برای مقابله با چالش‌های فعلی در کشاورزی، ویرایش ژنوم با استفاده از نوکلئازهای اختصاصی محل (SSNs) به‌عنوان یک ابزار قدرتمند برای تحقیقات زیست‌شناسی پایه و کاربردی ارائه شده است. در این مقاله، اصول و کاربرد ابزارهای ویرایش ژنوم، از جمله مگانوکلئازها (MN)، نوکلئازهای انگشت روی (ZFNs)، نوکلئازهای افکتور شبه فعال‌کننده‌ی رونویسی (TALENs) و تناوب‌های کوتاه پالیندروم فاصله‌‌دار منظم خوشه‌ای CRISPR/Cas9 توصیف می‌شود. در این میان؛ CRISPR/Cas9، به‌عنوان جدیدترین فناوری ویرایش ژنوم، به سرعت در حال توسعه است و با موفقیت در بسیاری از ارگانیسم‌ها مورد استفاده قرار گرفته است. این مقاله به‌طور خاص قدرت CRISPR/Cas9 را به‌عنوان ابزاری برای مهندسی ژنوم گیاهی نشان می‌دهد و نقاط قوت و ضعف فن‌آوری CRISPR/Cas9 را در مقایسه با سه ابزار ویرایش مجدد ژنوم، MNs، ZFNs و TALEN تشریح می‌نماید.