امروز جمعه 23 آذر 1397

تشخیص مشاهده‌ای ویروس X سیب‌زمینی در آزمون IC-RT-LAMP با استفاده از رنگ HNB

Visual detection of Potato Virus X in IC-RT-LAMP assay by using HNB dye

MGJ-17-B-00439

ژنتیک گیاهی

پژوهشی کامل

Fa

 

 

سیب‌زمینی به‌وسیله ویروس‌های مختلفی آلوده می‌شود که می‌توانند عملکرد را کاهش دهند، ویروس X سیب‌زمینی (PVX) به لحاظ اقتصادی یکی از ویروس‌های مهم این محصول است. روش‌های متعددی شامل آزمون‌های سرولوژیکی و مولکولی جهت تشخیص این ویروس وجود دارند، اما این روش‌ها زمان‌بر بوده و نیازمند ابزارهای پیچیده‌ای هستند. هدف از این پژوهش، کاهش زمان مورد نیاز جهت تشخیص PVX با استفاده از روش IC-RT-LAMP بود. نمونه‌های برگی (50 نمونه) با علایم مشابه به ویروس X سیب‌زمینی از سطح استان کردستان جمع‌آوری و برای آزمون سرولوژیکی (DAS-ELISA) به‌کارگرفته شدند. واکنش‌ IC-RT-LAMP به‌صورت یک مرحله‌ای (بدون نیاز به استخراج RNA)، تحت شرایط هم‌دما انجام شد و نتایج به‌وسیله الکتروفورز بر روی ژل آگارز و رنگ هیدروکسی‌نفتول‌بلو (HNB) ارزیابی شد. نتیجه مثبت استفاده از رنگ HNB تغییر رنگ مخلوط واکنش از بنفش به آبی آسمانی بود. از مزایای روش IC-RT-LAMP در مقایسه با سایر روش‌های پیشین می‌توان به اختصاصیت بالا، حساسیت بالا، سرعت بالا، کارآیی بالا، ایمنی، سهولت، عدم نیاز به تجهیزات پر هزینه جهت تکثیر، عدم نیاز به استخراج RNA، عدم نیاز به کارهای تشخیصی بعد از تکثیر، تشخیص مشاهده‌ای و کاربر دوستی آن اشاره کرد.

Potato can be contaminated by many different viruses that can reduce yield . Potato virus X (PVX) is one of the most economically important viruses of this product. There are several techniques to detect PVX including serological and molecular assays but these methods are time consuming and requiring using complicated tools. The aim of this study was to reduce the time required to detect PVX, using IC-RT-LAMP technique. Fifty leaf samples with symptoms similar to PVX were collected from Kurdestan province and were subjected to a serological (DAS-ELISA) test. One-step IC-RT-LAMP reaction was carried out under isothermal conditions (without RNA extraction) and results were evaluated by agarose gel electrophoresis and hydroxynaphthol blue (HNB) dye. A positive result using the HNB dye was a color change in master-mix from the violet to sky blue. The advantages of IC-RT-LAMP method in compare to other methods are the high specificity, high sensitivity, high rapidity, high efficiency, safety, high efficiency, no expensive tools for amplification, no RNA extraction, no post-amplification treatment of the amplicons, visual detection and user friendly.

نویسندگان مقاله
ناممحل خدمتپست الکترونیکی

محمدامین الماسی
ma almasi

aminalmasi66[AT]gmail.com نویسنده مسئول

ابوبکر مرادی
a moradi

نویسنده مسئول

مقالات چاپ شده