حفظ خلوص ژنتیکی و همسانی گیاهچه­های حاصل از تکثیر درون شیشه­ای با گیاه مادری یکی از مهمترین پیش نیازهای اساسی در ریز ازدیادی گونه­های گیاهی به‌شمار می‌رود. در مطالعه حاضر پایداری ژنتیکی در ۲۸ گیاهچه گل محمدی حاصل از ریزازدیادی که از ۳ محیط مختلف با غلظت­های مختلف تنظیم کننده­های رشد به‌دست آمده بودند به‌وسیله نشانگرهای SCoT وISSR  مورد بررسی قرار گرفت. پس از تهیه ریزنمونه­های لازم از یک پایه مادری مشخص، از محیط MS جامد برای مرحله استقرار ریزنمونه­ها استفاده شد و سپس ریز نمونه­های استقرار یافته به محیط پرآوری با سه غلظت مختلف تنظیم کننده‌های رشد منتقل شدند. برای ریشه‌دار کردن گیاهچه‌ها، نمونه­های حاصل از محیط پرآوری بر روی محیط MS جامد حاوی IAA و IBA واکشت شدند و سپس گیاهچه­های ریشه‌دار شده برای مرحله سازگاری به محیط گلخانه انتقال یافتند. استخراج DNA ژنومی از برگ‌های جوان گیاهچه‌های حاصل انجام شد. تعداد ۲۰ آغازگر SCoT و ۲۰ آغازگر ISSR برای ارزیابی پایداری ژنتیکی گیاهچه‌های حاصل از ریزازدیادی مورد استفاده قرار گرفت که از بین این ۴۰ آغازگر تنها ۱۴ آغازگر SCoT و 11 آغازگر ISSR باندهای مشخص و قابل امتیازدهی تکثیر کردند. با استفاده از مجموع ۲۵ آغازگر SCoT و ISSR تعداد ۱۳۹ مکان تکثیر شد که از این بین، تنها ۳۵ مکان چندشکلی نشان دادند. متوسط تعداد مکان چندشکل به ازای هر آغازگر برای نشانگرهای SCoT و ISSR به‌ترتیب برابر 5/1 و 3/1 به‌دست آمد. بر اساس پارامترهای ژنتیکی برآورد شده (حداکثر مقدار شاخص شانون، هتروزیگوسی و تعداد آلل موثر به‌ترتیب 42/0 ، 28/0 و 5/1 به‌دست آمد) و نتایج تجزیه‌های آماری داده‌ها در مجموع، سطح پایینی از تنوع دربین گیاهچه‌های حاصل از ریزازدیادی شناسایی شد. به‌خصوص گیاهچه‌های حاصل از محیط‌های شماره II و III تنوع بسیار کمتری در مقایسه با گیاهچه‌های حاصل از محیط I نشان دادند. بدین ترتیب این نتایج نشان داد که محیط‌های پرآوری شماره II و III می‌توانند با موفقیت برای تولید تجاری گیاهچه‌های کشت بافتی گل محمدی با حداقل احتمال ایجاد ناپایداری ژنتیکی مورد استفاده قرار گیرند.