توالی‌یابی RNA می­تواند شناسایی ژن­های کلیدی مرتبط با ساخت متابولیت­های ثانویه گیاهی را تسهیل و تسریع نماید. بذور گیاه دارویی زنیان دارای 2 تا 9 درصد اسانس هستند که اصلی‌ترین ترکیبات آن را مونوترپن­های تیمول، گاماترپینن و پاراسیمن تشکیل می­دهد. در این پژوهش مطالعه ترنسکریپتوم گیاه دارویی زنیان با استفاده از توالی‌یابی RNA با تکنیک پربازده Illumina انجام گرفت. تعداد 42260830 خوانش دارای کیفیت مناسب بعد از یکپارچه‌سازی de novo با برنامه Trinity، منتهی به تولید 68051 عدد تک­ژن با میانگین طول 4/859 و N50 معادل 1257 جفت‌باز شد. جهت شناسایی تک­ژن­های مرتبط با مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپن، توالی تک­ژن‌ها در پایگاه KAAS بارگذاری شد. بر اساس نتایج حاصل تعداد 30 ژن­ موجود در مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپن شناسایی شد که مشتمل بر تمامی ژن­های دو مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپن (MEP و MVA) از ابتدای مسیر تا تولید ایزوپنیل دی­فسفات بود. آنزیم­های درگیر در مسیر MEP که در این پژوهش شناسایی شدند شامل 1- دئوکسی-دی-زایلولوز 5-فسفات سنتاز (DXS)، 1-دئوکسی-دی-زایلولوز 5 فسفات رداکتوایزومراز (DXR)، 2-سی-متیل-دی-اریتریتول 4-فسفات سیتیدیلیل ترنسفراز (ispD)، 4-دی­فسفوسیتیدیل-2-سی-متیل-دی-اریتریتول کیناز (ispE)، 2-سی-lتیل-دی-اریتریتول 2و4-سیکلودی­فسفات سنتاز (ispF)، 4-هیدروکسی-3-متیل­بوت-2-انیل دی­فسفات سنتاز (gcpE)، 4-هیدروکسی-3-متیل­بوت-2-انیل دی­فسفات ردوکتاز (ispH)، ایزوپنتیل-دی­فسفات دلتا ایزومراز، ایزوپرن سنتاز (ispS)، و ژرانیل-دی­فسفات سنتاز (GPS) و به همین ترتیب آنزیم­های مسیر MEV شامل استیل-کوآنزیم­آ استیل­ترنسفراز، HMG-کوآنزیم­آ سنتاز، HMG-کوآنزیم­آ ردوکتاز (HMGCR)، موالونات کیناز، فسفوموالونات کیناز و موالونات دی­فسفات دکربوکسیلاز بودند شناسایی توالی ژن­های مسیر‌بیوسنتزی اسکلت‌ترپن می­تواند زمینه‌ساز پژوهش‌های آینده در جهت مطالعه بیش‌تر، بیش­بیان و مهندسی متابولیت این ژن­ها شود.