بیماری لکه قهوه­ای توری با عامل قارچی  Pyrenophora teresیکی از بیماری‌های مهم جو در ایران است. شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با مقاومت به این بیماری می‌تواند فرایند تولید ارقام جدید را تسریع کند. در این مطالعه از یک جمعیت متشکل از 142 رقم جو دو ردیفه بهاره برای تجزیه نقشه­یابی ارتباطی با استفاده از 407 نشانگر SSR و AFLP استفاده شد. داده­های فنوتیپی نیز از ارزیابی بیماری در دو مرحله گیاهچه­ای و گیاه کامل حاصل شد. ارزیابی­های گیاهچه­ای (با یک ایزوله فرم نقطه‌ای بیماری لکه قهوه­ای توری) و مرحله گیاه کامل به‌ترتیب در شرایط کنترل شده در ایستگاه تحقیقات کشاورزی (طرق) مشهد و مزرعه ایستگاه تحقیقات کشاورزی عراقی محله (گرگان) طی سال‌های زراعی 96-1395 و 97-1396 انجام شد. بر اساس نتایج به‌ترتیب 83 و 80 درصد ارقام مورد ارزیابی در مرحله گیاهچه‌ای و گیاه کامل نیمه حساس تا حساس بودند. بررسی ساختار جمعیت، لاین‌های مورد مطالعه را به دو زیرجمعیت احتمالی (K=2) تقسیم نمود. با انجام تجزیه ارتباطی در دو مرحله گیاهچه‌ای و گیاه کامل به‌ترتیب شش و 13 مکان ژنومی مرتبط با مقاومت به بیماری بر روی نقشه مکان­یابی شدند که بین 9/2 (QRpts6H) تا 18 درصد (QRpta4H) از کل واریانس ژنتیکی را تبیین کردند. چهار نشانگر (E38M50-119, E38M50-355, E38M50-390, E35M54-163) در هر دو مرحله رشدی گیاه مشترک بودند. از این­رو شناسایی این نشانگرها می‌تواند در درک بیشتر ساختار ژنتیکی مقاومت به بیماری لکه قهوه‌ای توری و توسعه نشانگرهای مولکولی تشخیصی کمک کند و مقدمه‌ای برای انجام تحقیقات دقیق‌تر در نواحی کاندید شناسایی شده در ژنوم جو باشند.