ساختارهایی که مولکول­های microRNA بالغ از آن­ها حاصل می­شوند (pri-microRNA و pre-microRNA) دارای ویژگی­های به‌خصوصی هستند که آن­ها را از مولکول‌های مشابه، متمایز ساخته و برای آنزیم‌ها و پروسسورها قابل شناسایی می‌نماید. این خصوصیات­ عمدتاً متاثر از ویژگی‌های ساختار ثانویه مولکول RNA است. به‌همین دلیل، تا به امروز الگوریتم­های متعددی به‌منظور پیش‌بینی ساختار ثانویه برای توالی‌های پلی­نوکلئوتید طراحی شده است. نرم‌افزار CTAnalyzer الگوریتمی است که با هدف رقومی­سازی ویژگی­های ساختارهای ثانویه مولکول RNA طراحی شده و طبقه‌بندی این ساختارها را با محوریت ویژگی­های مهم در شناسایی مولکول­های microRNA انجام می‌دهد. در تحقیق حاضر، نرم‌افزار CTAnalyzer با تعریف فیلترها و ضوابط مناسب، برای بررسی و طبقه‌بندی ساختارهای ثانویه استخراج شده از توالی ژنوم گیاه Azadirachta indica مورد استفاده قرار گرفت و هدف از این پژوهش، بررسی کارامدی این نرم‌افزار در شناسایی جزئیات ساختاری RNA دو رشته­ای و دسته­بندی توالی­ها برمبنای ویژگی­های ساختارهای ثانویه آن­ها بود. برای این منظور همردیفی بین ژنومA. indica  و تمام توالی­های miR گیاهی به‌وسیله الگوریتم BLASTn انجام گرفت و تعداد 80217 ناحیه در سراسر ژنومA. indica  با هومولوژی قابل قبول شناسایی شدند. پس از گسترش طولی نواحی شناسایی شده در هم‌ردیفی و حذف توالی‌هایی که در نواحی کدکننده ژنوم قرار داشتند، برای 38067 توالی باقی‌مانده پیش‌بینی ساختار ثانویه انجام گرفت. مقادیر مورد توافق برای ضوابط مربوط به ساختارهای ثانویه microRNA در فیلتر نرم‌افزار CTAnalyzer تعریف شد و این نرم‌افزار موفق به شناسایی و معرفی توالی‌های کاندید microRNA شد. بر اساس نتایج نرم‌افزار CTAnalyzer از کل 566754 ساختار ثانویه مورد بررسی برای شناسایی microRNA‌های ژنوم A. indica، تعداد 482 ساختار ثانویه (08/0 درصد) با دارا بودن تمام ویژگی‌های مورد تایید برای microRNA‌ها شناسایی شدند.