دوره 18، شماره 2 - ( 7-1402 )                   جلد 18 شماره 2 صفحات 173-161 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Hejazi Z, Etehadpour M, Bagheri M. Bioinformatics evaluation of 16 plant species compounds in inhibiting of tyrosine phosphatase enzyme of Streptococcus pyogenes. MGj 2023; 18 (2) : 5
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1802-fa.html
حجازی زینب، اتحادپور مرضیه، باقری محبوبه. ارزیابی بیوانفورماتیکی ترکیبات فعال 16 گونه گیاهی در مهار آنزیم تیروزین فسفاتاز باکتری استرپتوکوکوس پیوژنز. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1402; 18 (2) :161-173

URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1802-fa.html


مرکز آموزش عالی کشاورزی بردسیر- دانشگاه شهید باهنر کرمان
چکیده:   (776 مشاهده)

استرپتوکوکوس پیوژنز نوع a (GAS a) یک باکتری گرم مثبت و مهم‌ترین گروه استرپتوکوک­ها است. فارنژیت استرپتوکوکی برای جلوگیری از انتقال عفونت‌ها و عوارض هم‌زمان با آلودگی و عواقب بعدی به درمان آنتی‌بیوتیکی مناسب نیاز دارد. هدف از این مطالعه، بررسی بیوانفورماتیکی ترکیبات فعال 16 گونه دارویی بر آنزیم تیروزین فسفاتاز (SP - PTP) است. این پژوهش به روش توصیفی- تحلیلی صورت گرفت. بدین منظور، ابتدا 850 ترکیب فیتوشیمیایی مورد تأیید 16 گونۀ گیاهی شامل آویشن، آلوئه­ورا، میخک، دارچین، زرشک، اکالیپتوس، زنجبیل، زوفا، مریم گلی، گزنه، زردچوبه، بارهنگ، بنفشه، پونه، شیرین بیان و حرا از مقالات جمع‌آوری و فرمول شیمیایی آن‌ها از پایگاه داده pubchem دریافت شد. پروتئین مورد نظر از سرور PDB دانلود شد. پس‌ازآن آماده‌سازی پروتئین و ترکیبات طبیعی (لیگاند) جهت آنالیز داکینگ مولکولی توسط نرم‌افزارهای DS Visualizer، Chimera5 و AutoDockTools انجام شد. سپس تعیین جایگاه فعال با استفاده از سرور آنلاینcastp  و نرم‌افزار PyMOL، داکینگ مولکولی ترکیبات گیاهی و پروتئین مورد نظر با نرم‌افزار Auto Dock Vina (Trott and Olson 2010) انجام شد. نتایج توسط دو نرم‌افزار +lig plot و 2.1 Discovery Studio بررسی شد. پس از آن استخراج خصوصیات فیزیکوشیمیایی ترکیبات از سرور  Swiss ADMEو تعیین کلاس سمیت ترکیبات بر اساس قوانین لیپینسکی با استفاده از نرم‌افزار  Toxtreeانجام شد. در بین ترکیبات مورد بررسی، 19 ترکیب 5-Methoxyhydnocarpin،Linalyl acetate ، 1,3-diisopropylnaphthalene، Ellagic acid، Umbelliferon، Carnosol، Berberine، Berlambine، Tannin، Quercetin، Aesculetin،Apoatropine ، Coumarin، emodin و alpha-Bourbonene بالاترین میزان مهارکنندگی آنزیم تیروزین فسفاتاز را نشان دادند. ترکیب alpha-Bourbonene با داشتن مزیت جهش‌زایی پایین، جذب گوارشی پایینی دارد. از نتایج این پژوهش می‌توان نتیجه گرفت که از میان مهم‌ترین ترکیبات مورد مطالعه، ترکیب Linalyl acetate موجود در گیاه بارهنگ با بیش‌ترین برهمکنش و داشتن خصوصیات مناسبی مانند جهش‌زایی کم، جذب گوارشی بالا و با پیروی از قانون لیپینسکی می‌تواند به‌عنوان یک ترکیب مناسب جهت مهار این باکتری معرفی شود.

شماره‌ی مقاله: 5
متن کامل [PDF 1142 kb]   (313 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشی کامل | موضوع مقاله: ژنتیک گیاهی
دریافت: 1401/10/26 | پذیرش: 1402/4/6 | انتشار: 1402/7/2

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به فصلنامه علمی ژنتیک نوین می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2025 CC BY-NC 4.0 | فصلنامه علمی ژنتیک نوین

Designed & Developed by : Yektaweb