بیماری نیوکاسل یک بیماری ویروسی شناخته شده و یکی از اصلی‌ترین عوامل بیماری‌زا در صنعت طیور در سراسر جهان است. پروتئین ماتریکس (M) یکی از پروتئین‌های ساختاری ویروس بیماری نیوکاسل است که نقش مهمی در بیماری‌زایی، تکثیر و جوانه‌زنی ویروس دارد و همچنین پوشش ویروسی را به کمپلکس ریبونوکلئوپروتئین (RNP) پیوند می‌دهد. با توجه به نقش پروتئین ماتریکس، این مطالعه با هدف فراهم نمودن اطلاعات تکمیلی جهت تعیین هویت یک جدایه ویروس بیماری نیوکاسل با نام CH/RT40/IR/2011 شایع در گله‌های مرغ گوشتی تجاری استان خراسان رضوی انجام گرفت. ژن کامل پروتئین ماتریکس RT40 با استفاده از پرایمرهای اختصاصی تکثیر و سپس در پلاسمید PTZ57r/t کلون شد. پس از تعیین توالی نوکلئوتیدی تجزیه و تحلیل داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار CLC Main Workbench 5.5 انجام شد. درخت فیلوژنتیک با استفاده از روش Maximum likelihood با نرم‌‌افزار MEGA6 رسم شد. تعیین توالی ژن پروتئین ماتریکس (1241نوکلئوتید)، درخت فیلوژنتیک و آنالیز فواصل ژنتیکی بین ژنوتیپی نشان داد که  RT40با تحت ژنوتیپ VII.1.1 ویروس‌های بیماری نیوکاسل ایرانی (MF417546) و عراقی (MT370497,MT370499) شباهت دارد. بررسی توالی پروتئینی سیگنال‌های متمرکزکننده هسته‌ای (247KKGKKVTFDKIEEKIRR263) و دیگر نواحی پروتئین ماتریکس RT40 نشان داد که این ویروس بسیار شبیه به ویروس‌های فوق حاد بیماری نیوکاسل است. یافته‌های حاصل از این مطالعه تکمیل‌کننده اطلاعات لازم برای شناسایی کامل جدایه RT40 و معرفی آن به‌عنوان یک سویه بومی ویروس بیماری نیوکاسل بود.