---

صفات تولید شیر و ترکیبات آن جز صفات کمی و چند ژنی می‌باشند و تحت تأثیر تعداد زیادی ژن قرار دارند. این تحقیق با هدف تعیین چندشکلی ژن بتالاکتوگلوبولین و ارتباط آن با ترکیبات شیر در جمعیت گاومیش بومی استان آذربایجان‌شرقی انجام گرفت. بدین منظور از تعداد ۷۰ رأس گاومیش استان آذربایجان‌شرقی نمونه شیر تهیه و استخراج نمونه‌ها از شیر به روش پروناز صورت گرفت. بعد از انجام مراحل استخراج DNA، واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) جهت تکثیر یک قطعه ۴۵۲ جفت‌بازی از اگزون ۲ ژن بتالاکتوگلوبولین با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی انجام شد. به‌منظور تعیین ژنوتیپ‌های مختلف، روش PCR-RFLP با استفاده از آنزیم برشی RsaI به‌کار گرفته شد. برای بررسی ارتباط چندشکلی این ژن با صفات عملکردی شامل ترکیبات شیر (چربی، پروتئین، لاکتوز) از رویه GLM نرم‌افزار SAS استفاده شد. سه الگوی AA، AB و BB به‌ترتیب با فراوانی ۸۷/۸۸، ۵/۱۰ و ۸۳/۰ مشاهده شد. جمعیت مورد نظر برای این ژن در تعادل هاردی واینبرگ قرار نداشت. اثر چندشکلی این ژن روی هیچ‌یک ازصفات تولیدی و ترکیبات مرتبط با شیر معنی‌دار نبود. به‌نظر می‌رسد که با انجام تحقیقات بیش‌تر و با اندازه نمونه‌های بزرگ‌تر، احتمالاً به‌توان از این جایگاه نشانگری و یا دیگر جایگاه‌های مرتبط به ژن بتالاکتوگلوبولین در برنامه‌های انتخاب بر اساس نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA بهره گرفت.

---

روش تک مرحله‌ای (SS-GBLUP) انتخاب ژنومی در مقایسه با روش چند‌مرحله‌ای، با توجه به ادغام ماتریس خویشاوندی روابط ژنومی آللی و ماتریس خویشاوندی شجره‌ای و استفاده هم‌زمان تمام حیوانات ژنوتیپ شده و نشده در مدل‌های ژنومی اخیراً کاربرد وسیعی در برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی ایفا کرده است. هدف از مطالعه اخیر مقایسه تفاوت صحت ارزیابی ژنومی برای روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP، SNP-BLUP و SS-GBLUP برای صفت وزن لاشه در گاو گوشتی بود. نتایج این مطالعه نشان داد که متوسط صحت پیش‌بینی ژنومی روش‌های فوق به‌ترتیب برابر با ۱۱/۰±۷۷/۰، ۲۱/۰±۸۸/۰، ۲۳/۰±۸۷/۰ و ۲۵/۰± ۹۵/۰ برآورد شد. صحت پیش‌بینی ژنومی در روش SS-GBLUP نسبت به روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP و SNP-BLUP به‌ترتیب ۱۸/۰، ۰۷/۰ و ۰۸/۰ بیش‌تر برآورد شد. میانگین مربعات خطای پیش‌بینی برای روش‌های فوق به‌ترتیب ۴۶/۳، ۲۱/۲، ۲۲/۲ و ۷۶/۱ به‌دست آمد. روش SS-GBLUP با توجه به پایین بودن میانگین مربعات خطا و بالا بودن صحت پیش‌بینی ژنومی روش مطلوب‌تری بود. ضرایب رگرسیون پیش‌بینی ژنومی برای روش‌های SNP-BLUP، G- BLUP و SS-GBLUP به‌ترتیب ۸۱/۰، ۸۲/۰ و ۹۰/۰ به‌دست آمد و بنابراین اریب برآوردها در SS-GBLUP نسبت به دو روش‌ دیگر کمتر است.

---

خلوص‌ژنتیکی در گوسفندان به‌دلیل طلاقی‌های کنترول نشده دستخوش تغییر شده‌است. یکی از روش‌های متداول جهت بررسی این موضوع بررسی توالی ژنوم میتوکندریایی است. هدف از انجام این تحقیق، بررسی تنوع ژنتیکی و فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی ناحیه d-loop ژنوم میتوکندری قوچ و میش‌های وحشی و نژاد گوسفند کرمانی به‌منظور تعیین فاصله ژنتیکی و روابط فیلوژنتیکی آن‌ها بود. تعداد ۱۵ نمونه خون از نژاد گوسفند کرمانی و تعداد ۱۲ نمونه خون از نژاد گوسفند وحشی از ۳ منطقه‌ی کرمان، شیراز و تهران جمع‌آوری شد. پس از استخراج DNA، تکثیر قطعه ۷۴۹ جفت بازی از ناحیه d-loop میتوکندری با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز توسط یک جفت پرایمر اختصاصی انجام شد، به منظور تعیین فاصله ژنتیکی با توالی‌های حاصل از مطالعات دیگر مورد مقایسه قرار گرفت. بررسی هاپلوگروهی نشان داد بطور کامل نژاد گوسفند کرمانی در هاپلوگروه B، ۷۵% از نژاد وحشی در هاپلوگروه B و ۲۵ درصد باقی‌مانده از نژاد وحشی در هاپلوگوه A قرار می‌گیرند. هم‌چنین نتایج آزمون فیلوژنتیکی با استفاده از روشNeighbor-Joining نشان داد که، نژاد قوچ و میش‌های وحشی ۳ منطقه ذکر شده و نژاد گوسفند کرمانی در شاخه نژاد وحشی اوریال (Ovis vignei urial) قرار می‌گیرند. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که گوسفند نژاد کرمانی در شاخه قوچ وحشی شیراز قرار می‌گیرد و دارای تنوع ژنتیکی پایینی است، که در کارهای مدیریتی و اصلاحی به‌عنوان یک نژاد مقاوم به بیماری در دراز مدت می‌توان بهره کافی را برد.

---

الگوی ترجیح کدونی (CUB)، به‌عنوان الگوی استفاده غیر­تصادفی از کدون­های مشابه که اسیدآمینه­های مختلف را در ژنوم رمز­گذاری می­کنند، تعریف می­شود که عوامل مختلفی از جمله جهش و انتخاب در شکل­گیری آن­ها مؤثر هستند و از آنجایی‌ که این الگوها مرتبط با بیان و ترجمه ژن­ها می­باشند، می­توان از آن­ها در فرآیند انتخاب دام‌ها بهره جست. در این مطالعه به بررسی الگوی ترجیح کدونی ژن­های متفاوت بیان شده ین دو جمعیت گاو هلشتاین و کلیستانی و ارتباط آن با بیان ژن پرداخته می­شود. در این مطالعه، از نتایج آنالیز بیان ژن افتراقی دو داده‌RNA-Seq  به‌ترتیب مربوط به ادغام ۴۰ و ۴۵ نمونه خون کامل از گاوهای ماده هلشتاین (Bos taurus) و کلیستانی (Bos indicus) استفاده شد. الگوی ترجیح کدونی بر اساس شاخص‌هایی ازجمله ENC، GC۳S، CAI و GC برای ژن­های متفاوت بیان شده بین این دو جمعیت گاو محاسبه شد. آنالیز ترجیح کدونی برای نواحی ORF ژن­های متفاوت بیان شده بین دو جمعیت هلشتاین و کلیستانی نشان داد که همبستگی بالایی بین مقادیر شاخص GC کل و GC۳S وجود دارد. این موضوع حاکی از تأثیر مقدار GC و جهش به‌عنوان عامل مهم در ایجاد کدون­های مختلف ­می­باشد. هم‌چنین، همبستگی بین شاخص ENC و GC۳S نشان داد که جهش مهم­ترین عامل در شکل­گیری کدون­ها بوده است. همبستگی بین شاخص CAI، که عمدتاً برای پیش­بینی سطوح بیان ژن به کار می­رود، با شاخص ENC نشان‌دهنده ارتباط بین الگوی ترجیح کدونی و بیان ژن بود. این مطالعه مقایسه­ای بین نمونه­هایی از دو زیرگونه گاو، به درک بهتر ساز و کارهای تکاملی شکل­گیری الگوی ترجیح کدونی و نیز بررسی ارتباط آن با بیان ژن کمک می‌نماید.

---

پیشرفت­های اخیر در توالی­یابی DNA و الگوریتم­های محاسباتی منجر به تشخیص اسنیپ­هایی با ارزش بالاتر شده‌است. از طرفی مطالعه آزمایشگاهی آلل‌های حاصل از اسنیپ‌ها دشوار و زمان­بر است. در این تحقیق از چندین الگوریتم محاسباتی برای بیان تاثیر ساختار و عملکرد اسنیپ­های ژن پروتئین شوک حرارتی۷۰ (HSP۷۰) بر عملکرد پروتئین در ژنوم گاومیش استفاده شد. HSP۷۰ یک چاپرون مولکول است که در پاسخ به استرس بیان می­شود. از سویی دیگر گاومیش یکی از دام‌های مقاوم به استرس گرمایی است. در این بررسی از تراشه اسنیپ ۹۰K افیمتریکس در۱۱۲ گاومیش خوزستانی و اطلاعات توالی منتشر شده برای گاومیش هندی استفاده شده‌است. در Data Set گاومیش خوزستانی اسنیپی یافت نشد، اما در Data Set گاومیش هندی، یک اسنیپ تشخیص داده شد. آنالیز اسنیپ­ M۵T (Methionine/Threonine) با استفاده از نرم­افزار­هایSIFT, PROVEAN انجام شد. SIFT با محاسبه ضریب ۱ و الگوریتم PROVEAN با محاسبه ضریب ۳۳/۰ این جهش یا اثر اسنیپ را غیر مخرب و پروتئین را با عملکرد طبیعی نشان دادند. الگوریتم I-mutant که برای بررسی ثبات پروتئین جهش یافته hsp۷۰ استفاده شد و تاثیر اسنیپ بر پایداری و استحکام پروتئین را با کمک رگرسیون براساس تغییر در انرژی آزاد (۴۷/۰DDG=) پیش­بینی می‌کند، نشان داد که اسنیپ Met۵Thr در دمای ۲۵درجه سانتی­گراد و ۷pH= ثبات پروتئین را کمی کاهش می­دهد. اعتبارسنجی مدل به‌کمک نقشه­های راماچاندران و Prosa Z-Score حاکی از انحراف جزئی در پروتئین جهش­یافته در مقایسه با مدل طبیعی است. داکینگ مولکولی نحوه اتصال HSP۷۰ به لیگاندش آدنوزین دی فسفات (ADP) در هر دو مدل طبیعی و جهش‌یافته نشان می­دهد که جهش منجر به کاهش پایداری پروتئین و تغییر ساختار آن می­شود که ضمن تغییر ساختار جایگاه اتصال لیگاند نیز تغییر می­کند. با این وجود به‌طورکلی جهش پیدا شده تاثیر مخرب و بزرگی بر ساختار پروتئین در این بررسی نشان نمی‌دهد.

---

هدف از این مطالعه ارزیابی صحت مکان­‌‌‌‌‌یابی QTL و پیش‌بینی‌های ژنومی سه صفت ایمنی شامل تعداد سلول­های B، CD۴ و CD۸ بر اساس دو روش آمای بیزی شامل بیز Cπ و لاسو و GBLUP بر روی ۱۰۹۴ موش هتروژنوس بود. داده­های ژنوتیپی متشکل از ۱۰۹۴ حیوان با ۱۲۲۲۶ جایگاه‌های چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNPs) بر روی ۱۹ کروموزوم اتوزومی بعد از کنترل کیفیت داده‌های SNPs برای نرخ خوانش به ازای هر فرد و SNP و حداقل فراوانی آللی بودند. از هفت مدل آماری با در نظر گرفتن اثرات افزایشی و غالبیت نشانگرها و هم‌چنین آثار پلی­ژنیک حیوان برای برآورد اثر SNPs و پیش­بینی مؤلفه­های واریانس استفاده شد. اثر SNPها با روش بنفرونی تصحیح شد و صحت برآورد ارزش­های اصلاحی ژنومی با روش cross-validation ارزیابی شدند. مکان­یابی نهایی جایگاه­های کنترل کننده صفات کمی با هفت مدل و سه روش آماری برای سه صفت تعداد سلول­های B، CD۴ و CD۸ به ترتیب ۱۰، ۶ و ۷ QTL را بر روی کروموزوم­های ۱، ۳، ۵، ۷، ۸، ۹، ۱۲، ۱۴، ۱۶، ۱۷ و ۱۸ نشان داد. نتایج این مطالعه نشان داد که افزودن آثار افزایشی و غالبیت نشانگرها به همراه اثر پلی­ژنیک حیوان منجر به افزایش صحت پیش­بینی می‌شود. هم‌چنین، روش آماری نیز یکی از عامل‌های مؤثر در صحت پیش‌بینی‌های ژنومیک هستند. بالاترین پیش­­بینی ژنومیک برای تمام صفات مربوط به مدل ۷ و روش بیز لاسو بود. تفاوت بین روش­های آماری مربوط به پس­زمینه ژنتیکی و همچنین فرضیاتی است که برای میزان تنوع آثار نشانگرها در نظر گرفته می­شود.

---

در این پژوهش برای بررسی قابلیت استفاده از صفات وزن تولد گوساله و طول دوره آبستنی در بهبود ارزیابی ژنتیکی سخت‌زایی در نخستین شکم زایش گاوهای هلشتاین ایران از ۲۹۹۵۰ رکورد صفات گوساله‌زایی استفاده شد. این رکوردها طی سال‌های ۱۳۸۳ تا ۱۳۹۲ در ۱۳۱ گله تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور ثبت شده بودند. پس از بررسی نقش اثرات ژنتیکی مستقیم و مادری و تعیین مدل مناسب برای هر صفت، قابلیت پیش‌بینی چهار مدل مختلف ارزیابی ژنتیکی سخت‌زایی با استفاده از دو معیار میانگین مربعات و همبستگی بین مقادیر مشاهده شده و پیش‌بینی شده مقایسه شد. این چهار مدل شامل مدل تک صفتی سخت‌زایی، مدل دو صفتی سخت‌زایی و وزن تولد گوساله، مدل دو صفتی سخت‌زایی و طول دوره آبستنی و مدل سه صفتی سخت‌زایی، وزن تولد و طول دوره آبستنی بودند. از بین مدل‌های مورد مقایسه، مدل دارنده اثرات ژنتیکی افزایشی مستقیم و ژنتیکی افزایشی مادری، بدون در نظر گرفتن کوواریانس بین آن‌ها، مدل مناسب برای برآورد اجزاء واریانس صفات گوساله‌زایی بررسی شده در این پژوهش تشخیص داده شد. مقایسه مدل‌ها بر اساس قابلیت پیش‌بینی نشان داد که مدل دو صفتی سخت‌زایی و وزن تولد گوساله (به‌عنوان صفت همبسته) در مقایسه با مدل تک‌صفتی سخت‌زایی و مدل دوصفتی سخت‌زایی و طول دوره آبستنی میانگین مربعات خطای کمتر و همبستگی بین مقادیر مشاهده شده سخت‌زایی و مقادیر پیش‌بینی شده بیشتری دارد. بین قابلیت پیش‌بینی مدل دو صفتی سخت‌زایی و وزن تولد گوساله و مدل سه صفتی سخت‌زایی، وزن تولد گوساله و طول دوره آبستنی تفاوتی وجود نداشت. وزن تولد گوساله را می‌توان به‌عنوان صفت همبسته مناسب جهت ارزیابی ژنتیکی سخت‌زایی در شکم اول گاوهای هلشتاین ایران در نظر گرفت.

---

شیر از دیر‌باز به‌عنوان غذای کامل و تامین‌کننده بخشی از نیازهای تغذیه‌ای روزانه‌ی انسان مورد توجه بوده است. کاپاکازئین در پایداری میسل‌های کازئین، اندازه و عملکرد اختصاصی آن‌ها دارای اصلی‌ترین نقش در بین پروتئین‌های شیر می‌باشد. همچنین در کیفیت پنیر تولید شده و سرعت دلمه بستن و راندمان تبدیل شیر به پنیر اهمیت به‌سزایی دارد. هدف مطالعه حاضر بررسی چندشکلی در ناحیه اگزون چهار ژن CSN۳ با استفاده از تکنیک PCR-RFLP  بود. بدین منظور از ۷۵ راس بز (نژاد سانن، راینی و وحشی) خونگیری به‌عمل آمد و DNA ژنومی به‌کمک روش فنل-کلروفرم استخراج شد. واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز (PCR) جهت تکثیر ناحیه اگزون چهار جایگاه CSN۳ به‌طول ۶۴۵ جفت‌بازی با استفاده از یک جفت پرایمر اختصاصی انجام گرفت، محصولات PCR به‌وسیله ژل آگارز جدا شدند و مشخص شد که قطعه مورد نظر به‌خوبی تکثیر شده‌است. قطعه تکثیر شده با آنزیم HaeIII هضم شد و تعیین ژنوتیپ روی آگارز دو درصد انجام گرفت. نتاج بررسی‌های انجام شده بر روی نژادهای بز مورد مطالعه نشان دهنده تک‌شکل بودن جمعیت مورد بررسی برای ژن کاپاکازئین بود. عدم وجود چندشکلی احتمالا می‌تواند به‌دلیل عدم آمیزش با سایر نژادها، بسته بودن محیط پرورش و کوچک بودن تعداد نمونه‌های بررسی شده باشد، بنابراین مطالعات بعدی باید روی دام‌های بیشتری انجام شود و به سمت و سویی سوق داده شوند تا همبستگی قطعی بین ژنوتیپ‌های کاپاکازئین و خصوصیات مادری تعیین شود تا بتوان با وارد کردن اطلاعات نشانگرهای ملکولی در طرح‌های اصلاح نژادی، پاسخ به انتخاب را افزایش داد.

---

حذف و درج (ایندل) یکی از اجزای اصلی تنوع ژنتیکی و فنوتیپی است که نسبت به چند ریختی‌های تک نوکلئوتیدی و تنوع‌های ساختاری کمتر مورد توجه قرار گرفته است. به‌منظور شناسایی ایندل‌های موجود در ژنوم سگ و گرگ ایرانی و ارزیابی گروه‌های عملکردی مرتبط با آن‌ها، ۵/۲۸۷ گیگابایت داده حاصل از توالی‌یابی کل ژنوم شش قلاده سگ (دو سگ تازی از استان کردستان و یک سگ قهدریجانی از استان اصفهان) و گرگ (از استان‌های تهران، همدان و کرمان) با میانگین عمق پوشش X ۱۶ و درصد همپوشانی ۴۷/۹۹ با ژنوم مرجع سگ آنالیز شد. در این تحقیق برای افزایش دقت و صحت ایندل‌‌‌های شناسایی شده، از الگوریتم قدرتمند شناسایی واریانت (HaplotypeCaller) استفاده شد. بیش از سه میلیون ایندل (باز ۷۳-۱) حاصل شد. اکثر ایندل‌ها (۱۸/۹۵ درصد) کوچک‌تر از ۱۰ باز بودند. مقایسه نتایج مستند‌سازی ایندل‌های ژنوم در سگ و گرگ نشان داد که درصد ایندل‌های ژنوم در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه (RNA utr ʹ۳) در سگ بیش‌تر از گرگ است. بنابراین فرآیند اهلی‌سازی احتمالاً سبب افزایش تنوع ژنتیکی در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه RNA (utrʹ۳) شده‌است.

---

هدف از انجام این پژوهش توالی­یابی ناحیه بسیار متغیر D-loop میتوکندری (HVR۱) در سه نژاد گوسفند ایرانی (لری، لری­بختیاری و عربی) به‌منظور بررسی تنوع ژنتیکی و فیلوژنتیکی بین نژادهای مذکور و هم‌چنین بررسی ارتباط مادری این نژادها با سایر نژادهای جهانی بود. آنالیز فیلوژنیک با استفاده از یک قطعه ۶۲۳ نوکلئوتیدی نواحی بسیار متغیر D-loop میتوکندری (HVR۱) از ۳۳ راس گوسفند بومی خوزستان (شامل ۱۲ راس گوسفند عربی، ۱۱ راس گوسفند لری و ۱۰ راس گوسفند لری­بختیاری) انجام شد. پس از استخراج DNA، ناحیه HVR۱ میتوکندری با استفاده از PCR تکثیر شد. سپس محصولات PCR توالی‌یابی و آنالیز نتایج با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی انجام گرفت. درخت فیلوژنتیک نشان داد که نژاد لری و عربی متعلق به گروه هاپلوتایپی B و نژاد لری­بختیاری متعلق به گروه هاپلوتایپی A می‌باشند که این موضوع می‌تواند به‌دلیل متفاوت بودن خاستگاه زیستی این نژادها باشد. جدول تجزیه واریانس مولکولی تنوع بین جمعیتی را ۴ درصد و تنوع درون جمعیتی را ۹۶ درصد محاسبه نمود. هم‌چنین، بیش‌ترین و کم‌ترین تنوع هاپلوتیپی در نژاد عربی و لری به‌ترتیب ۹۵/۰ و ۶۱/۰ محاسبه شد. بعلاوه، مقدار محاسبه شده شان داد که بین گوسفند لری و لری­بختیاری بیش‌تر (۱۴۶/۰) و بین نژاد عربی و لری کم‌تر (۰۰۹/۰ ) تفاوت ژنتیکی وجود دارد. نتایج نشان‌دهنده وجود تنوع بالا در این نژادهاست و این موضوع می‌تواند در اصلاح نژاد و پرورش این دام‌ها تاثیر‌گذار باشد.

---

فولیکولوژنسیز فرآیند بلوغ فولیکول‌های تخمدان می‌باشد، یک پوسته بسته‌بندی شده از سلول‌های سوماتیک که حاوی تخمک نابالغ است. از سوی دیگر، مسیر سیگنالینگ TEK نقش بسیار مهمی را در فرآیند فولیکولوژنسیز بازی می‌کند. این مسیر، با افزایش و یا کاهش بیان ژن‌ها مسیرهایی دیگری را از قبیل استروئیدوژنسیز،PI۳K/AKT/mTORC۱  و Ras/ERK/MYC را فعال می‌کند. این مسیرها مسیرهای اصلی در رشد، تمایز، مهاجرت، چسبندگی، تکثیر، زنده‌مانی سلول و سنتز پروتئین در سلول می‌باشند. در این راستا مدل ریاضیاتی مرتبط با سیگنالینگ TEK در فولیکول‌های غالب (>۱۰mm) و زیردست (<۵mm) با استفاده از زبان برنامه‌نویسی سیستم بیولوژی در محیط متلب توسعه یافت. شبیه‌سازی سطوح بیان ژن متفاوت را در ژن‌های ANGPT۱، TEK، MYC،MAPK۱، PIK۳، MCL۱ و EBP۴EIF۱ و بیان افزایش یافته در فاکتورهای مهم در فولیکولوژنسیز در این دو مسیر مهم نشان داد که سطوح پروتئین pERK، pMYC، pAkt، ^۱pMCL و EBP۴pEIF۱ در فولیکول‌های غالب افزایش و pMYC کاهش نشان دادند. افزایش بیان ژن‌ها و فعالیت ERK و MYC که بیشتر در رشد و تکثیر سلول و افزایش بیان و فعالیت Akt، MCL۱، mTORC۱ و EBP۴EIF۱ که اغلب در زنده‌مانی سلول و سنتز پروتئین نقش دارند در فرآیند فولیکولوژنسیز مشاهده شد. همچنین سطح بیان ژن و فعالیت MYC به‌طور قابل ملاحظه‌ای در فولیکول‌های زیردست افزایش یافته بود. در آخر شبیه‌سازی مسیرهای سیگنالینگ می‌تواند افق‌های جدیدی را در راستای فرآیندهای زیستی پیش روی ما قرار دهد.

---

چاه نیمه­ های زابل در سال­های اخیر به‌دلیل خشکسالی­ های مختلفی که باعث عدم پایداری آب در تالاب هامون گشته است، برای حیات آبزیان که در آن قسمت زیست می‌کنند، دارای اهمیت فراوان شده‌اند. این شرایط، شناسایی گونه و تنوع زیستی ماهیان این منطقه را جهت ایجاد اطلاعات پایه مورد نیاز، در مدیریت و حفاظت از ماهیان ضروری می­ سازد. به‌منظور شناسایی و تهیه بارکد ژنتیکی گونه­ های ماهی در چاه نیمه‌های زابل، عملیات نمونه‌برداری در سال ۱۳۹۵ انجام شد. در مجموع ۲۹ نمونه شاملCarassius sp. Schizothorax zaradunyi, Shizocypris altidorsalis, Cyprinus carpio, Gonorhynchus adiscus, Ctenopharingodon idella, Paracobitis rhadinaeus صید شدند. برای انجام تحلیل‌های شجره‌شناسی، انتهای ʹ۵ ژن COI در نمونه­های مورد بررسی تعیین شد. جهت بررسی‌های شجره‌شناسی، از روش الحاق همسایگی (Neighbor-Joining)، استفاده شد. نتایج حاصل از این پژوهش وجود شش گروه شجره‌شناسی را نشان داد. بر همین اساس بیشترین میزان تمایز ژنتیکی ۱/۲۷ درصد، بین گونه P. rhadinaeus وC. idella، کمترین میزان تمایز ژنتیکی ۸/۱۰ درصد، بین گونه C. carpio و S. zarudyni مشاهده شد.

---

هدف از این تحقیق، مطالعه چند­شکلی در ژن ATP۱A۱ و ارتباط آن با صفت نرخ باروری در گاوهای هلشتاین و سرابی بود. به این منظور از ۱۲۴ راس گاو شیرده شامل ۷۲ راس هلشتاین و ۵۲ راس گاو سرابی خون­گیری انجام شد. استخراج DNA با استفاده از روش بهینه یافته نمکی انجام پذیرفت. کمیت و کیفیت DNAهای استخراجی با استفاده از الکتروفورز و اسپکتروفتومتری صورت پذیرفت. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر قطعه ۳۳۰ جفت‌بازی از ناحیه مذبور انجام گرفت و برای شناسایی چندشکلی در ناحیه مذکور از روش تفاوت فرم فضایی رشته‌های منفرد (SSCP) استفاده شد. در نهایت جهت شناسایی چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) از هر الگوی باندی متفاوت چند نمونه جهت توالی‌یابی ارسال شد. نتایج حاصل از توالی‌یابی و هم‌ردیف‌سازی با توالی ثبت شده در NCBI نشان داد که در این ناحیه دو SNP وجود دارد که یکی از این جهش‌ها در ناحیه اینترون و دیگری در ناحیه اگزون اتفاق افتاده است و جهش اتفاق افتاده در ناحیه اگزون تغییری در اسید‌آمینه و پروتئین حاصل از این ژن ایجاد نمی‌کند. برای بررسی ارتباط بین این جایگاه‌ها با صفت نرخ باروری الگوهای باندی (هاپلوتایپ) در مدل قرار گرفت که نشان داد بین هاپلوتایپ‌های مشاهده شده و صفت نرخ باروری ارتباط معنی‌داری وجود ندارد.

---

با پیشرفت تکنیک­های ژنتیک مولکولی، امروزه تعیین نسب در موجودات و بررسی روند تکاملی آنها امکان­پذیر است. در این تحقیق تنوع ژنتیکی و انتساب اسب‌های نژاد کرد به جمعیت مبدا یا جمعیت‌هایی از اسب عرب و ترکمن با استفاده از ۱۲ نشانگر ریزماهواره توصیه شده توسط انجمن جهانی ژنتیک حیوانی (ISAG) مورد ارزیابی قرار گرفت. برای این منظور از ۲۳۸ راس اسب کرد، ۳۶ راس اسب عرب و ۳۰ راس اسب ترکمن در مناطق پراکنش آن‌ها خون­گیری انجام شد. از نمونه‌های خون گرفته شده DNA به روش نمکی بهینه یافته استخراج شد. DNA به‌وسیله واکنش PCR چندگانه با استفاده از آغازگرهای نشان‌دار تکثیر و آلل‌های هر نشانگر توسط الکتروفورز موئین تعیین شد. میانگین تعداد آلل مشاهده شده و مؤثر برای تمام نشانگرها به‌ترتیب برابر با ۵۰/۹ و ۷۱/۴ محاسبه شد. بیشترین و کمترین هتروزیگوسیتی مورد انتظار به‌ترتیب در نشانگرهای ASB۱۷ (۸۳/۰) و HTG۴ (۷۱/۰) به‌دست آمد. تجزیه خوشه­ای به روش UPGMA و ضریب Dice، افراد هر نژاد را به‌صورت کاملا مجزا از هم تفکیک کرد. نتیجه آزمون انتساب بهوش بیزی نشان داد که نشانگرهای استفاده شده تمام افراد را به درستی به جمعیت مبداء منتسب نمود، بنابراین به‌نظر می‌رسد می­توان از این نشانگرها با دقت بسیار زیاد در تفکیک افراد این نژادها از هم استفاده کرد. در مجموع نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که نشانگرهای ریزماهواره استفاده شده تنوع ژنتیکی بالایی بین کلیه افراد مورد مطالعه دارند، از این رو استفاده از این نشانگرها برای آزمون‌های انساب و انتساب اسب‌های کرد توصیه می‌شود، به‌طوری که می‌توان از این نشانگرها در راستای شتاخت و تعیین اصالت در اسب­های نژادی کردی بهره جست و اسب­های ناخالص را از روند تولید مثلی حذف نمود.

---

هدف از این پژوهش بررسی چند­شکلی‌های موجود در ژن IGF-I تاس‌ماهی ایرانی (Acipencer persicus) با استفاده از تکنیک PCR-SSCP و هم‌چنین بررسی ارتباط این چند­شکلی‌ها با صفات مرتبط به رشد ماهی (فاکتور وضعیت، طول و وزن بدن) بود. در این تحقیق تعداد ۹۵ عدد تاس‌ماهی ایرانی به‌طور تصادفی از یکی از مزارع پرورشی استان گیلان انتخاب شده و نمونه‌های مورد نیاز برای استخراج DNA از باله دمی جداسازی شدند. DNA به روش نمکی بهینه‌سازی شده استخراج و دو قطعه ۱۷۱ و ۳۶۲ جفت‌بازی به‌ترتیب از نواحی۵^ʹ-UTR  و ۳^ʹ-UTR ژن مورد نظر تکثیر شدند. تعیین ژنوتیپ افراد در نمونه‌های تاس‌ماهی ایرانی، سه الگوی باندی مختلف M, K و G برای جایگاه‌های ۱۷۱ و ۳۶۲ جفت‌بازی به‌ترتیب با فراوانی‌های ۱۳، ۳۹، ۴۸ و ۳۱، ۴۹، ۲۰ درصد را نشان داد. ژنوتیپ K در جایگاه ژنی ۳^ʹ-UTR و ژنوتیپ M در جایگاه ژنی ۵^ʹ-UTR دارای بیش‌ترین فراوانی ژنوتیپی بود. تجزیه و تحلیل نشانگر- صفت با استفاده از نرم‌افزار آماری SAS هیچ ارتباط معنی‌دار آماری را بین الگوهای باندی مشاهده‌شده در جایگاه‌های نشانگری و صفات مرتبط با رشد ماهیان مورد بررسی (فاکتور وضعیت، طول و وزن بدن) نشان نداد. با توجه به اهمیت جایگاه IGF-I به‌عنوان یک ژن کاندید احتمالی مؤثر بر صفات مرتبط به رشد، مطالعه این جایگاه ژنی در جمعیت‌هایی با اندازه بزرگ‌تر پیشنهاد می‌شود.

---

امروزه جهت غلبه بر محدودیت ژنوتایپینگ برخی از حیوانات، مدل‌های تک مرحله‌ای پیشنهاد شدند. مدل‌های پیش‌بینی ژنومی تک مرحله‌ای با توجه به عملکرد بالا و برآورد ارزش اصلاحی ژنومی هم‌زمان برای حیوانات ژنوتیپ‌شده و نشده، تبدیل به ابزاری غالب در ارزیابی ژنومی دام‌های اهلی شدند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی نقش روابط خویشاوندی ژنومی بین جمعیت مرجع و تأیید و معماری‌های مختلف ژنومی بر عملکرد روش‌های بوستینگ و تک مرحله‌ای بیز A و GBLUP با در نظر گرفتن ایمپیوتیشن (Imputation) داده‌های ژنومی شبیه‌سازی‌شده بود. بدین منظور، جمعیت‌های ژنومی برای سطوح مختلف تعداد جایگاه­های صفات کمی (۱۰، ۱۰۰ و ۱۰۰۰) بر روی ۲۹ کروموزم شبیه‌سازی شدند. برای شبیه­سازی شرایط واقعی، به‌طور تصادفی اقدام به حذف (۷۰ درصد) برخی نشانگرها نموده و در مرحله بعد از طریق نرم‌افزار Flmpute اقدام به ایمپیوتیشن و پیش‌بینی نقاط گم ‌شده نموده و صحت ایمپیوتیشن مورد ارزیابی قرار گرفت. در نهایت دادهای اصلی و ایمپیوتیشن با استفاده از روش‌های بوستینگ و تک مرحله‌ای بیز A و تک مرحله‌ای GBLUP جهت پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی طی نسل‌های G۱ و G۳ مورد ارزیابی قرار گرفتند. بر طبق نتایج، صحت پیش‌بینی ژنومی برای افراد ژنوتیپ‌نشده در مقایسه با افراد ژنوتیپ‌شده با شدت بیشتری تحت تاثیر روابط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و تأیید در هر دو سری داده ایمپیوتیشن و اصلی قرار گرفت. کمترین میزان صحت پیش‌بینی ژنومی برای افراد ژنوتیپ‌شده در هر دو سری داده ایمپیوتیشن و اصلی برای روش بوستینگ مشاهده شد. در مقایسه با روش‌های تک‌مرحله‌ای بیز A و بوستینگ، روش تک مرحله‌ای GBLUP عملکرد بالاتری در تعداد بالای QTL نشان داد. به‌طور کلی وجود روابط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و تائید نقش مهمی در آنالیز روش‌های تک مرحله‌ای و Boosting ایفا کرد، با این حال سودمندی روش تک مرحله‌ای بیز A هنگامی که صفات تحت تاثیر تعداد کمتر QTL قرار گیرند، مشهودتر بود.

---

سدها به طور بالقوه می‌توانند بر اندازه جمعیت و ارتباطات میان آن‌ها، کاهش تنوع ژنتیکی و افزایش تفاوت‌های ژنتیکی در میان جمعیت‌های ماهی رودخانه‌ای اثر بگذارند. بنابراین در این تحقیق، اثر سد شهید رجایی بر تنوع ژنتیکی سیاه ماهی در رودخانه تجن با استفاده از توالی‌های ژن سیتوکرومb  مورد بررسی قرار گرفت. نمونه‌های سیاه ماهی از بالادست و پایین دست سد جمع‌آوری شدند. توالی یابی و تجزیه و تحلیل این ژن ۱۱هاپلوتیپ را در نمونه‌ها نشان داد و تنوع نوکلئوتیدی و هاپلوتیپی به‌ترتیب ۰۰۰۶۲/۰، ۰۰۹۳۹/۰، ۳۷۷۷۸/۰ و ۷۰۵۲۶/۰ برای جمعیت‌های بالادست و پایین دست بود. تجزیه و تحلیل واریانس مولکولی (AMOVA)، ۴۵/۸۸ درصد از تغییرات ژنتیکی موجود در درون جمعیت و ۲۱/۶ درصد از تغییرات ژنتیکی در میان جمعیت‌ها را نشان داد. تجزیه و تحلیل پارامتر F_ST نشان داد که تفاوت ژنتیکی معنی‌داری بین جمعیت‌های مورد مطالعه وجود دارد. در مجموع می‌توان گفت تمایز ژنتیکی قابل ملاحظه‌ای در بین جمعیت‌های بالادست و پایین دست سیاه ماهی در رودخانه تجن مشاهده شد (۰۵/۰ = P). هر چند باید با احتیاط در مورد این نتیجه‌گیری صحبت کرد زیرا در این تحقیق فقط از یک ژن استفاده شده‌است. برای نتیجه‌گیری بهتر توصیه می‌شود از سایر ژن‌ها و هم‌چنین از سایر شاخص‌های ژنتیکی دیگر از قبیل ریز مارهواره‌ها استفاده شود و به علاوه مطالعات مشابه نیز در سایر مناطق انجام شود.

---

ورم پستان پر هزینه­ترین بیماری در گاوهای شیری بوده که معمولا در پاسخ به عفونت باکتریایی داخل غدد پستانی ایجاد می­شود. شناسایی ژن‌هایی که بیان آن‌ها در پاسخ به این عفونت­های باکتریایی تغییر می­کنند و گروه­بندی این ژن­ها بر اساس نقش­های بیولوژیکی آن‌ها در فهم پاسخ میزبان به نوع پاتوژن کمک بسزایی می کند. از این رو، هدف از این مطالعه بررسی میزان بیان ژن اینترلوکین ۲ در تلیسه‌های شیری سالم در سه مرحله شیردهی (اوایل، اواسط و اواخر دوره‌ی شیردهی) و دام‌های مبتلا به ورم پستان کلینیکی E. coli در تلیسه‌های شیری هلشتاین بود. بدین منظور RNA کل از سلول‌های سوماتیکی نمونه‌های شیر ۱۸ دام سالم (۶ نمونه برای هر مرحله) و ۴ دام مبتلا به ورم پستان ناشی از باکتری E. coli استخراج شد و بیان ژن اینترلوکین ۲ با ژن GAPDH به‌عنوان ژن مرجع مورد مقایسه قرار گرفت. برای آنالیزهای بیان ژن مورد نظر از برنامه REST, ۲۰۰۹, V۲,۰.۱۳ استفاده شد. نتایج این مطالعه افزایش معنی‌دار بیان ژن اینترلوکین ۲ در گاوهای ورم پستانی نسبت به تمام مراحل شیردهی دام‌های سالم را نشان داد. حداکثر و حداقل تفاوت بیان به‌ترتیب برای مراحل اوایل و اواخر شیردهی در دام‌های سالم مشاهده شد. به‌طور کلی نتایج مطالعه این نشان داد که امکان تایید تغییر بیان ژن اینترلوکین ۲ در تلیسه‌های شیری سالم و مبتلا به ورم پستان E. coli وجود داشته و ژن اینترلوکین ۲ ممکن است نقش مهمی در مبارزه با عفونت داخل پستانی ایجاد شده توسط E. coli بازی کند.

---

اسید اورسولیک یک ترکیب طبیعی تری ترپن پنتا سیکلیک است که در گل­ها و میوه­ها و همچنین در برخی گیاهان دارویی همانند نعناع و ریحان و مرزه یافت می­شود و روی ماهیچه اسکلتی تاثیر می­گذارد. در این مطالعه اثر اسید اورسولیک بر سلول­هایC۲C۱۲  و سلول­های ماهواره­ای (SC) جدا شده از جوجه­های بومی یک روزه مورد بررسی قرار گرفت. ابتدا  سلول­ها با استفاده از روش pre-plating کشت داده شدند. سپس، برای تعیین دوز مناسب اسید اورسولیک از تکنیک MTT استفاده شد. برای بررسی بیان ژن­های دخیل در تکثیر و تمایز سلول‌های ماهواره‌ای از تکنیک qRT-PCR استفاده شد. تصاویر میکروسکوپی و نتایج تکنیک فلوسیتومتری با استفاده از آنتی­بادیPAX۷ ، ماهیت سلول­های ماهواره­ای رو تایید کرد. نتایج نشان داد که اسید اورسولیک در غلظت ۰۰۰۲۵/۰ میلی­گرم در میلی­لیتر، بیان ژن­های دخیل در تکثیر و تمایز سلول­های ماهواره­ای نظیر PAX۷، MyoD و Myogenin را افزیش داد (p<۰/۰۵). با توجه به نتایج این آزمایش، اسید اورسولیک با افزایش بیان ژن‌های PAX۷، Myogenin و MyoD موجب هیپرتروفی عضله در جوجه­های بومی می­شود. درنتیجه، می­توان استفاده از اسید اورسولیک را به‌عنوان یک مکمل غذائی برای بهبود رشد جوجه‌های بومی پیشنهاد کرد.

 

---

مطالعه حاضر با هدف بررسی تنوع نوکلئوتیدی و آنالیز فیلوژنتیکی ژن ریبونوکلئاز پانکراسی در دو گونه متفاوت، گوسفند نژاد بلوچی و گوسفند وحشی اوریال انجام گرفت. نمونه خون گوسفند نژاد بلوچی از مرکز اصلاح نژاد عباس‌آباد مشهد و نمونه خون گوسفند وحشی اوریال از اداره محیط زیست استان خراسان رضوی جمع‌آوری شد. قطعه ژنی طولانی ۴۳۴۷ جفت‌بازی ژن ریبونوکلئاز پانکراسی با استفاده از ۷ جفت پرایمر که به‌صورت هم پوشان طراحی شده بودند، تکثیر و توالی‌یابی شد. نتایج مقایسه توالی ژن ریبونوکلئاز پانکراتیک ۴۳۴۷ جفت‌بازی به‌دست آمده از هر دو گونه گوسفند نژاد بلوچی و گوسفند وحشی اوریال، ۱۰ تفاوت نوکلئوتیدی را با میزان تشابه ۷۸/۹۹ درصد نشان داد. همچنین نتایج مقایسه توالی ژن ریبونوکلئاز پانکراسی  مرجع گوسفند (نژاد رامبوییه با شماره دسترسی XM_۰۰۴۰۱۰۳۸۴) با گوسفند وحشی اوریال ۱۸ تفاوت نوکلئوتیدی با میزان تشابه ۶۱/۹۹ درصد و با گوسفند نژاد بلوچی ۱۰ تفاوت نوکلئوتیدی با میزان تشابه ۷۸/۹۹ درصد را نشان دادند. نتایج مطالعه حاضر تائید می‌کند، اگرچه توالی کد‌کننده آنزیم ریبونوکلئاز پانکراسی دو گونه بلوچی و اوریال و توالی ژن مرجع در پایگاه داده NCBI کاملا با یکدیگر مشابه هستند، اما توالی‌های نوکلئوتیدی بالادستی و پایین دستی این ژن دارای ۱۰ تفاوت نوکلئوتیدی با یکدیگر و دارای ۱۸ تفاوت نوکلئوتیدی با توالی ژن مرجع می‌باشند. نتایج حاصل از ماتریس فواصل ژنتیکی و درخت فیلوژنتیک توالی‌های مربوط به گوسفند نژاد بلوچی و گوسفند وحشی اوریال بدست آمده در این مطالعه با سایر توالی های ثبت شده از ژن ریبونوکلئاز پانکراسی در پایگاه داده NCBI تائید می‌کند که هر دو گونه گوسفند نژاد بلوچی و گوسفند وحشی اوریال با توالی ثبت شده برای ژنوم مرجع گوسفند و همراه توالی ژنی ریبونوکلئاز پانکراس ثبت شده برای گونه بز در یک کلاد قرار گرفته‌اند.