گندم یکی از سه غذای اصلی جمعیت جهان محسوب می‌شود و گام اولیه برای موفقیت در برنامه‌های اصلاحی آن، شناسایی و برآورد تنوع ژنتیکی در خویشاوندان وحشی و بومی این گیاه می‌باشد. استفاده از آغازگر‌های ریزماهواره، روشی دقیق و ساده برای شناسایی تنوع و قرابت ژنتیکی ارقام و خویشاوندان وحشی و بومی گندم است. براین اساس، مطالعه حاضر با هدف ارزیابی تنوع ژنتیکی و بررسی روابط فیلوژنتیکی مابین 69 توده‌ نواحی مختلف ایران متعلق به چهار گونه Triticum aestivum، T. boeoticum‌، T. durum و T. urartu با استفاده از نشانگر‌های ریزماهواره‌ای صورت گرفت. برای این منظور از 23 جفت آغازگر ریزماهواره استفاده شد و در مجموع 57 آلل چندشکل با میانگین 166/3 آلل به ازای هر جایگاه ریزماهواره تکتیر شد. فاصله ژنتیکی بین توده‌های گونه‌ها با نشانگرهای مورد بررسی، دارای دامنه تغییرات بین 08/0 تا 885/0 بود که کمترین میزان آن، بین توده‌های T. boeoticum و T. urartu و بیشترین میزان آن بین توده‌های T. aestivum و T. boeoticum مشاهده شد. بیشترین میزان تنوع ژنی نی و شاخص اطلاعاتی شانون به‌ترتیب برابر 12/0 و 188/0 به جمعیت T. urartu تعلق داشت. دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه‌ای با الگوریتم Neighbour joining، توده‌ها را به چهار گروه اصلی تقسیم کرد و در گروه‌بندی حاصل تمامی توده‌های T. aestivum در یک گروه قرار گرفتند. تجزیه به مختصات اصلی (PCoA) از طریق نمایش دوبعدی تفکیک توده‌ها براساس دو مولفه اول، گروه‌بندی حاصل از تجزیه خوشه‌ای را تایید نمود. با تجزیه ساختار جمعیت 69 توده مورد مطالعه در سه زیرجمعیت قرار گرفتند به‌طوری که توده‌های دو گونه T. boeoticum و T. urartu با بیشترین شباهت و اختلاط ژنتیکی در یک زیرجمعیت واقع شدند. نتایج این تحقیق نشان داد که نشانگر‌های ریزماهواره‌ای، علاوه بر قابلیت اتصال و تکثیر در هر چهار گونه، از قدرت تمایز خوبی جهت بررسی تنوع ژنتیکی توده‌های مورد مطالعه برخوردار بودند.