امروز جمعه 23 آذر 1397

مقایسه صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی صفات ایمنی با روش‌های مختلف بیزی

Comparision of accuracy of genomic breeding values for immunity characters by different Baysian approaches

MGJ-17-C-00271

ژنتیک جانوری

پژوهشی کامل

Fa

 

 

هدف از این مطالعه ارزیابی صحت مکان‌‌‌‌‌‌یابی QTL و پیش‌بینی‌های ژنومی سه صفت ایمنی شامل تعداد سلول‌های B، CD4 و CD8 بر اساس دو روش آمای بیزی شامل بیز Cπ و لاسو و GBLUP بر روی ۱۰۹۴ موش هتروژنوس بود. داده‌های ژنوتیپی متشکل از ۱۰۹۴ حیوان با ۱۲۲۲۶ جایگاه‌های چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNPs) بر روی ۱۹ کروموزوم اتوزومی بعد از کنترل کیفیت داده‌های SNPs برای نرخ خوانش به ازای هر فرد و SNP و حداقل فراوانی آللی بودند. از هفت مدل آماری با در نظر گرفتن اثرات افزایشی و غالبیت نشانگرها و هم‌چنین آثار پلی‌ژنیک حیوان برای برآورد اثر SNPs و پیش‌بینی مؤلفه‌های واریانس استفاده شد. اثر SNPها با روش بنفرونی تصحیح شد و صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی با روش cross-validation ارزیابی شدند. مکان‌یابی نهایی جایگاه‌های کنترل کننده صفات کمی با هفت مدل و سه روش آماری برای سه صفت تعداد سلول‌های B، CD4 و CD8 به ترتیب ۱۰، ۶ و ۷ QTL را بر روی کروموزوم‌های ۱، ۳، ۵، ۷، ۸، ۹، ۱۲، ۱۴، ۱۶، ۱۷ و ۱۸ نشان داد. نتایج این مطالعه نشان داد که افزودن آثار افزایشی و غالبیت نشانگرها به همراه اثر پلی‌ژنیک حیوان منجر به افزایش صحت پیش‌بینی می‌شود. هم‌چنین، روش آماری نیز یکی از عامل‌های مؤثر در صحت پیش‌بینی‌های ژنومیک هستند. بالاترین پیش‌‌بینی ژنومیک برای تمام صفات مربوط به مدل ۷ و روش بیز لاسو بود. تفاوت بین روش‌های آماری مربوط به پس‌زمینه ژنتیکی و همچنین فرضیاتی است که برای میزان تنوع آثار نشانگرها در نظر گرفته می-شود.

The aim of this study was to assess the accuracy of QTL mapping and genomic predictions for three immunity traits including B cell, CD4 and CD8 based on two Bayesian statistical methods such as Cπ, LASSO and GBLUP in 1094 heterogeneous mice. Genotype data set was composed of 1094 individuals with 12226 polymorphic loci (SNPs) on 19 autosomal chromosomes, after the quality control filtering of all genotyped SNPs data, for call rate per individual and per SNP and minimum all frequency. The seven statistical model to exploring of additive and dominance effects of SNPs as well as polygenic effect of animal was used to estimate SNPs effect and variance components. SNPs effect was corrected with Bonferoni methods and accuracy of genomic breeding values for all of traits were evaluated using cross-validation. Final QTL mapping with seven model and three statistical methods showed that 10, 6 and 7 on 1, 3, 5, 7, 8, 9, 12, 14, 16, 17 and 18 chromosomes for B cell, CD4 and CD8 traits, respectively. The results of this study showed that by added to additive and dominant effects of markers with the animal's polygenic effect, the accuracy of genomic predictions is increased. Also, statistical methods were used a factor affecting the accuracy of the genomic pridictions. The highest accuracy of genomic predictions for all of traits was related to seven model and Bayesian LASSO. The difference between these statistical methods was related to the background of genetic architecture, as well as assumptions that are considered for the variance of marker effects.

نویسندگان مقاله
ناممحل خدمتپست الکترونیکی

بتول اصغری اسفدن
B asghari

نویسنده مسئول

غلامرضا داشاب
gh dashab

dashab[AT]uoz.ac.ir نویسنده مسئول

مقالات چاپ شده