اسب آخال- تکه یکی از قدیمی‌ترین نژادهای اسب در جنوب کشور ترکمنستان و شمال ایران است که برای زندگی در شرایط سخت محیطی آسیای مرکزی آداپته شده است. این نژاد نزدیک به 100 سال برای صفت سرعت مورد انتخاب قرار گرفته است، لذا بررسی ساختار ژنتیکی آن به انتخاب روند درست برنامه‌های اصلاح نژادی در نژاد‌های مختلف اسب کمک خواهد کرد. در این پژوهش از داده­های تعیین توالی کل ژنوم 86 راس اسب از 16 نژاد مختلف از سراسر دنیا استفاده شد. درخت فیلوژنی ترسیم شد و آنالیز مولفه­های اصلی با نرم‌افزار GCTA و ساختار جمعیت با نرم‌افزار ADMIXTURE ترسیم شد. نتایج درخت فیلوژنی نشان داد که همه نژاد­ها بر اساس مناطق جغرافیایی که انتخاب شده­اند، دسته‌بندی شده­اند. همچنین آنالیز مؤلفه­های اصلی بیشترین فاصله ژنتیکی بین آخال- تکه با نژاد­های استانداردبرد و تروبرد را نشان داد. نتایج ادمیکسچر نشان داد اسب آخال- تکه در جمعیت‌های فرضی K=4 و 5K= همولوگ ژنتیکی بود، اما زمانی‌که جمعیت فرضی 3K= و 2K= اعمال شد، افراد به‌ترتیب به سه و دو رنگ مختلف ظاهر شدند. میانگین تعداد Run Of Homozygosity در اسب آخال- تکه نسبت به نژاد­های تروبرد، سریا، استانداردبرد و کوارتر کمتر بود. بیشترین میزان عدم تعادل پیوستگی در تمام فواصل ژنوم مربوط به نژاد تروبرد بود و پس از آن، در مقایسه با سایرین، دو نژاد استانداردبرد و آخال- تکه الگوی مشابه داشتند. نتایج این پژوهش نشان داد که نژاد آخال- تکه کمتر از نژد­های تروبرد و استانداردبرد تحت برنامه‌های اصلاح نژادی قرار گرفته است و نیز میزان هتروزیگوسیتی آن در سطح متوسط است. از این رو، با توجه به استفاده از این نژاد در رشته­های دو سرعت، دو استقامت، پرش و حرکات نمایشی به‌نظر می­رسد، از تنوع ژنتیکی موجود در سطح ژنوم این نژاد می­توان در برنامه اصلاح نژادی مختلف اسب استفاده کرد.