Modern Geneticsفصلنامه ژنتیک نوینMGGeneticshttp://mg.genetics.irfajalali13950228gregorian2016517111online1
Faبهبود کارایی انتقال ژن به گیاه نارنج (Citrus aurantium L.) با استفاده از اگروباکتریوم تومفاشینسImprovement of transformation efficiency in Citrus aurantium using Agrobacterium tumefaciensژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperاستفاده از اگروباکتریوم جهت انتقال ژن به مرکبات از روش‌های رایج و معمول است. در این تحقیق قطعه‌ای موزاییک از دو ژن کد کننده پوشش پروتئینی ویروس تریستزای مرکبات (CTV) جداسازی و در وکتور خاموشی pFGC5941 کلون شد. انتقال وکتور به روش الکتروپوریشن به اگروباکتریوم سویه EHA105 انجام و با استفاده از PCR حضور ژن خارجی تایید شد. دانهال‌های نارنج به مدت 4 هفته در تاریکی و 10 روز در دوره نوری 16 ساعته در شرایط In vitro رشد کرده و سپس ریز نمونه از اپی‌کوتیل و هیپوکوتیل آن‌ها تهیه شد. ریزنمونه‌ها با اگروباکتریوم هم کشت و در محیط شامل غلظت‌های مختلف هورمون‌هایBAP و NAA قرار گرفتند. تأثیر شکاف طولی در انتهای ریزنمونه‌ها، نقش غلظت‌های مختلف استوسرینگون در محیط القایی، هم‌چنین اثر استفاده از خلا جهت هم‌کشتی و نیز نقش منبع هیدروکربن (گلوکز و ساکارز) بر کارایی تراریختی بررسی شد. در این تحقیق شاخساره‌ها به روش باززایی مستقیم و بدون ورود به مرحله کالوس‌زایی از ریزنمونه‌ها تولید شد که مزیت مهمی در ممانعت از ایجاد تنوع سوماکلونال بود. تأیید انتقال تراژن به ژنوم گیاه میزبان با کشت ریزنمونه‌های حامل شاخساره در محیط گزینشی حاوی علف‌کش بستا و انجام واکنش PCR با دو ژن داخل T-DNA انجام شد. بر اساس تکنیکPCR Real-Time نیز تعداد نسخه‌های رونوشت برداری شده ژن CTV در گیاهان تراریخت تعیین شد. بالاترین کارایی انتقال ژن در تیمارهای حاوی mg/l2 BAP و mg/l25/0 NAA همچنین از ریز نمونه‌هایی به دست آمد که به روش هم‌کشتی تلقیح شده و دارای برش طولی در انتها بوده‌اند. در این تیمار برگزیده هم‌کشتی تحت تیمار استوسرینگون صفر، و با استفاده از منبع هیدروکربن گلوکز در محیط کشت القایی انجام شده بود.Agrobacterium mediated transformation is a routine approach for stable transformation of crop plants. In the present research EHA105 strain of Agrobacterium harboring pFGC5941 binary vector was used to transform sour orange. A three-day culture was performed in order to induce virulence genes. Seeds were cultured in MS medium for three weeks in darkness followed by 10 days at 16-h photoperiod. Epicotyl-originated explants were extracted and cultured in regeneration medium at different concentrations and combination of BAP (0, 1 and 2 mg/l) and NAA (0, 100 and 200 mg/l). Effects of longitudinal incision at the end of explants on regeneration, concentration of Acetosyringone, effects of vacuum as well as two carbohydrate sources on transformation efficiency were analysed. Confirmation of transformation was achieved using selectable medium contain Basta herbicide as well as PCR analysis via three gene specific primers. The highest transformation efficiency was achieved in the presence of 2 mg/l BAP, 0.25 mg/l NAA from explants derived from dark grown seedlings. The highest transformation efficiency was achieved in the lack of Acetosyringone and presence of glucose in induction medium. Putative transformed seedlings are kept in growth room for further analysis regarding resistance to citrus tristeza virus pathogen.استوسرینگون Agrobacterium tumefaciens کارایی ترانسفورماسیون نارنج باززاییAcetosyringone, Transformation efficiency, Agrobacterium tumefaciens, Citrus aurantium, Regeneration.607618http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1606mmSohaniمحمد‌مهدیسوهانیmsohani@guilan.ac.irYesmkhoshbakhtمیناخوشبختNoMHrezadoostمحمد حسینرضادوستNoAHzamaniامیرحسینزمانیNobfatahبنفشهفتاحNobGoleinبهروزگلعینNoAAfsharifarعلیرضاافشاریفرNo
Faعدم ارتباط دو جهش G>C368 و C>T386 ژن NR5A1 با ناباروری مردانLack of association between two 367 G>C and 386 C>T mutations in NR5A1 gene with male infertilityژنتیک انسانیHuman Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperژن NR5A1، که تنظیم‌کننده رونویسی از ژن‌های درگیر در محور استروئیدوژنیک هیپوتالاموس-هیپوفیز است، عضوی از خانواده رسپتورهای هسته‌ای می‌باشد. برخی از موتاسیون‌های موجود در این ژن از قبیل c.712G>A، c.634G>A، c.571C>T و c.392C>T می‌تواند با اختلالات اسپرم‌زایی ارتباط داشته باشد. هدف از این مطالعه بررسی ارتباط ترانسورژن G>C368 و ترانزیشن C>T 386 ژن NR5A1 با ناباروری در مردان است. در این مطالعه مورد-شاهدی، از 70 مرد نابارور و 75 مرد بارور، به‌عنوان گروه کنترل، نمونه خون تهیه شد. پس از استخراج DNA ژنومی افراد بیمار و کنترل، ژنوتیپ G>C368 و C>T386 موجود در ژن NR5A1 با کمک RFLP-PCR تعیین شد. در مورد جابجایی G>C368، آنالیز آماری نشان داد که هیچ یک از ژنوتیپ‌های GC (43/0P=، 26/6-46/0= CI 95% و 69/1OR= ) و یا CC (46/0P=، 41/84-13/0= CI 95% و 38/3OR=) با ناباروری ایدیوپاتیک مردان ارتباط ندارد. آلل C هم فاقد ارتباط با ناباوری (20/0=P،52/7-65/0 CI=95% و 21/2 OR=) بود. اما در مورد جایگاه C>T386، فقط یک نمونه در گروه شاهد دارای ژنوتیپ CT بوده و بقیه نمونه‌ها ژنوتیپ CC داشتند. بنابراین ژنوتیپ CT فاقد ارتباط با ناباروری مردان (52/0 =P، 79/8-01/1 =CI95% و 35/0 OR=) بود. یافته‌های این مطالعه نشان داد جابجایی‌های فوق، نمی‌تواند مارکر مناسبی جهت استعداد ژنتیکی ابتلا به ناباروری ناشناخته باشد و بنابراین نیاز به بررسی رابطه سایر جهش‌های تک نوکلئوتیدی این ژن با ناباروری مردان است.he NR5A1 gene, a member of the nuclear receptor family, is a key transcriptional regulator of genes involved in the hypothalamic-pituitary-steroidogenic axis. Some mutations in this gene such as c.392C>T, c.571C>T, c.634G>A and c.712G>A may be associated with abnormal spermatogenesis. The aim of this study was to investigate the association of 368G>C transversion and 386C>T transition in NR5A1 gene with male infertility. In a case-control study, blood samples were collected from 70 infertile men and 75 fertile men as control group. After DNA extraction from case and control samples, the genotypes of 367G>C and 386C>T in NR5A1 gene were detected by PCR-RFLP. Regard to 368G>C transversion, our statistical analysis revealed that GC genotype (OR: 1.69, 95%CI: 0.46-6.26, P= 0.43) and CC genotype (OR: 3.38, 95%CI: 0.13-84.41, P= 0.46) is not associated with idiopathic male infertility. Also C allele (OR: 2.21, 95%CI: 0.65-7.52, P= 0.20) is not associated with male infertility. Regarding to 386C>T, only one sample in control group was detected as CT genotype whereas other samples were CC genotype. Therefore CT genotype (OR: 0.35, 95%CI: 0.01-8.79, P= 0.52) is not associated with male infertility. Our finding showed that aforementioned substitutions are not appropriate biomarkers for idiopathic male infertility. Therefore it is important to study the association of other single nucleotide mutations with male infertility.ژن NR5A1 موتاسیون ناباروری مردان PCR-RFLPNR5A1 gene; Mutation; Male infertility; PCR-RFLP619621http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1607aHosseinzadeh Colagarاباصلتحسین زاده کلاگرahcolagar@umz.ac.irYesmteimouriمستانهتیموریNoSGAJorsarayiسید غلامعلیجورسراییNomkarimianمحمدکریمیانNo
Faبررسی بیان ژن SOX9 در بافت‌های تاسماهی ایرانی (Acipenser persicus)Expression analysis of the SOX9 gene in various tissues of Persian sturgeon (Acipenser persicus)ژنتیک جانوریAnimal Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperژن SOX9 در میان مهره‌داران یکی از مهم‌ترین فاکتور‌های رونویسی جهت تکامل بسیاری از بافت-ها و ارگان‌ها و به‌طور ویژه تعیین جنسیت و غضروف‌زایی است. تاسماهی ایرانی (Acipenser persicus) یکی از گونه‌های مهم خانواده تاسماهیان بوده که بومی سواحل جنوبی دریای خزر می‌باشد. این گونه به دلیل ارزش اقتصادی آن و هم‌چنین بلوغ زودرس نسبت به دیگر گونه‌های پرورشی از جمله فیل‌ماهی، از گونه‌های موردنظر آبزی‌پروری در کشور می‌باشد. هدف از این تحقیق، شناسایی بخشی از توالی SOX9 و بررسی الگوی بیان آن در بافت‌های مختلف تاسماهی ایرانی با استفاده از تکنیک Real time PCR، بود. به این منظور ده بافت مختلف تاسماهی ایرانی جوان (آبشش، پیلوریک، طحال، گناد، کلیه، روده، قلب، پوست، کبد، ماهیچه) مورد مطالعه قرار گرفت. پس از توالی‌یابی قطعه‌ای به طول 210 نوکلئوتید شناسایی و سپس در بانک ژن NCBI (KP300013) ثبت شد. نتایج نشان داد که ژن SOX9 در اکثر بافت‌ها بیان شده و بیشترین میزان بیان (26/0 ± 5/0) در بافت آبشش مشاهده شد. با توجه به نتایج این تحقیق به نظر می‌رسد که در سنین پایین، احتمالا ژن SOX9 نقش کمتری در تعیین جنسیت داشته و بیشتر در فرآیند‌های تکاملی دیگر نظیر غضروف‌سازی دخالت دارد.T he SOX9 gene is one of the important transcription factors in the development of many tissues and organs, particularly in sex determination and chondrogenesis among vertebrates. Persian sturgeon (Acipenser persicus) is one of the most important species that is native to the southern coast of the Caspian Sea. This species due to economic value and early maturation compared to other farmed species such as Beluga is considered as main candidate species for aquaculture. The purpose of this study was to investigate the characterization of partial sequence of SOX9 and its expression in various tissues using Real Time PCR. Ten different tissues of Persian sturgeon (gills, pyloric, spleen, gonads, kidney, intestine, heart, skin, liver and muscle) were analyzed. Sequence analysis revealed a 210-bp cDNA and then it registered in NCBI gene bank (KP300013). The results showed that the SOX9 mRNA was detected in most tissues and the maximum expression was measured in gill (0.26±0.5). According to the present results, it seems that in early stages, SOX9 may have a lesser role in sex determination and more involved in other developmental processes such as cartilage forming.بیان ژن تاسماهی ایرانی تعیین جنسیت غضروف سازی Real time PCRChondrogenesis, Gene expression Persian sturgeon, Real time PCR, Sex determination.623631http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1608HRranjbarحمیدرضارنجبرRanjbar.shilat88@yahoo.comYesmyarmohammadiمهتابیارمحمدیNoMMSajadiمیرمسعودسجادیNoRKazemiرضوان اللهکاظمیNo
Faتجزیه QTLهای کنترل کننده صفات فیزیولوژیک جو تحت تنش نیکلQTLs analysis controling physiological traits of barley under nickel stressژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperبه‌منظور مکان‌یابی نواحی ژنومی کنترل کننده برخی صفات فیزیولوژیک آزمایشی در جامعه هاپلوئیدهای مضاعف حاصل از تلاقی استپتو و مورکس جو به‌همراه والدین آن‌ها تحت شرایط بدون تنش و تنش نیکل اجرا شد. صفات شاخص کارایی فتوسنتز (PI)، حداکثر مقدار بهره‌وری از فتوسیستم II (Fv/Fm)، محتوای کلروفیل برگ، محتوای رطوبت نسبی برگ، ضریب پایداری غشاء و میزان عناصر نیکل، روی، منگنز، مس و آهن کل اندازگیری شدند. تجزیه Qantitive traits loci با استفاده از نقشه پیوستگی ژنتیکی حاصل از 327 نشانگر مولکولی RFLP به روش مکان‌یابی فاصله‌ای مرکب (CIM) انجام گرفت. نتایج تجزیه واریانس تفاوت معنی‌دار را برای لاین‌ها در شرایط بدون تنش و تنش نیکل نشان داد. حداکثر همبستگی در شرایط بدون تنش و تنش نیکل بین منگنز و روی کل مشاهده شد. برای صفات مورد بررسی در مجموع 36 جایگاه واجد QTL (20 و 16 جایگاه به ترتیب برای شرایط بدون تنش و تنش نیکل) بدست آمد. حداقل و حداکثر واریانس فنوتیپی توجیه شده به‌وسیله این QTL‌‌ها از 09/10 (QMnk2H.1n) تا 82/54 (QMnk7H.3n) درصد برای میزان منگنز کل در شرایط بدون تنش متغیر بود. حداقل و حداکثر LOD (53/2 و 55/4) به‌‌ترتیب برایQTL‌‌های حداکثر مقدار بهره‌وری از فتوسیستم II (QFv/Fm5H.1s و QFv/Fm5H.2s) و روی کل (QZnk6H.2s) در شرایط تنش نیکل بدست آمد. والد P1 در انتقال آلل‌های موثر صفات فیزیولوژیک نقش بیشتری داشت. QTL‌های QFek4H.n و QFek4H.1s در دامنه 50/48 تا 50/49 سانتی‌مورگان کروموزوم 4H مربوط به صفت آهن کل، QTL‌های QNik5H.1n و QNik5H.1s در موقعیت 30/145 سانتی‌مورگان وQTL‌های QNik5H.2n و QNik5H.2s در جایگاه 50/151 سانتی‌مورگان کروموزوم 5H مربوط به صفت نیکل کل، از پایداری لازم برخوردار بودند. بنابراین، در صورت تکرار نتایج فوق در شرایط محیطی، سال‌ها و ژنوتیپ‌های متفاوت، احتمالاً در گزینش به کمک نشانگر بتوان از آن‌ها استفاده کرد.In order to map genomic regions controlling some physiological traits, an experiment was investigated in the Steptoe/Morex doubled haploid lines of barley with their parents under nickel stress and non stress conditions, Traits such as PI, Fv/Fm, Chlorophyll content, RWC, CMS, total Ni, Zn, Mn, Cu and Fe were measured. Qantitive Traits Loci analysis was carried out using genetic linkage map derived from 327 molecular marker of RFLP with composite interval mapping method. Analysis of variance showed significant difference between the lines of the studied traits in nickel stress and non stress conditions. The maximum correlation in non stress and stress conditions were observed between total Mn and Zn, respectively. We found 36 QTLs (20 and 16 QTLs for non stress and nickel stress conditions, respectively). For the studied traits. The minimum and maximum phenotypic variances which were explained by these QTLs changed from 10.09 (QMnk2H.1n) to 54.82 (QMnk7H.3n) percent, for total Mn in non stress condition. LOD scores were ranged from 2.53 to 4.55, for the Fv/Fm QTLs (QFv/Fm5H.1s and QFv/Fm5H.2s) and total Zn (QZnk6H.2s) in nickel stress condition respectively. P1 parent had higher role in transport of effective allele in physiological traits. QTLs QFek4H.n and QFek4H.1s is ranged from 48.50 to 49.50 cM of chromosome 4H, controlling total Fe, QTLs QNik5H.1n and QNik5H.1s in Location from 145.30 cM and QTLs QNik5H.2n and QNik5H.2s in place of 151.50 cM of chromosome 5H, controlling total Ni were quite stable. Therefore, if this result would repeat in different environment, years and genotypes, it can be used in marker assisted selection.تنش نیکل جو صفات فیزیولوژیک QTL نقشه‌یابیBarley, Mapping, Nickel stress, Physiological characteristics, QTL633647http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1609fGolshaniفرشیدگلشنیfarshidgolshani@gmail.comYesBFakheriبراتعلیفاخریNo
Faبررسی تنوع ژنتیکی در قارچFusarium oxysporum f. sp. melonis با استفاده از سازگاری رویشی و نشانگرهای ISSRStudy of genetic diversity of Fusarium oxysporum f.sp melonis based on VCG groups and ISSR marker.ژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperبیماری پژمردگی فوزاریومی ناشی از قارچ Fusarium oxysporum f.sp melonis متداول‌ترین بیماری در خربزه است که در چند کشور جهان و از جمله ایران گزارش شده‌است. استفاده از ارقام متحمل یکی از موثرترین روش‌های مدیریت این بیماری محسوب می‌شود، اما به‌منظور انتخاب و توسعه ارقام متحمل آگاهی از تنوع ژنتیکی جمعیت‌های این قارچ ضروری است. در این مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت این بیمارگر در استان خراسان رضوی بررسی شد. بدین منظور 20 جدایه قارچF. oxysporum f.sp. melonis ، عامل پژمردگی خربزه از استان خراسان (کلکسیون گروه گیاه-پزشکی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان) انتخاب و با استفاده از گروه‌های سازگاری رویشی و روش ISSR تنوع ژنتیکی آن‌ها بررسی شد. برای بررسی گروه‌های سازگاری رویشی، ابتدا جهش‌یافتگان نیت به صورت قطاع‌هایی در محیط‌های مختلف کلرات‌دار تولید شده، سپس کلاس فنوتیپی جهش‌یافتگان براساس مشخصات رشدی پرگنه آن‌ها روی محیط پایه حاوی یکی از پنج نوع منبع نیتروژن (نیترات سدیم، نیتریت سدیم، تارتارات آمونیوم، اسید اوریک و هیپوزانتین) تعیین شد. بر این اساس 68 درصد از موتانت‌های نیت در کلاس فنوتیپی nit1، 18 درصد آن‌ها در کلاس nit3 و 14 درصد آن‌ها در کلاس فنوتیپی nitM قرار گرفتند. به‌منظور انجام آزمون‌های مکمل‌سازی و تعیین گروه‌های سازگاری رویشی، بین تمامی جهش یافتگان nitM هر جدایه با جهش یافتگان nit1 یا nit3 سایر جدایه‌ها کشت متقابل انجام شد. در نتیجه بین جدایه‌ها، سازگاری رویشی مشاهده نشد و جدایه‌ها در 20 گروه سازگاری رویشی قرار گرفتند. همچنین تنوع ژنتیکی این جدایه‌ها با استفاده از بیست آغازگر بررسی شد. تجزیه خوشه‌ای داده‌های ISSR با استفاده از روش UPGMA و ضریب تشابه SM جدایه‌ها را در سطح تشابه 60 درصد در پنج گروه قرار داد. این نتایج نشان داد که تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه‌ای در بین جدایه‌های قارچ عامل پژمردگی فوزاریومی خربزه در استان خراسان رضوی وجود دارد. تجزیه خوشه‌ای نشان داد که به جز موارد محدود بین پراکنش جغرافیایی و گروه‌های ژنتیکی ارتباط مشخصی وجود ندارد.Fusarium wilt of melon is one of the most common disease of this crop in the world and specially Iran. Using resistant cultivars is still the most effective method of management of this disease. However, for screening cultivars for resistance, knowledge of genetic diversity of a fungal population is necessary. In this study, genetic diversity of the pathogen in Khorassan provinces was studied. twenty isolates of F. oxysporum, the causal agent of melon wilt was from Khorasan province (collection of the department of plant protection at Gorgan Agricultural university) have been selected and their genetic diversity was studied using VCG and ISSR techniques. For VCG method, At first nit mutants were generated on chlorate media and then nit mutants were assigned to different phenotypic classes on the basis of their growth on media containing one of the five different nitrogen sources (NaNO3, NaNO2, Ammonium nitrate, uric acid and Hypoxanthine). 68% of nit mutants were classified to nit1, 18% to nit3 and 14% to NitM phenotypic classes. In order to complete tests and determining VCGs, all NitM mutants of every isolate were paired with nit1 or nit3mutants of other isolates. As a result, among the isolates vegetative incompatibility were observed, and isolates were grouped into 20 VCGs. In addition, genetic diversity of theses isolates was studied using twenty primers. Cluster analysis of ISSR data using UPGMA method and SM’s coefficient distinguished 5 main groups at 60% similarity level. This results showed there was significant genetic variation among F. oxysporum f. sp. melonis isolates in Khorassan. On the other hand according to cluster analysis it was determined that there was no specific correlation between geographical regions and genotypic groups.هتروکاریون سازگاری رویشی تنوع ژنتیکی نشانگر مولکولی فوزاریومHeterokarion, Genetic diversity, Vegetative compatibility, ISSR marker, Fusarium oxysporum f.sp. melonis649659http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1610fkheiyriفاطمهخیریkheiryf624@yahoo.comNoKRahnamaکامرانرهنماNoAYamchiاحدیامچیNo
Faشناسایی چند شکلی ژن پرایون در گوسفندان نژاد نائینی با استفاده از روش PCR-SSCP، تعیین توالی مستقیم و تجزیه منحنی ذوبIdentification of different allelic forms of PrP gene in Naeinian sheep using melting curve analysis techniqueژنتیک جانوریAnimal Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperتعیین ژنوتیپ با استفاده از تجزیه و تحلیل مستقیم DNA اهمیت به‌سزایی در به نژادی گیاهان و جانوران و نیز برای تشخیص و بررسی بی‌نظمی‌های ژنتیکی در موجودات مختلف اعم از گیاه، حیوان و همچنین در علم پزشکی قانونی دارد. در حال حاضر روش تجزیه منحنی ذوب یکی از کم هزینه‌ترین روش‌های تعیین ژنوتیپ به حساب می‌آید که می‌تواند در مطالعات ژنتیکی مورد استفاده قرار گیرد. پژوهش حاضر به‌منظور شناسایی چند‌شکلی‌های تک نوکلئوتیدی در جایگاه ژن پرایون گوسفندی انجام گرفت. پس از استخراج DNA از نمونه خون 145 رأس گوسفند نژاد نائینی و تکثیر قطعه مورد نظر توسط واکنش زنجیره‌ای پلیمراز، ژنوتیپ‌ها تعیین و برای تایید نتایج به‌دست آمده از دو روش PCR-SSCP و روش تعیین توالی مستقیم استفاده شد. نتایج نشان داد که در جایگاه ژنی پروتئین پرایون، در مجموع نه ژنوتیپ مشاهده شد. اما به دلیل وجود چندین SNP در قطعه تکثیری، تفکیک هر یک از ژنوتیپ‌ها با استفاده از تجزیه منحنی ذوب به‌طور اختصاصی میسر نشد. بنابراین روش تجزیه منحنی ذوب، ژنوتیپ‌های حاصل از جا‌به‌جایی تک نوکلئوتیدی در یک قطعه تکثیری (تک جایگاه) را به راحتی از هم تفکیک کرده، اما به دلیل پیچیدگی‌های حاصل از حضور چندین جا‌به‌جایی در یک قطعه تکثیری (جایگاه‌های چندگانه) امکان جداسازی اختصاصی ژنوتیپ‌ها به راحتی میسر نمی‌باشد. با توجه به مزایای روش تجزیه منحنی ذوب در جداسازی ژنوتیپ‌ها، پیشنهاد می‌شود با انجام پژوهش‌های جدید بتوان محدودیت‌های این تکنیک برای قطعات تکثیری حامل چند جا‌به‌جایی تک نوکلئوتیدی را رفع کرد.Genotyping using direct analysis of DNA has a considerable importance in plants and animals breeding, also for diagnosis and evaluation of genetic disorders in plants, animals and in forensic science. The melting curve analysis method is one of the most cost-effective genotyping methods that can be used in relevant studies. In order to evaluate the performance of this technique, the current study was performed for detection of single nucleotide polymorphisms (SNPs) PrP gene in sheep. The DNA was extracted from 145 blood samples of Naieni sheep from Esfahan province with modified salting out method. After amplification of the desired fragment by polymerase chain reaction (PCR) genotyping of samples was carried out by melting curve analysis technique. In the following, the two methods of PCR-SSCP and direct sequencing method were used to confirm the genotyping results. The results of the present study showed that nine genotypes were observed at PrP locus in studied sheep population. But, due to multiple SNP at the amplified fragment, it cannot possible to exactly predict each genotype by melting curve analysis. With the results obtained from this study it can be concluded that melting curve analysis technique easily separates genotypes occurred by a single nucleotide substitution in one amplified fragment (single marker site), but because of the complexity of the presence of several SNP in an amplified fragment (multiple marker sites), it is not easily possible to separate each genotypes specifically. According to the advantages of melting curve analysis technique for isolation of genotypes, it is suggested that more research should be done for resolving the limitations of this technique for amplified fragments carrying multiple marker sites.ژن پرایون PCR SSCP MCA تعیین توالی مستقیم گوسفند نژاد نائینیPrP gene, PCR-SSCP, Melting curve analysis, Naieni sheep661667http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1611mnajafiمجتبینجفیMojtaba_najafy@yahoo.comNoGRahimi mianjiقدرترحیمی میانجیNozansari pirsaraieزربختانصاری پیرسراییNoMArouhiمحمد علیروحیNo
Faالگوی بیان ژن‌های کدکننده بیوسنتز سسکویی‌ترپن‌ها در گونه‌های مختلف آرتمیزیاExpression profiling of sesquiterpenes encoding genes in different Artemisia speciesژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperگیاهان دارویی از زمان‌های دور نقش مهمی در طب سنتی داشته‌اند. متابولیت‌های ثانویه تولید شده توسط گیاهان، کاربردهای فراوانی در علم پزشکی، داروسازی و صنعت دارند. جنس آرتمیزیا به دلیل تولید سسکویی‌ترپن آرتمیزینین و بسیاری دیگر از ترکیبات مفید حائز اهمیت است. سسکویی‌ترپن‌های مختلف توسط آنزیم‌های ترپن سنتاز از پیش ماده مشترک فارنسیل دی‌فسفات حاصل تولید می‌شوند. در این مطالعه هفت گونه آرتمیزیای بومی ایران کشت شدند. نمونه‌گیری از بافت گل‌ها در مرحله به گل رفتن گیاهان در سه تکرار زیستی انجام گرفت و بیان نسبی یک پرنیل ترنسفراز (فارنسیل دی‌فسفات) و دو سسکویی‌ترپن سنتاز (بتاکاریوفیلن سنتاز، بتافارنسین سنتاز) توسط Real-time PCR مورد بررسی قرار گرفت و گونه Artemisia annua به‌عنوان گونه مرجع در نظر گرفته شد و سایر گونه‌ها نسبت به آن مقایسه شدند. همچنین روش GC-MS برای اندازه‌گیری میزان ترکیبات تولید شده نهایی توسط هر یک از ترپن سنتازها به کار گرفته شد. نتایج نشان داد که داده‌های حاصل از بررسی بیان ترپن‌سنتازها با داده‌های به دست آمده از GC-MS تا اندازه‌ای هم‌خوانی داشت. گونه A. scoparia بیش‌ترین سطح رونویسی برای ترپن سنتازهای مورد مطالعه را نشان داد. به‌علاوه نتایج حاصل از GC-MS بالاترین میزان تولید بتاکاریوفیلن سنتاز و بتافارنسین سنتاز را در این گونه نشان داد. بر اساس نتایج این تحقیق می‌توان بیان کرد که مسیرهای بیوسنتزی سسکویی‌ترپن‌ها توسط سسکویی‌ترپن سنتاز‌های اختصاصی همان مسیر تنظیم می‌شود.Medicinal plants have had important roles in traditional medicine since ancient times. Secondary metabolites produced in plants have many applications in medicine, pharmacology and industry. The genus Artemisia is very important due to the production of sesquiterpene Artemisinin and many other compounds. Various sesquiterpenes production is catalyzed from central intermediate farnesyl diphosphate, by sesquiterpene enzymes. In this study seven Artemisia species local to Iran were planted. Flower tissues were sampled in flowering phase, in three biological replications. The relative expression of one prenyle transferase (Farnesyl diphophate synthase) and two sesquiterpene synthases (beta-caryophyllene synthase and beta-farnesene synthase) was studied by Real-time PCR. Artemisia annua was considered as the reference species. Besides, gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) was applied to investigate the end products produced by each terpene synthases. The results showed that the expression of terpene synthase genes is consistent with their products obtained in GC-MS. The maximum level of expression for terpene synthase-encoding genes was achieved for A. scoparia. Moreover, the results from GC-MS indicated the highest amount of production of beta-caryophyllene and beta-farnesene in this species. It can be concluded that the biosynthesis pathways of sesquiterpenes may be regulated by its specific sesquiterpene synthase.آرتمیزیا آرتمیزینین ترپن سنتاز متابولیت‌های ثانویهArtemisia, Artemisinin, Secondary metabolites , Terpene synthase669676http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1612sraeisyسارارییسیsara_raeisy@ut.ac.irNomnaghaviمحمد رضانقویNoATaleeiعلیرضاطالعیNoHSoltanlooحسنسلطانلوNoMRanjbarمجتبیرنجبرNo
Faشناسایی نشانگرهای ملکولی پیوسته با عملکرد و برخی صفات گیاهی در نخود زراعی تحت تنش خشکیIdentification of molecular markers associated with yield and plant characteristics in chickpea under drought stressژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperتنش خشکی عامل اصلی کاهش تولید در گیاهان زراعی به‌خصوص نخود زراعی می‌باشد. به‌طوری-که تنش خشکی انتهای فصل موجب کاهش بیش از 50 درصدی عملکرد در این گیاه می‌شود. در این پژوهش به‌منظور شناسایی نشانگرهای پیوسته با صفات مرتبط با تحمل به خشکی در 64 توده نخود زراعی از مکان‌یابی ارتباطی استفاده شد. ژنوتیپ‌ها در قالب طرح لاتیس ساده (8 × 8) کشت و 17 صفت مختلف مرتبط با خشکی اندازه‌گیری شد. ثبت ژنوتیپ و ارزیابی ژنتیکی جمعیت با استفاده از 18 آغازگر IRAP (Inter retrotransposon amplified polymorphism) و REMAP (Retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism) انجام گرفت. در کل 129 مکان تکثیر شد که از این تعداد، 88 مکان (34/64 درصد) در بین توده‌ها چند شکل بودند. مطالعه ساختار جمعیت با استفاده از روش Bayesian، توده‌های مورد مطالعه را در 11 گروه قرار داد. میانگین شاخص تثبیت (Fst) همه گروه‌ها بیشتر از 5/0 بود که بیانگر تمایز قابل ملاحظه‌ای بین گروه-ها بود. به‌منظور شناسایی نشانگرهای پیوسته با عملکرد دانه و صفات زراعی مرتبط با تنش خشکی، از مکان‌یابی ارتباطی به روش Mixed linear model (MLM) استفاده شد. با استفاده از این روش 28 مکان پیوسته با 17 صفت مورد مطالعه (در سطوح پنج و یک درصد معنی‌داری) در شرایط تنش خشکی شناسایی شد. صفت عرض شاخه‌های اصلی بیشترین تعداد مکان پیوسته را به خود اختصاص داد. تعدادی از مکان‌های شناسایی شده با بیشتر از یک صفت پیوسته بودند. با توجه به نتایج حاصله، می‌توان بعد از ارزیابی و تایید نشانگرهای پیوسته با صفات مورد بررسی، از آن‌ها در برنامه‌های به نژادی نخود به منظور توسعه واریته‌هایی با تحمل به خشکی بیشتر استفاده نمود.Drought stress is the major limiting factor to crop production especially chickpea. Terminal drought has been leading to more than 50% of yield losses in this plant. In this study, association mapping was used to identify molecular markers associated with traits related to drought tolerance in 64 chickpea landraces. Genotypes were cultivated in a simple lattice design (8×8) and phenotyped for 17 various traits related to drought stress. Eighteen IRAP (Inter retrotransposon amplified polymorphism) and REMAP (Retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism) primers were used to assess the genetic diversity of the genotypes. 129 loci were amplified which 88 (64.34%) was polymorphic among landraces. Population structure analysis using Bayesian approach revealed 11 groups in studied chickpea landraces. Fst mean values of the groups was more than 0.5, indicating remarkable differentiation among the groups. Association mapping using mixed linear model (MLM) identified 28 markers associated with 17 traits at the 5% and 1% significant levels. Maximum number of associated loci was identified for width of main branches. Some markers were associated with more than one trait. After confirmation and validation of the identified markers, they can be used in chickpea breeding programs for developing superior varieties with enhanced drought tolerance.تنش خشکی نخود زراعی مکان‌یابی ارتباطی روش Mixed linear modelDrought stress, Chickpea, Association mapping, Mixed linear model677686http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1613bAbdollahi Mandoulakaniبابکعبداللهی مندولکانیb.abdollahi@urmia.ac.irNozAghaaliزهراآقاعلیNoHALipour Yamchiهادی علیپوریامچیNoMRBihamtaمحمد رضابی همتاNo
Faردیابی مولکولی و جایگاه تبار زایشی نژاد B ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلا استان گلستانMolecular detection and phylogenetic position of B strain bean yellow mosaic virus from broad bean fields in Golestan provinceژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperدر سال‌های اخیر علائم بیماری ویروسی (موزائیک و زردی) در سطح وسیعی از مزارع باقلا استان گلستان مشاهده شده‌است. ویروس‌های گیاهی متعلق به جنس پوتی‌ویروس، یکی از شایع‌ترین و مهم‌ترین عوامل بیماری‌زای ویروسی در گیاهان می‌باشند. به منظور ردیابی پوتی‌ویروس‌ها حبوبات گیاهانی با علایم موزائیک، زردی، بدشکلی و پیچیدگی برگ‌ها طی فصل زراعی از استان گلستان جمع‌آوری شد. به‌منظور تایید آلودگی نمونه‌ها، RNA کل از نمونه‌های مذکور استخراج شد. پس از بررسی با جفت آغازگر عمومی پوتی‌ویروس (Oligo1n/Oligo2n) از بین 35 نمونه، تعداد 12 نمونه آلوده تشخیص داده شد. از بین نمونه‌های آلوده، تعدادی از نمونه‌ها به منظور ردیابی ویروس تعیین توالی شدند. نتایج نشان داد که نمونه‌های استان گلستان آلوده به ویروس موزائیک زرد لوبیا (Bean yellow mosaic virus, BYMV) می‌باشند. تجریه‌های تبارزایی، محاسبه فاصله ژنتیکی و تنوع نشان داد که جدایه گلستان در کنار جدایه‌های استرالیا و ژاپن در یک گروه قرار می‌گیرند. تعیین جایگاه جدایه ایرانی ویروس BYMV و مقایسه آن با سایر جدایه‌های دنیا منشا تکاملی و پیدایش این جدایه در ایران را مشخص کرد و به نظر می‌رسد منشا خارجی دارد. بیش‌ترین تنوع مولکولی و میزبانی در شرق آسیا موجود می‌باشد. براساس این نتایج باقلا با علایم موزائیک و بدشکلی برگ بیش‌ترین میزان آلودگی را به ویروسBYMV در بین میزبان‌های دیگر دارد.In recent years, the viral symptoms (mosaic and yellowing) have been observed in a wide range of broad bean fields in Golestan province in Iran.Viruses of Potyvirus genus are one of the most important viral pathogens in plants. In order to detect these viruses, plants with symptoms of mosaic, leaf deformation and rolling were collected during the growing season in 2013 from legume fields of Golestan Province. Total RNA of the samples was extracted, to confirm the infection. Then, samples were tested by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) using potyvirus universal primers (Oligo1n/Oligo2n). Twelve out of 35 samples showed infection. Some of the infected samples were sequenced. Sequencing results revealed that samples are infected by Bean yellow mosaic virus (BYMV). The results showed that all BWMV sequences can be placed into 4 clades. Golestan isolate was grouped with isolates from Japan and Australia. Determination of the taxonomic position of CP gene in Iranian strain of BYMV and comparison with other strains of worldwide, identified origin, evolution and emergence of the strains in Iran and seems having foreign origin and maximum molecular and host variation occur in Eastern Asia. For result of this study, the broad bean with symptoms of mosaic, leaf deformation were Maximum infection of BYMV in other hosts.آغازگر عمومی پروتئین پوششی واکنش زنجیره‌ای پلی مراز معکوس ویروس موزائیک زرد لوبیاBean yellow mosaic virus, Coat protein, RT-PCR, Universal primer689695http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1622zsadeghiزهراصادقیzahrasadeghi226@yahoo.comYessNasrollahnejadسعیدنصرالله نژادNofsMostafavy Neishabooriفروه ساداتمصطفوی نیشابوریNoaYamchiاحمدیامچیNo
Faبررسی تنوع ژنتیکی ماهی گورخری زاگرس (Aphanius vladykovi) در چشمه مادر و دختر و چشمه چهل‌گزی در استان چهارمحال و بختیاری با استفاده از نشانگرهای ریزماهوارهGenetic diversity of zagros zebrafish (Aphanius vladykovi) in Madar-o-dokhtar spring and Chehelgazi spring in the Chaharmahall-o-Bakhtiari Province by using microsatellite markersژنتیک جانوریAnimal Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperمطالعه حاضر با هدف بررسی تنوع ژنتیکی ماهی گورخری زاگرس (Aphanius vladykovi) که ماهی کوچکی از خانواده کپور دندان‌داران و بومی استان چهارمحال‌وبختیاری است، با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره صورت گرفت. بدین‌منظور تعداد 46 قطعه ماهی در پاییز 90 از چشمه چهل-گزی و چشمه مادر و دختر جمع‌آوری شد. در این بررسی از 6 جایگاه ریزماهواره چندشکل استفاده شد. تعداد آلل مشاهده شده در جمعیت‌ها به طور میانگین 41/11 و هتروزیگوسیتی مشاهده‌شده در چشمه چهل‌گزی 993/0 و در چشمه مادر و دختر 957/0 محاسبه شد که نشان می‌دهد دوره تولیدمثلی طولانی آفانیوس دلیلی بر موفقیت تولیدمثلی و افزایش هتروزیگوسیتی است. نتایج حاصل از Fst (023/0) و Rst (092/0) تمایز ژنتیکی پایینی را میان مناطق نشان دادند. تجزیه واریانس ملکولی تنها دو درصد تنوع بین جمعیت‌ها نشان داد و فاصله ژنتیکی بین جمعیت‌ها 322/0 محاسبه شد. جریان ژنی بین دو منطقه 097/19، نسبتاً بالا بوده و می‌تواند متأثر از نحوه محاسبه آماری جریان ژنی باشد. در بررسی تعادل هاردی- واینبرگ پس از اعمال ضریب تصحیح بونفرونی از بین 12 تست جایگاه ژنی، در سه تست پیروی از تعادل مشاهده شد. این بررسی دلایل و نتایج اولیه را برای وجود جمعیت‌های متمایز ماهی گورخری زاگرس نشان می‌دهد، بنابراین توجه و اقدامات جدی برای حفظ ذخایر ژنتیکی آن ضروری است.This study was aimed to investigate the genetic diversity of zagros Mosquito fish (Aphanius vladykovi) which is a small plagic fish from cyprinodontidae family and an endemic fish of Chaharmahall-o-Bakhtiari Province, by using microsatellite markers. For this purpose 46 fishes were collected in fall 2011 from Chehelgazi and Madar-o-dokhtar spring. Six polymorphic microsatellite loci were used in this study. Number of observed alleles in populations with an average was 11.41 and the observed heterozygosity in the Chehelgazi and Madar-o-dokhtar spring was 0.993 and 0.957, respectively that indicated Aphanius long-term reproductive is a proof on reproductive success and increasing heterozygosity. The result of Fst (0.023) and Rst (0.092) indicated low genetic differentiation among populations. Analysis of Molecular Variance indicated only 2 percent genetic diversity between populations and genetic distance between populations was 0.322. Gene flow between two regions was equal to 19.097 that this high amount of gene flow may be affected by the statistical calculations. In the study of Hardy-Weinberg equilibrium, after Bonferroni correction factor, among the 12 tests of population-loci, 3 tests were in equilibrium. The present study indicated preliminary reasons and results for the existence of distinct populations of zagros Mosquito fish so attention and strict measures to protect of its genetic resources is essential.Aphanius vladykovi تنوع ژنتیکی چهارمحال و بختیاری ریزماهوارهAphanius vladykovi, Chaharmahall-o-Bakhtiari, Genetic diversity, Microsatellite697705http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1623SAHosseiniسیده آمنهحسینیahossaini.9571@gmail.comYesAShabaniعلیشعبانیNoHRRezaeiحمیدرضارضاییNo
Faهم‌ردیف‌سازی چندگانه و رسم درخت فیلوژنتیک به روش Neighbor-joining ژن cp ویروس موزاییک کاهو در استان گلستانMultiple alignment and phylogenetic tree drawn by the neighbor-joinin cp gene of Lettuce mosaic virus in Golestan provinceژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperاخیراً علائم بیماری ویروسی موزاییک کاهو (Lettuce mosaic virus, LMV) در سطح وسیعی از مزارع کاهو استان گلستان شایع شده‌است. این ویروس از بیمارگرهای مخرب و مهم اقتصادی است که متعلق به جنسPotyvirus و خانواده Potyviridaeمی‌باشد. طی سال زراعی 93-1392 به‌منظور ردیابی ویروس LMV، 93 نمونه که دارای علائم موزاییک، پیسک، کوتولگی و عدم تولید تاج طبیعی بودند از مزارع کاهو استان گلستان جمع‌آوری شده و آلودگی ویروسی در نمونه‌ها به وسیله آزمون DAS-ELISA و آنتی‌سرم منوکلونال LMV بررسی شد. نتایج آزمون سرولوژیکی نشان داد که 80 نمونه از نظر آلودگی به ویروس مثبت بودند، در حالی‌که علائم زردی منفی بود. از نمونه‌های آلوده، تعدادی از آن‌ها به منظور ردیابی ویروس تعیین ترادف شدند.RNA کل از نمونه‌های مذکور استخراج شد و در آزمون RT-PCR با استفاده از آغازگر عمومی پوتی‌ویروس، قطعه 327 جفت بازی تکثیر شد که مربوط به ژن Cp می‌باشد. توالی‌های بدست آمده، با توالی‌های موجود در GenBank، مقایسه شدند. هم‌ردیف‌سازی‌های چندگانه و آنالیزهای تبارزایی با نرم‌افزارهای DNASTAR، DNAMAN، Clustal X انجام و درخت فیلوژنتیک به روش Neighbor-joining ترسیم شد. نتیجه ترادف توالی نشان داد که نمونه‌های استان گلستان به LMV آلوده می‌باشند و آنالیزهای تبارزایی تعیین کرد که جدایه گلستان شباهت 7/99 درصدی در سطح نوکلئوتیدی با جدایه فرانسه (Z78229) داشت. این اولین گزارش از آلودگیLMV و تعیین توالی Cp ژنوم این ویروس در استان گلستان می‌باشد.lately the symptoms of this viral diseases Lettuce mosaic virus (LMV) have become prevalent in lettuce farms. This virus destructive and economically important disease which is belonging to the genus potyvirus of potyviridae. In order to detect these viruses plants were visited, and 93 samples with mosaic, mottle, stunting and absence of natural crown symptoms were collected in 2013- 2014 from lettuce fields around Gorgan and transferred to the lab in plastic bags and beside the ice. samples were examined using DAS-ELISA serological test by LMV-IgG monoclonal antibodies. 80 samples with symptoms of mosaic, and mottle showed positive reactions to the ELISA test and yellowing symptoms had negative results. Some of the infected samples were chosen for sequencing. Total RNA of the samples was extracted to confirm the virus infection after cDNA syntheses, to amplify a partial fragment of protein coat gene (CP) by reverse transcription polymerase chain (RT-PCR) using potyvirus universal primers (Oligo1n/Oligo2n). The sequence were compared by different countries in Gen Bank. Multiple alignment and phylogenetic analysis performed by DNASTAR, DNAMAN, ClustalX programs and the neighbor-joinin method was drawn for phylogenetic tree. Sequencing results revealed the samples were infected by LMV. Phylogenetic analysis of iranian isolate (Golestan) showed 99.7% similarity at the nucleotide level with french isolate ) Z78229). this is the first report of sequencing of LMV virus protein coat from lectuce fields in Golestan province of Iran.ویروس موزاییک کاهو (LMV) آزمون سرولوژیکی DAS-ELISA RT-PCR تجزیه تبارزاییDAS-ELISA, Lettuce mosaic virus (LMV), Phylogenetic analysis , RT-PCR707715http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1624SAliganiسپیدهعلیجانیalijani.sepideh@yahoo.comYesSNasrollahnejadسعیدنصرالله نژادNoMJafariمجیدجعفریNoFZinati fakhrabadفاطمهزینتی فخرآبادNo
Faارزیابی عملی مکان یابی جایگاه صفت کمی مرتبط با صفات لاشه روی کروموزوم 2 در بلدرچین با استفاده از طرح ناتنیEmpirical evaluation to QTL mapping of carcass traits in quail using a half-sib design on chromosome 2ژنتیک جانوریAnimal Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperبرای شناسایی جایگاه‌های صفات کمی (QTL) موثر بر لاشه و اجزاء آن روی کروموزوم دو در بلدرچین ژاپنی از یک طرح ناتنی پدری استفاده شد. از آمیزش متقابل دو سویه سفید (تخمگذار) و وحشی (گوشتی) بلدرچین ژاپنی تعداد 34 پرنده در نسل اول ایجاد شد و از آمیزش پرندگان نسل اول در قالب 9 خانواده ناتنی پدری تعداد 422 نتاج در طی پنج هچ متوالی تولید شد. رکوردگیری فنوتیپی از صفات مربوط به لاشه پرندگان انجام شد و تمامی پرندگان مربوط به 9 خانواده ناتنی پدری برای 4 نشانگر ریزماهواره موجود بر روی کروموزوم دو تعیین ژنوتیپ شدند. تجزیه QTL به روش مکان‌یابی درون فاصله‌ای مبتنی بر رگرسیون به‌صورت طرح ناتنی پدری توام و انفرادی انجام شد. در طرح ناتنی پدری توام، صفات وزن پیش معده و درصد پیش معده نزدیک نشانگر GUJ0084 و در موقعیت 49 سانتی‌مورگان و درصد پانکراس نزدیک نشانگر GUJ0093 و در موقعیت 60 سانتی مورگان دارای QTL معنی‌دار بودند و در طرح ناتنی پدری انفرادی، علاوه بر سه QTL معنی‌دار ذکر شده در طرح توام، 12 QTL معنی‌دار دیگر در موقعیت‌های مختلف و با اثر جایگزینی آللی یافت شد. درصد واریانس QTL در تجزیه انفرادی در محدوده 67/6 تا 87/33 و در تجزیه توام در محدوده 35/2 تا 10/6 قرار داشت. QTL‌های شناسایی شده برای صفات لاشه در این تحقیق می‌توانند در بررسی ژن‌های کاندیدا و نیز انجام انتخاب به کمک نشانگر برای صفات لاشه در بلدرچین ژاپنی مفید باشند.To identify quantitative trait loci (QTL) on chromosome 2 affecting carcass traits and its components, a paternal half-sib design was implemented in Japanese quail. Using a reciprocal cross between two strains, white (laying) and wild (broiler) of Japanese quail, 34 birds were obtained in F1 generation and 422 offspring related to 9 paternal half-sib families in 5 consecutive hatches were generated. Progeny from 9 paternal half-sib families were measured for carcass traits, and genotyped for four microsatellite markers on chromosome 2. QTL analysis was performed with least squares interval mapping method based on regression in across and individual paternal half-sib family. In across paternal half-sib family design traits of Pre-stomach weight and percentage close to the GUJ0084 marker in position 49 cM and pancreas percentage in 60 cM position and close to GUJ0093 marker were significant. In individual paternal half-sib family design in addition to the three traits mentioned in across family, 12 other traits in different situations and with the allele substitution effect had significant QTL. Percentage of QTL variance in individual family ranged from 6.67 to 33.87 and in across family ranged from 2.35 to 6.10. QTLs discovered for carcass traits in this study can be useful to survey candidate genes and marker-assisted selection for carcass traits in the Japanese quail.بلدرچین ژاپنی جایگاه صفات کمی صفات لاشه طرح ناتنی پدریCarcass traits, Japanese quail, Paternal half-sib designs, Quantitative trait loci717725http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1625ENasirifarاحساننصیری فرEhsan.nasirifar@gmail.comYesAEsmailizadeh Koshkoiyehعلیاسماعیلی‌زاده‌کشکوئیهNoHMoradianحسنمرادیانNoSSohrabiسعیدسهرابیNo
Faارزیابی تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های مازودار (Quercus infectoria) جنگل‌های زاگرس شمالی با استفاده از نشانگر مولکولی SCoT وخصوصیات ریخت‌شناختی و بیوشیمیاییGenetic diversity assessment of gal oak (Quercus infectoria) populations in north Zagros forests using ScoT molecular marker and morphological and biochemical characteristicsژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperبه‌منظور مقابله با پیامدهای فشار تخریبی ساکنان محلی بر تنوع ژنتیکی جنگل‌های غالباً بلوط زاگرس، شناسایی مراکز تنوع ژنتیکی و مدیریت پایدار ذخایر ژنتیکی این جنگل‌ها ضروری است. هدف از این مطالعه، بررسی تنوع ژنتیکی در میان 150 پایه مازودار (Quercus infectoria) برگرفته از 10 جمعیت طبیعی این گونه درجنگل‌های زاگرس شمالی با استفاده از نشانگر چندشکلی کدون آغاز هدف (SCoT) و خصوصیات ریخت‌شناختی و بیوشیمیایی برگ بود. بر اساس خصوصیات ریخت‌شناسی و بیوشیمیایی برگ تنوع بالایی در جمعیت‌ها وجود داشت. تجزیه خوشه‌ای مبتنی بر داده‌های ریخت‌شناسی و بیوشیمیایی جمعیت‌ها را در سه خوشه‌ اصلی گروه‌بندی کرد. از مجموع 10 آغازگر SCoT مورد استفاده 136 نوار تکثیر شد که از این تعداد، 135 نوار (99 درصد) چند شکل بودند. با تفکیک تنوع ژنتیکی مشاهده شده در جمعیت‌ها توسط تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) مشخص شد که بخش عمده تنوع ژنتیکی (76 درصد) مربوط به درون جمعیت‌هاست. اما، بین جمعیت‌ها هم تفاوت معنی‌داری وجود داشت. به‌نظر می‌رسد که جریان ژنی گسترده ناشی از گرده‌افشانی وسیع گونه‌های بلوط‌ به کمک باد یکی از عوامل اصلی ایجاد کننده چنین وضعیتی است. تجزیه خوشه‌ای مبتنی بر نشانگر SCoT، جمعیت‌های مورد مطالعه را بدون این‌که رابطه مشخصی با منشا جغرافیایی آن‌ها داشته باشد در خوشه‌های مجزا گروه‌بندی کرد. اطلاعات این مقاله می‌تواند برای پایه‌ریزی راهبردهای حفاظت از ذخایر ژنتیکی مازودار در جنگل‌های زاگرس سودمند باشد.Identification of genetic diversity and sustainable management of genetic resources is essential for confronting against degrading pressures of local dwellers on genetic resources of oak-dominated Zagros forests. The goal of this study was to investigate genetic diversity among 150 individuals of Quercus infectoria representing ten populations from north-Zagros forests using start codon targeted (SCoT) polymorphism marker and leaf morphological and biochemical characteristics. High variability was revealed between populations according to both morphological and biochemical characteristics of leaves. Based on morphological and biochemical data the studied populations divided into three main clusters. Ten selected SCoT primers generated 136 bands, of which 135 bands (99%) were polymorphic. Genotypic analysis of molecular variance (AMOVA) indicated that most of the genetic variability (76%) existed within populations but significant differences were also found between populations. Extensive gene flow via wind-mediated pollination in oaks might be important factor for explaining this situation. SCoT primers-based cluster analysis grouped the populations into distinct clusters without any clear relationship with their geographic origin. The information documented in this paper could be valuable for establishment of conservation strategies for genetic resources of gall oak of north-Zagros forests.بلوط نشانگر مولکولی تنوع ژنتیکی چندشکلی نواحی هدف کدون شروع (SCoT)Genetic diversity, Molecular marker, Oak, Start codon targeted (SCoT) polymorphism727739http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1626LAlikhaniلیلاعلیخانیNoNShabanianنقیشعبانیانNoHBadakhshanهدیهبدخشانb.badakhshan@uok.ac.irNoMShafie Rahmaniمحمدشفیع رحمانیNo
Faنقش محتمل ژن الکل دهیدروژناز در خنثی‌سازی مایکوتوکسین دی‌اکسی‌نیوالنول در مرحله بالغ و گیاهچه‌ای گندمThe class I alcohol dehydrogenase gene, ADH1, may plays a major role in detoxifying Deoxynivalenol mycotoxin at seedling and adult stage of wheatژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کاملResearch Paperقارچ فوزاریوم از قارچ‌های آلوده کننده گندم در سطح جهان می‌باشد که باعث بیماری ویرانگر بلایت فوزاریومی گندم (FHB) می‌شود که علاوه بر کاهش تولید جهانی گندم، به دلیل آلودگی دانه‌ها به تجمع مایکوتوکسین‌ها از جمله توکسین دی‌کسی‌نیوالنول در سلامت و ایمنی مواد غذایی تاثیر بسیاری دارد. در مطالعه حاضر، پاسخ ژن الکل دهیدروژناز در آلودگی به توکسین خالص DON، اسپور و عصاره قارچ در بافت‌ها و مراحل رشدی مختلف سه رقم متحمل و حساس گندم نسبت به FHB مورد بررسی قرار گرفت. نتایج واکنش زنجیره‌ای پلیمراز در زمان واقعی نشان داد میزان بیان ژن الکل دهیدروژناز در سنبله‌های آلوده به توکسین DON در 12 ساعت پس از آلودگی در رقم مقاوم سومای‌تری و فرونتانا افزایش شدیدی داشته‌است. همچنین الگوی تظاهر مشابهی از ژن الکل دهیدروژناز در هیپوکوتیل، ریشه و برگ در مرحله گیاهچه‌ای مشاهده شد، این در حالی است که بیان ژن الکل دهیدروژناز در بافت سنبله گیاه بالغ بیش از مرحله گیاهچه‌ای بوده است. الگوی بیان ژن الکل دهیدروژناز در پاسخ به توکسین DON، سوسپانسیون و عصاره قارچ نشان داد که DON می‌تواند به عنوان یک الیسیتور در بیان ژن الکل دهیدروژناز عمل کرده و منجر به تولید آنزیم الکل دهیدروژناز نوع یک شود که احتمالاً نقش مهمی در سم‌زدایی توکسین DON و سایر مایکوتوکسین‌ها در مراحل اولیه آلودگی به فوزاریوم در ارقام متحمل دارد.Fusarium pathogen infect wheat globally and cause a devastating disease namely Fusarium head blight (FHB) which have a significant impact not only on global wheat production, but also on food safety because of grain contamination during infection with trichothecene mycotoxins, such as deoxynivalenol (DON). In the present study, the response of wheat alcohol dehydrogenase (ADH1) gene to DON, Fusarium culture extract and vital Fusarium infection has been investigated in different tissue and developmental stages of wheat FHB resistance and susceptible genotypes. Real-time PCR analysis revealed that treatment of wheat spikelet with DON rapidly induced transcripts of ADH1 gene within 12h more highly in FHB resistance genotype, Sumai3 and Frontana. However similar pattern of gene expression was observed in hypocotyl, root and leaf tissue at seedling stage while ADH1 gene were more highly expressed in wheat spikelet tissue at adult plant rather than seedling stage. Expression pattern of ADH1 gene in response to DON infection singly and or within culture extract and vital pathogen are consistent with a model in which DON could be act as an elicitor for expression of ADH1 gene which encode class I alcohol dehydrogenase enzyme may plays a major role in detoxifying deoxynivalenol and related trichothecene mycotoxins compounds during early stage of fusarium infection in resistance cultivar.الکل دهیدروژناز بلایت فوزاریومی سنبله خنثی‌سازی گندم DONAlcohol dehydrogenase, Detoxification, DON, Fusarium head blight, Triticum aestivum741748http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1627NAlemiنرجسعالمیNoHSoltanlooحسنسلطانلوsoltanlooh@gau.ac.irNoAYamchiاحمدیامچیNoSSRamezanpourسیده سانازرمضانپورNoSNavabpourسعیدنواب پورNo
Faهمسانه سازی و انتقال ژن AtCDPK5 به توتونCloning and transformation of AtCDPK to tobaccoژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کوتاهShort Communicationتنش‌های محیطی مهم‌ترین عامل کاهش عملکرد محصولات زراعی هستند. ژن AtCDPK5 یکی از ژن‌های خانواده‌ بزرگ CDPK در گیاهان است که نقش مهمی در پاسخهای دفاعی گیاه نسبت به تنش‌های غیر زیستی دارد. هدف از این پژوهش همسانه سازی ژن AtCDPK5و انتقال آن به توتون به‌منظور افزایش تحمل به تنش‌های غیر زیستی بود. بدین منظور ابتدا RNA از برگ گیاه آرابیدوپسیس استخراج و cDNA ساخته شد. ژن AtCDPK5 توسط انجام واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با آغازگرهای اختصاصی تکثیر و به ناقل pGEM-T وارد و در باکتری E.coli ‌کلون شد. سپس قطعه‌ ژن مورد نظر درون ناقل pBI121 قرار داده شده و در باکتری E.coliکلون شد. یکپارچگی سازه حاوی ژن AtCDPK5 توسط انجام کلونی PCR تایید شد و توالی‌یابی قطعه، وجود ژن را اثبات کرد. پلاسمید نوترکیب حاصل از طریق تکنیک اگرواینفکشن به گیاه توتون منتقل شد. پس از هم‌کشتی با اگروباکتریوم، رشد ریزنمونه‌های گیاه توتون در محیط انتخابی حاوی غلظت‌های مختلف کانامایسین و سفوتاکسیم تراریختی آن‌ها را تایید کرد. گیاهچه‌های تراریخت به محیط ریشه‌زایی و سپس به گلدان منتقل شدند. واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با آغازگرهای اختصاصی تراریخت بودن گیاهان توتون را در سطح DNA وcDNA تایید کرد.Enviromental stresses are the most important factors limiting crops production worldwide. Being a member of CDPK family, AtCDPK5 gene plays an important role in plant defense responses to abiotic stresses. The objective of this study was to clone AtCDPK5 and transfer it to tobacco in order to increase abiotic stress resistance. Total RNA extracted from Arabidopsis thaliana leaves and converted into cDNA. AtCDPK5 was amplified by PCR with specific primers and transformed to pGEM-T easy vector and cloned in E.coli. The integrity of the construct was verified by colony PCR on the clones grown in LB medium containing Ampycilin. The gene fragment was inserted into pBI121 vector and then cloned in E.coli. The clones were grown in LB medium containing kanamycin and the integrity of the construct was verified by colony PCR. The recombinant plasmid was introduced into Agrobacterium tumefaciens. The constructions were transformed by Agroinfection method into of tobacco explants. After plant adaptation period, plants were moved into pots and kept in greenhouse. Transgenic plants were selected by Kanamycin, Sephotaxim and Rifampsin resistance. Trasformation was also verified on cDNA level by PCR with specific primers.تراریزش ژن AtCDPK توتون همسانه سازیAtCDPK gene, Cloning, Tobacco, Transformation749754http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1628RHaghighiرویاحقیقیNoVMohammadiولی الهمحمدیvmohammadi@ut.ac.irNoAAbasiعلیرضاعباسیNo
Faتاثیر هورمون اسید‌آبسزیک و سیتوکینین بر بیان ژن فلاونول سنتاز (FLS) در گیاه علف مورچه (Cressa cretica)Influence of abscisic acid and cytokinin hormones on flavonol synthase (FLS) gene expression in alkali weed (Cressa cretica)ژنتیک گیاهیPlant Geneticsپژوهشی کوتاهShort Communicationدر این مطالعه، بیان ژن فلاونول سنتاز (FLS) در نمونه‌های تیمار شده با کاربرد خارجی هورمون اسید آبسزیک با غلظت ppm 300 در مرحله رویشی و پس از گذشت 4 ماه از رشد گیاه اسپری در دو زمان به فاصله 8 روز و غلظتppm 500 ABA و BAP با استفاده از روش Real Time PCR، بررسی شد. هدف از بررسی اثر هورمون اسید‌آبسزیک در دو زمان، بررسی اثر غلظت و مدت زمان ماندگاری هورمون اسید آبسزیک در گیاه علف مورچه بر روی بیان ژن FLS بود. تجزیه داده‌ها با روش «پافل و REST» انجام شد. ارزیابی داده‌ها با استفاده از نرم افزار SAS و از طریق آزمون دانکن نشان داد که میانگین تغییرات بیان ژن فلاونول سنتاز برای تیمارها در مقایسه با شاهد 4/2 -4/1 برابر شد. تیمار دوم که به‌کارگیری مرحله دوم هورمون اسید‌آبسزیک با غلظت ppm 300 است، بیش‌ترین تاثیر را در بیان ژن فلاونول سنتاز داشت و در سطح یک درصد‌ معنی‌دار شد (01/0p<). مرحله اول به‌کارگیری هورمون اسید‌آبسزیک در بیان ژن فلاونول سنتاز نیز تاثیر داشت اما میزان بیان ژن ناچیز بود. تحلیل نتایج و مقایسه میزان بیان ژن FLS در دو زمان نشان داد که هر چه هورمون اسید آبسزیک در گیاه بیشتر باقی بماند میزان بیان ژن فلاونول سنتاز بیشتر خواهد بود. بیان ژن FLS طی به کارگیری ppm 500 هورمون سیتوکینین افزایش می‌یابد. طی مقایسه دو روش پافل و نرم افزار REST، روش پافل به‌منظور تجزیه داده‌ها پیشنهاد می‌شود.In this study, samples were treated with external application of abscisic acid (300 ppm) at two-stages in Vegetative stage after 4 months growth of 8-day spray interval and 500 ppm for abscisic acid (ABA) and cytokinine (BAP) hormone only at one stage for FLS gene expression using Real Time PCR. The purpose of using abscisic acid in two stages was to find the effect of hormone concentration and abscisic acid durability on FLS gene expression. Analysis of data performed using Pfaffl method and REST software. Evaluation of flavonol synthase gene expression using SAS software and Duncan test proved that the mean change for treatments was obtained to the 1.4- 2.4-fold compared to the control sample. Second treatment (implementation of 300 ppm ABA in second stage) resulted the greatest affect on flavonol synthase gene expression and was significant in 1%, (p <0.01). The first step of 300 ppm ABA affected in FLS gene expression, but the rate of gene expression was minimal. Analysis of results demonstrated that Whatever ABA more remains in aerial part of Cressa cretica, flavonol synthase gene expression would be much. In addition to these treatments, 500 ppm concentratin of cytokinin applied and it is observed that FLS gene expression significant at the 5%. It is proved that cytokinin affected on gene expression. In comparing Pfaffl and REST method for analysis of data, it is recommended that Pfaffl formula for analysis is better.روش پافل علف مورچه طب سنتیCressa cretica RESTAlkalli weed, Cressa cretica, Pfaffl method, Rest software, Traditional medicine755760http://mg.genetics.ir/Pages/PublishedArticles.aspx?paid=1629DNaderiداودنادریnaderi.davoud02@gmail.comYesMSoloukiمحمودسلوکیNoBFakheriبراتعلیفاخریNo