امروز جمعه 23 آذر 1397

شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی کنترل‌کننده‌ شدت فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ؛ مطالعه پویش ژنوم

Identification of single nucleotide polymorphisms underlying the strength of lysozyme activity in chicken, a genome-wide association study

mgj-17-c-00279

ژنتیک جانوری

پژوهشی کامل

Fa

 

 

در پژوهش حاضر، یک مطالعه همراهی در سطح ژنوم با هدف شناسایی نواحی ژنومیک کنترل‌کننده میزان فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ انجام شد. پرندگان تحت آزمایش از یک جمعیت F2 حاصل از تلاقی ضربدری لاین گوشتی آرین و سویه بومی مرغ آذربایجان غربی به‌دست آمد و آنالیزهای مربوطه با استفاده از پانل 60 هزارتایی چندشکلی تک نوکلئوتیدی شرکت ایلومینا انجام گرفت. در این مطالعه، میزان فعالیت آنزیم لیزوزیم علیه باکتری میکروکوکوس لوتئوس به‌عنوان شاخصی برای فعالیت ایمنی ذاتی مورد مطالعه قرار گرفت. آنالیز آماری بر اساس مدل رگرسیونی مختلط و ثابت شده با تصحیح اثرات ناشی از اریب‌های سیستماتیک و اثرات ثابت جنس و هچ بود. اثرات چند آزمونی با اعمال سطح 10 درصد نرخ کشف کاذب در سطح ژنوم به‌عنوان سطح معنی‌دار تصحیح شدند. نتایج این پژوهش ضمن تطابق با مطالعات پیشین، نشان داد که در هر دو مدل آماری سه نشانگر GGaluGA206187، rs16479594 و rs15204127 که به‌ترتیب بر روی کروموزوم‌‌های 3، 5 و 1 واقع شده‌اند؛ همراهی معنی‌داری با فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ دارند (1/0 > FDR). آنالیزهای بعدی غناء ژن در پایگاه داده DAVID نشان داد که ژن‌های کاندید واقع در این نواحی از ژنوم، در نه مسیر بیوشیمیایی مؤثر بر عملکرد سیستم ایمنی نقش قابل توجهی دارند (1/0 > FDR). تنوع جایگاه‌های ژنتیکی مؤثر بر صفت یاد شده نشان می‌دهد که توارث این صفت به‌صورت پلی ژنیک بوده و اصلاح نژاد برای این صفت می‌تواند در دراز مدت به بهبود ژنتیکی حیوانات تحت انتخاب برای این صفت منجر شود.

Using the Illumina 60k SNP chip panel, a genome-wide association study was carried out in order to identify genomic regions underlying lysozyme activity in chicken. Data were collected from an F2 chicken population originated from reciprocal crosses between Arian broiler line and West Azerbaijan indigenous chicken strains. In this study, the lysozyme activity against Micrococus luteus bacteria, recorded as an indicator for innate immunity. Statistical analysis was based on fixed and mixed linear models to account for population stratifications and avoiding systematic biases generated from sex and hatch. Correction for multiple testing was done by applying a 10% genome-wise false discovery rates as significant threshold. Results showed that in both statistical models three markers of GGaluGA206187, rs16479594 and rs15204127, located on chromosomes 3, 5 and 1 respectively have significant associations with innate immunity in chicken (FDR<0/1). The finding are in agreement with previous published studies. Subsequent gene enrichment analysis in DAVID database underpin that candidate genes flanking these three regions of the genome have considerable roles in nine biochemical pathways with pivotal effects on the function of immune system.

نویسندگان مقاله
ناممحل خدمتپست الکترونیکی

وحید رئیسی
v raeesi

نویسنده مسئول

علی رضا احسانی
ar ehsani

alireza.ehsani[AT]modares.ac.ir نویسنده مسئول

رسول واعظ ترشیزی
r vaezitarshizi

نویسنده مسئول

مقالات چاپ شده