fa شبکه های miRNA-mRNA در کارسینوم سلول کبدی: یک رویکرد بیوانفورماتیکی ژنتیک انسانی Subject 03 پژوهشی کامل Applicable <span dir="LTR"></span> <h1 dir="RTL" style="text-align:justify"><span style="font-family:Tahoma;"><span style="font-size:9pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">کارسینوم سلول کبدی (هپاتوسلولار کارسینوما) شایع‌ترین بدخیمی اولیه کبدی و یکی از علل اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان در سراسر جهان است. پژوهش‌های گوناگون تایید کننده این مطلب است که برهمکنش </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">microRNA</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">‌ها و </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">mRNA</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">‌ها نقش مهمی در شروع و پیشرفت هپاتوسلولار کارسینوما دارند.</span> <span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">از این‌رو برای درک بهتر شبکه برهمکنش </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">miRNA-mRNA</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">، ابتدا داده‌های بیان ژن حاصل از آزمایش ریز آرایه مربوط به بافت کبد (</span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">GSE number: GSE39791</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">) مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. در نهایت 6 ژن افزایش بیان یافته و 62 ژن کاهش بیان یافته با استفاده از بسته نرم‌افزاری </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">LIMMA</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt"> در محیط </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">R</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt"> شناسایی شد. پس از آنالیز لیست ژن‌های معنی</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">‌</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">دار (</span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">mRNAs</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">) در دیتابیس </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">miRNet</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt"> بر مبنای بافت کبدی؛ تعداد 56 میکرو </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">RNA</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt"> به‌عنوان عوامل برهمکنش کننده یا تارگت‌کننده </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">mRNA</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">‌هایِ معنی‌دار یافت شد که در نهایت شبکه </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">miRNA-mRNA</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt"> به</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">‌</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">وسیله نرم‌افزار </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">Cytoscape</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt"> رسم ‌شد.</span> <span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">آنالیز مسیرها و فرآیندهای بیولوژیکی </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">mRNA</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt">‌هایِ معنی‌دار با بسته‌های نرم‌افزاری </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">clusterProfiler</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt"> و </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt">Goplot</span><span lang="AR-SA" style="font-size:10.0pt"> نشان داد که مسیرهای متابولیسم رتینول، متابولیسم دارو و کارسینوژن‌های شیمیایی از همه معنی‌دارتر بودند. اما؛ سم‌زدایی از ترکیبات غیرآلی، فرآیند متابولیسم رتینول و فرآیند متابولیسم ترپنوئید شاخص‌ترین فرآیندهای بیولوژیکی بودند. بررسی مسیرهای سیگنالینگ نشان داد که مسیر متابولیک به‌عنوان یک نشانگر زیستی مهم در این نوع سرطان دستگاه گوارش بوده که ممکن است در پاتوژنز نقش داشته باشد. به‌طور خلاصه، بررسی حاضر شواهدی ارائه می‌دهد که می‌تواند در پیش ‌آگهی تومورهای کبد در آینده مؤثر باشد.</span></span></span></span></span><span style="font-size:9pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" romans="" style="font-family:" times=""><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"></span></span></span></span></span></h1> <h1 dir="RTL" style="text-align:justify"><span style="font-family:Tahoma;"><span style="font-size:9pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><strong><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="font-family:"Times New Romans","serif""></span></span></strong></span></span></span></span></h1> <span style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:107%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common primary liver malignancy and is a leading cause of cancer-related death worldwide. Many studies confirm that the interaction between microRNAs and mRNAs plays an important role in the incipience and progression of HCC. Accordingly, to better appreciate the miRNA-mRNA interaction, gene expression data from liver tissue (GSE39791) was analyzed. Finally, six up-regulated and 62 down-regulated genes were identified using the LIMMA package in R. After that, significant mRNAs were analyzed by the miRNet database based on liver tissue; significant interactions of 56 microRNAs were found that targeted mRNAs, miRNA-mRNA network was visualized by Cytoscape software. Pathways analysis and biological processes of significant mRNAs with clusterProfiler and Goplot packages showed that the retinol metabolism, drug metabolism and chemical carcinogens pathways were the most significantly affected in HCC. But, the detoxification of inorganic compounds, retinol metabolism and terpenoid metabolism were the most meaningful in biological processes. Examination of signalling pathways revealed that the metabolic pathway is a critical biomarker in both of these two types of gastrointestinal cancer, which may serve a role in the pathogenesis. Examination of signaling pathways revealed that, the metabolic pathway as a critical biomarker in both of these two types of gastrointestinal cancer, which may serve a role in the pathogenesis. In summary, the present survey provided evidence that could support the prognosis of liver tumors in the future.</span></span></span> برهمکنش, کارسینوم سلول کبدی, نشانگرهای زیستی, miRNA و mRNAs. biomarkers, Hepatocellular carcinoma (HCC), interaction, miRNAs and mRNAs. 265 271 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-330-1&slc_lang=fa&sid=1 Nahid Askari ناهید عسکری n.askari@kgut.ac.ir 10031947532846007220 10031947532846007220 Yes Department of Biotechnology, Institute of Sciences and High Technology and Environmental Sciences, Graduate University of Advanced Technology, Kerman, Iran گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان ، ایران Morteza Hadizadeh مرتضی هادی زاده morteza.hadizade@gmail.com 10031947532846007221 10031947532846007221 No Physiology Research Center, Institute of Neuropharmacology, Kerman University of Medical Sciences, Kerman, Iran مرکز تحقیقات فیزیولوژی، پژوهشکده نوروفارماکولوژی، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، کرمان، ایران