۴ نتیجه برای انتخاب ژنومی
یحیی محمدی، مرتضی ستایی مختاری، محمد رزم کبیر،
دوره ۱۲، شماره ۲ - ( ۵-۱۳۹۶ )
چکیده
هدف از مطالعه حاضر مقایسه تفاوت صحت انتخاب ژنومی برای روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP و روش تک‌مرحله‌ای یا SS-BLUP برای صفات تولید شیر، مقدار چربی، مقدار پروتئین و تعداد سلول‌های سوماتیک شیر در گاوهای هلشتاین ایران بود. در این مطالعه از رکوردهای مربوط به داده‌های ژنومی ۳۴۵ راس گاو هلشتاین ایران که با کمک تراشه نشانگری۵۰ کیلوبازی شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده شد. ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفات مورد مطالعه به‌کمک نرم‌افزار MIXBLUP برآورد شدند. نتایج حاصل نشان داد که میانگین صحت پیش‌بینی ژنومی روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP و SS-BLUP به‌ترتیب برابر با ۳۹/۰، ۴۷/۰ و ۵۴/۰ بود. دامنه برآورد صحت از ۳۲/۰ برای صفت تعداد سلول‌های سوماتیک شیر در روش BLUP سنتی تا ۵۹/۰ برای صفت تولید شیر در روش SS-BLUP متفاوت بود. صحت پیش‌بینی ژنومی روش SS-BLUP نسبت به روش G-BLUP برای صفات تولید شیر، مقدار چربی، مقدار پروتئین و تعداد سلول‌های سوماتیک شیر به‌ترتیب ۱/۰، ۰۷/۰، ۰۹/۰ و ۰۷/۰ و نسبت به روش BLUP سنتی ۱۶/۰، ۱۴/۰، ۱۷/۰ و ۱۴/۰ بیش‌تر برآورد شد. میانگین مربعات خطای پیش‌بینی در روش SS-BLUP برای تمام صفات مورد مطالعه نسبت به دو روش دیگر کمتر بود. ضرایب رگرسیون پیش‌بینی ژنومی برای روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP و SS-BLUP به‌ترتیب ۷۷/۰، ۸۸/۰ و ۹۴/۰ به‌دست آمد. به‌طور کلی نتایج این مطالعه نشان داد که با توجه به بالا بودن صحت پیش‌بینی ژنومی روش تک‌مرحله‌ای نسبت به دو روش دیگر و هم‌چنین اریب کمتر آن در صفات مورد مطالعه، استفاده از روش تک‌مرحله‌ای در مقایسه با دو روش دیگر، برای پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی در صفات تولیدی برای گاوهای هلشتاین ایران توصیه می‌شود.
یحیی محمدی، مرتضی ستایی مختاری، محمد رزم کبیر، رستم عبدالهی آرپناهی،
دوره ۱۲، شماره ۴ - ( ۱۱-۱۳۹۶ )
چکیده
روش تک مرحله‌ای (SS-GBLUP) انتخاب ژنومی در مقایسه با روش چند‌مرحله‌ای، با توجه به ادغام ماتریس خویشاوندی روابط ژنومی آللی و ماتریس خویشاوندی شجره‌ای و استفاده هم‌زمان تمام حیوانات ژنوتیپ شده و نشده در مدل‌های ژنومی اخیراً کاربرد وسیعی در برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی ایفا کرده است. هدف از مطالعه اخیر مقایسه تفاوت صحت ارزیابی ژنومی برای روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP، SNP-BLUP و SS-GBLUP برای صفت وزن لاشه در گاو گوشتی بود. نتایج این مطالعه نشان داد که متوسط صحت پیش‌بینی ژنومی روش‌های فوق به‌ترتیب برابر با ۱۱/۰±۷۷/۰، ۲۱/۰±۸۸/۰، ۲۳/۰±۸۷/۰ و ۲۵/۰± ۹۵/۰ برآورد شد. صحت پیش‌بینی ژنومی در روش SS-GBLUP نسبت به روش‌های BLUP سنتی، G-BLUP و SNP-BLUP به‌ترتیب ۱۸/۰، ۰۷/۰ و ۰۸/۰ بیش‌تر برآورد شد. میانگین مربعات خطای پیش‌بینی برای روش‌های فوق به‌ترتیب ۴۶/۳، ۲۱/۲، ۲۲/۲ و ۷۶/۱ به‌دست آمد. روش SS-GBLUP با توجه به پایین بودن میانگین مربعات خطا و بالا بودن صحت پیش‌بینی ژنومی روش مطلوب‌تری بود. ضرایب رگرسیون پیش‌بینی ژنومی برای روش‌های SNP-BLUP، G- BLUP و SS-GBLUP به‌ترتیب ۸۱/۰، ۸۲/۰ و ۹۰/۰ به‌دست آمد و بنابراین اریب برآوردها در SS-GBLUP نسبت به دو روش دیگر کمتر است.
وحید رئیسی، علی‌رضا احسانی، رسول واعظ ترشیزی،
دوره ۱۳، شماره ۲ - ( ۴-۱۳۹۷ )
چکیده
در پژوهش حاضر، یک مطالعه همراهی در سطح ژنوم با هدف شناسایی نواحی ژنومیک کنترل‌کننده میزان فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ انجام شد. پرندگان تحت آزمایش از یک جمعیت F۲ حاصل از تلاقی ضربدری لاین گوشتی آرین و سویه بومی مرغ آذربایجان غربی به‌دست آمد و آنالیزهای مربوطه با استفاده از پانل ۶۰ هزارتایی چندشکلی تک نوکلئوتیدی شرکت ایلومینا انجام گرفت. در این مطالعه، میزان فعالیت آنزیم لیزوزیم علیه باکتری میکروکوکوس لوتئوس به‌عنوان شاخصی برای فعالیت ایمنی ذاتی مورد مطالعه قرار گرفت. آنالیز آماری بر اساس مدل رگرسیونی مختلط و ثابت شده با تصحیح اثرات ناشی از اریب‌های سیستماتیک و اثرات ثابت جنس و هچ بود. اثرات چند آزمونی با اعمال سطح ۱۰ درصد نرخ کشف کاذب در سطح ژنوم به‌عنوان سطح معنی‌دار تصحیح شدند. نتایج این پژوهش ضمن تطابق با مطالعات پیشین، نشان داد که در هر دو مدل آماری سه نشانگر GGaluGA۲۰۶۱۸۷، rs۱۶۴۷۹۵۹۴ و rs۱۵۲۰۴۱۲۷ که به‌ترتیب بر روی کروموزوم‌‌های ۳، ۵ و ۱ واقع شده‌اند؛ همراهی معنی‌داری با فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ دارند (۱/۰ > FDR). آنالیزهای بعدی غناء ژن در پایگاه داده DAVID نشان داد که ژن‌های کاندید واقع در این نواحی از ژنوم، در نه مسیر بیوشیمیایی مؤثر بر عملکرد سیستم ایمنی نقش قابل توجهی دارند (۱/۰ > FDR). تنوع جایگاههای ژنتیکی مؤثر بر صفت یاد شده نشان می‌دهد که توارث این صفت به‌صورت پلی ژنیک بوده و اصلاح نژاد برای این صفت می‌تواند در دراز مدت به بهبود ژنتیکی حیوانات تحت انتخاب برای این صفت منجر شود.
یوسف نادری، اورنگ استقامت،
دوره ۱۴، شماره ۴ - ( ۱۱-۱۳۹۸ )
چکیده
امروزه جهت غلبه بر محدودیت ژنوتایپینگ برخی از حیوانات، مدل‌های تک مرحله‌ای پیشنهاد شدند. مدل‌های پیش‌بینی ژنومی تک مرحله‌ای با توجه به عملکرد بالا و برآورد ارزش اصلاحی ژنومی هم‌زمان برای حیوانات ژنوتیپ‌شده و نشده، تبدیل به ابزاری غالب در ارزیابی ژنومی دام‌های اهلی شدند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی نقش روابط خویشاوندی ژنومی بین جمعیت مرجع و تأیید و معماری‌های مختلف ژنومی بر عملکرد روش‌های بوستینگ و تک مرحله‌ای بیز A و GBLUP با در نظر گرفتن ایمپیوتیشن (Imputation) داده‌های ژنومی شبیه‌سازی‌شده بود. بدین منظور، جمعیت‌های ژنومی برای سطوح مختلف تعداد جایگاههای صفات کمی (۱۰، ۱۰۰ و ۱۰۰۰) بر روی ۲۹ کروموزم شبیهسازی شدند. برای شبیهسازی شرایط واقعی، به‌طور تصادفی اقدام به حذف (۷۰ درصد) برخی نشانگرها نموده و در مرحله بعد از طریق نرم‌افزار Flmpute اقدام به ایمپیوتیشن و پیش‌بینی نقاط گم شده نموده و صحت ایمپیوتیشن مورد ارزیابی قرار گرفت. در نهایت دادهای اصلی و ایمپیوتیشن با استفاده از روش‌های بوستینگ و تک مرحله‌ای بیز A و تک مرحله‌ای GBLUP جهت پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی طی نسل‌های G۱ و G۳ مورد ارزیابی قرار گرفتند. بر طبق نتایج، صحت پیش‌بینی ژنومی برای افراد ژنوتیپ‌نشده در مقایسه با افراد ژنوتیپ‌شده با شدت بیشتری تحت تاثیر روابط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و تأیید در هر دو سری داده ایمپیوتیشن و اصلی قرار گرفت. کمترین میزان صحت پیش‌بینی ژنومی برای افراد ژنوتیپ‌شده در هر دو سری داده ایمپیوتیشن و اصلی برای روش بوستینگ مشاهده شد. در مقایسه با روش‌های تک‌مرحله‌ای بیز A و بوستینگ، روش تک مرحله‌ای GBLUP عملکرد بالاتری در تعداد بالای QTL نشان داد. به‌طور کلی وجود روابط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و تائید نقش مهمی در آنالیز روش‌های تک مرحله‌ای و Boosting ایفا کرد، با این حال سودمندی روش تک مرحله‌ای بیز A هنگامی که صفات تحت تاثیر تعداد کمتر QTL قرار گیرند، مشهودتر بود.
