Modern Genetics Journal
فصلنامه علمی ژنتیک نوین
MGj
General
http://mg.genetics.ir
1
admin
2008-4439
2008-4439
8
14
8888
13
fa
jalali
1400
9
1
gregorian
2021
12
1
16
4
online
1
fulltext
fa
تشخیص ویروسها و ویروئیدهای گیاهی به کمک فناوری توالی یابی با توان بالا
Detection of plant pathogenic viruses and viroids using high throughput sequencing technology
ژنتیک گیاهی
Subject 01
تخصصی (مروری)
review
<h1 dir="RTL" style="text-align: justify;"><span style="font-size:12px;"><span style="font-family:Tahoma;">ویروسهای گیاهی باعث بسیاری از بیماریهای مهم میشوند و مسئول کاهش عملکرد و کیفیت محصول در سراسر جهان هستند. شناسایی سریع و دقیق ویروسها در یک نمونه برای سرویسهای بازرسی، قرنطینه و مدیریت بیماری مطلوب است. بهتازگی، تکنیکهای تعیین توالی نسل بعد (<span dir="LTR">NGS</span>) که نمایانگر یک رویکرد انعطافپذیر در ردیابی پاتوژن گیاهی است، توسعه یافته است. از سال 2009، تکنیکهای <span dir="LTR">NGS</span> در برخی نواحی ویروس شناسی گیاهی متشکل از توالییابی ژنوم ویروس یا ویروئید، ردیابی و شناسایی، اکولوژی و اپیدمیولوژی آغاز بهکار کرده است. تکنیکهای <span dir="LTR">NGS</span> سریع، بسیار کارآمد و کم هزینه هستند و امکان توالییابی چندین گیگابایت داده را در چند ساعت فراهم میسازند. در واقع، یک رویکرد عمومی برای شناسایی ویروس یا ویروئید است که نیازی به شناخت قبلی از میزبان یا ویروس ندارد. تنها با تعیین توالی کل آر.ان.ایهای کوچک در یک اجرای <span dir="LTR">NGS</span>، شناسایی ویروسهای دارای دی.ان.ای یا آر.ان.ای و ویروئیدها امکانپذیر میشود. در این مقاله، به پیشرفتهای اخیر در بهکارگیری تکنیکهای <span dir="LTR">NGS</span> برای تشخیص ویروسها و ویروئیدها در میزبانان آنها پرداخته شده است.</span></span></h1>
Plant viruses cause many important diseases and are responsible for reducing crop yield and quality throughout the world. Fast and accurate identification of viruses in a sample is desirable for inspection, quarantine services and disease management. Recently, Next-generation sequencing (NGS) techniques have been developed that represent a flexible approach to plant pathogen detection. Since 2009, NGS techniques have begun to apply in some areas of plant virology consisting of virus/viroid genome sequencing, detection, and discovery, ecology, and epidemiology. The NGS techniques are rapid, highly efficient, and low cost, and allow the sequencing of many data gigabases in a few hours. It’s a generic approach to virus/viroid identification that requires no prior knowledge of the host or virus. Only by sequencing of total small RNAs in an NGS run, identification of DNA/RNA containing viruses and viroids are possible. This article reviews the rapid and recent achievement in the applying of NGS techniques for the diagnosis of viruses and viroids in their hosts.
توالی یابی نسل بعد شناسایی, ویروس, ویروئید, پلت فرم , آسیب شناسی گیاهی
next generation sequencing, identification, virus, viroid, platform, plant pathology
401
419
http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-111-1&slc_lang=fa&sid=1
arghavan
alisoltani
ارغوان
علی سلطانی
Arghavana85@gmail.com
10031947532846006233
10031947532846006233
No
دانشگاه افریقای جنوبی
farideh
farahbakhsh
فریده
فرح بخش
farideh.farahbakhsh63@gmail.com
10031947532846006234
10031947532846006234
Yes
دانشگاه صنعتی اصفهان
reza
lotfi
رضا
لطفی
reza.lotfi@modares.ac.ir
10031947532846006235
10031947532846006235
No
دانشگاه تربیت مدرس
majid
talebi
مجید
طالبی
mtalebi@cc.iut.ac.ir
10031947532846006236
10031947532846006236
No
دانشگاه صنعتی اصفهان