کارسینوم سلول کبدی (هپاتوسلولار کارسینوما) شایع‌ترین بدخیمی اولیه کبدی و یکی از علل اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان در سراسر جهان است. پژوهش‌های گوناگون تایید کننده این مطلب است که برهمکنش microRNA‌ها و mRNA‌ها نقش مهمی در شروع و پیشرفت هپاتوسلولار کارسینوما دارند. از این‌رو برای درک بهتر شبکه برهمکنش miRNA-mRNA، ابتدا داده‌های بیان ژن حاصل از آزمایش ریز آرایه مربوط به بافت کبد (GSE number: GSE39791) مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. در نهایت 6 ژن افزایش بیان یافته و 62 ژن کاهش بیان یافته با استفاده از بسته نرم‌افزاری LIMMA در محیط R شناسایی شد. پس از آنالیز لیست ژن‌های معنی‌دار (mRNAs) در دیتابیس miRNet بر مبنای بافت کبدی؛ تعداد 56 میکرو RNA به‌عنوان عوامل برهمکنش کننده یا تارگت‌کننده mRNA‌هایِ معنی‌دار یافت شد که در نهایت شبکه miRNA-mRNA به‌وسیله نرم‌افزار Cytoscape رسم ‌شد. آنالیز مسیرها و فرآیندهای بیولوژیکی mRNA‌هایِ معنی‌دار با بسته‌های نرم‌افزاری clusterProfiler و Goplot نشان داد که مسیرهای متابولیسم رتینول، متابولیسم دارو و کارسینوژن‌های شیمیایی از همه معنی‌دارتر بودند. اما؛ سم‌زدایی از ترکیبات غیرآلی، فرآیند متابولیسم رتینول و فرآیند متابولیسم ترپنوئید شاخص‌ترین فرآیندهای بیولوژیکی بودند. بررسی مسیرهای سیگنالینگ نشان داد که مسیر متابولیک به‌عنوان یک نشانگر زیستی مهم در این نوع سرطان دستگاه گوارش بوده که ممکن است در پاتوژنز نقش داشته باشد. به‌طور خلاصه، بررسی حاضر شواهدی ارائه می‌دهد که می‌تواند در پیش ‌آگهی تومورهای کبد در آینده مؤثر باشد.