحل خدمتپست الکترونیکی

یحیی محمدی
Y Mohammadi

mohamadi_yahya[AT]yahoo.com نویسنده مسئول

مرتضی ستایی مختاری
M Sattaei Mokhtari

نویسنده مسئول

محمد رزم کبیر
M Razmkabir

نویسنده مسئول

رستم عبدالهی آرپناهی
R Abdollahi-Arpanahi

نویسنده مسئول

مقالات چاپ شده