گیاه ذرت (Zea mays L.) یکی از غلات بسیار مهم در جهان محسوب می‌شود. پروتئومیکس، مطالعه کامل پلی پپتیدهای بیان شده به‌وسیله ژن های یک سلول در یک اندام یا بافت ویژه، در یک مرحله خاص از نمو و تحت شرایط رشدی خاص است. در این تحقیق از پروتئومیکس جهت مطالعه تغییرات الگوی پروتئینی برگ‌های دو لاین اینبرد ذرت (MS02) و (TS01) و نتاج SC01 استفاده شده است. برای بررسی تغییرات الگوهای پروتئینی، نمونه‌برداری‌ها در مرحله‌ی گیاه کامل و پس از اتمام گرده‌افشانی انجام شد. برای مطالعه و شناسایی پروتئین‌های مرتبط با لاین اینبرد ذرت (MS02) و (TS01) و نتاج SC01، پروتئین کل براساس روش TCA-استون از برگ گیاه ذرت در مرحله گیاه کامل بعد از گرده‌افشانی استخراج و با روش الکتروفورز دو بعدی جداسازی شدند. در نرم‌افزار ImageMaster 2D Platinum 6.0، جرم مولکولی و نقطه ایزوالکتریک هر لکه تعیین شد و سپس برای شناسایی دقیق پروتئین‌ها، از طیف‌سنج جرمی استفاده شد. از مجموع 539 پروتئین شناسایی شده درSC01  و 258 پروتئین شناسایی شده در TS01 و 157 پروتئین شناسایی شده در MS02، 33 پروتئین تغییرات معنی داری نشان دادند که از این تعداد 11 لکه در نتاجSC01  مقدار آن‌ها کاهش و 22 لکه نیز افزایش بیان نشان دادند. اکثر پروتئین‌های شناسایی شده در برگ‌های دو لاین اینبرد ذرت (MS02) و (TS01) و نتاج SC01 پروتئین‌های دفاعی (33 درصد)، پروتئین‌های فتوسنتزی (21 درصد)، پروتئین‌های کانالی و پیام‌رسان (21 درصد)، نقش داشتند و کمترین تغییرات در پروتئین‌های هتروزیس (12 درصد)، پروتئین‌های متابولیسم و تولید انرژی (9 درصد)، پروتئین‌های ساختاری و جایگزینی (3 درصد) دیده شد. این پژوهش با استفاده از تکنیک پروتئومیکس و تجزیه الگوی پروتئینی برگ‌های دو لاین اینبرد ذرت(MS02) و (TS01) و نتاج هیبریدی SC01، توانست مجموعه‌ای از پروتئین‌های کلیدی درگیر در فرآیندهای دفاعی، فتوسنتز، و پیام‌رسانی را شناسایی کند. این پروتئین‌ها با افزایش و کاهش بیان در هیبرید SC01، بهبودهای قابل توجهی در عملکرد و پایداری آن نسبت به والدین ایجاد کرده‌اند. این نتایج می‌توانند مبنای علمی برای بهبود ویژگی‌های ژنتیکی و تولید ارقام هیبرید مقاوم‌تر به شرایط محیطی و بیماری‌زا باشند.