سیتوکروم B به‌عنوان بخشی از زنجیره انتقال الکترون نقش دارد و باتوجه به اینکه این ژن منجر به تولید انرژی در دام و افزایش بازدهی می‌شود، شناخت مناسب‌ترین عوامل مؤثر بر این ژن و مقایسه بهترین لیگاندهای کاربردی در مسیر چرخه انتقال الکترون، می‌تواند باعث افزایش و بهبود تولیدات دامی و مطالعه کاربردی ژنتیکی شود. در این پژوهش برهمکنش‌های پروتوپورفیرین و فلاوین مونونوکلئوتید در ترکیب با سیتوکرومB  با استفاده از داکینگ مولکولی شبیه‌سازی شد تا با مقایسه دو لیگاند کاربردی، مؤثرترین لیگاند در انتقال الکترون انتخاب شود. نتایج داکینگ ملکولی و بررسی نتایج حاصل با استفاده از سرورهای آنلاین نشان داد که پروتوپورفیرین دارای بیشترین تعداد اسید آمینه شرکت‌کننده در تعامل الکترو استاتیک و هیدروفوبی نسبت به فلاوین مونونوکلئوتید می‌باشد و با توجه به نتایج به‌دست آمده داکینگ ملکولی از لحاظ بهترین انرژی اتصال (Binding enregy) مقایسه و بهترین پوز با منفی‌ترین انرژی و بزرگ‌ترین عدد که بهترین اتصال کمپلکس لیگاند و پروتئین را نشان می‌دهد، پروتوپورفیرین دارای منفی‌ترین و بهترین انرژی اتصال با سیتوکرومB  نسبت به فلاوین مونونوکلئوتید بود و می‌توان گفت بیشتر بودن تعداد اینترکشن‌ها و پیوندهای تشکیل شده از ترکیب پروتوپورفیرین با سیتوکروم B می‌تواند صحت و تایید این ادعا باشد. آرژینین دارای بار مثبت زیادی می‌باشد و در تشکیل پیوند هیدرژنی که احتمال باعث افزایش تعامل الکترواستاتیک در ترکیب پروتوپورفیرین با سیتوکروم B شده باشد. شبکه برهمکنش پروتئینی سیتوکروم B پیشگویی شده براساس پروتئین‌های میتوکندری، 10 پروتئین دارای امتیاز بالا از نظر درجه گره بالقوه معرفی شدند.