fa آنالیز بیوانفورماتیک مکان ژنی خودناسازگاری گونه گلابی Pyrus communis L. و بررسی آلل-های مرتبط در برخی از ارقام تجاری و بومی ژنتیک گیاهی Subject 01 پژوهشی کامل Applicable <p dir="RTL"><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">آلل‌های جدید شناسائی‌شده مکان ژنی خودناسازگاری گلابی معمولی، نام‌گذاری مجدد و همولوژی بالای برخی این آلل‌ها، سبب تداخل در بررسی و طبقه‌بندی آن‌ها شده‌است. تحقیق اخیر با هدف مرور جامع بیوانفورماتیک و بررسی ساختار ژنتیکی کلیه 27 آلل </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">S</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> شناسائی&shy;شده این گونه و بررسی این آلل&shy;ها در برخی ارقام تجاری و بومی گلابی ایران بر اساس این اطلاعات بیوانفورماتیک و مقایسه با گزارشات قبل انجام شد. نتایج نشان&shy;دهنده وجود توالی کامل 21 آلل این گونه بود که به‌صورت نواحی 13 گانه شامل پیشرانه، پنج ناحیه حفاظت&shy;شده </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">C1</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> تا </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">C5</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">، اینترون و 6 ناحیه بینابینی خطی و حفاظت&shy;شدگی قابل&shy;توجهی در ناحیه پیشرانه و سیگنال، به غیر از نواحی </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">C1</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> تا </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">C5</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> مشاهده شد. همچنین در ناحیه پیشرانه اغلب آلل&shy;ها، حداقل دو جایگاه </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">CAAT</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> و دو جایگاه نزدیک و یا به&shy;هم چسبیده </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">TAAT</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> مشاهده شد. تجزیه خوشه&shy;ای بخش&shy;های مختلف آلل&shy;ها، بیانگر شباهت کامل پلی&shy;پپتیدی دو آلل </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">S119</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">S121</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> بود، لیکن از نظر اینترون تفاوت جزئی در طول و توالی داشته که دلیل اشتباهات ارزیابی آلل&shy;های برخی ارقام داخلی نظیر رقم درگزی بود. مقایسه نتایج بررسی آلل&shy;های خودناسازگاری در برخی از ارقام بومی با استفاده از نتاج بیوانفورماتیک نشان&shy;داد، استفاده از آغازگرهای اختصاصی، روش کاملاً قابل&shy;اعتمادی در شناسائی این آلل&shy;ها خصوصاً در ارقام دارای جریان ژنی دیگر گونه&shy;ها نیست. بررسی آلل&shy;های خودناسازگاری ارقام نشان&shy;دهنده حضور آلل </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">S104</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> در ارقام شاهد کوشیا و بوره&shy;دیل و رقم کروس&shy;سیحان (</span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Krus</span></span> <span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Siehan</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">)، </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">S108</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> در کروسالون (</span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Krusalun</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">)، </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">S107</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> در شاه&shy;میوه و شکری، </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">S119</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> در اسفراینی و درگزی، </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">S35</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> گونه </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">P. ussuriensis</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> در ارقام کفتربچه، شیرین ترکان و کنجونی و </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">S19</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> گونه </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">P. </span></span></em><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">&times; bretschneideri</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> به‌عنوان دیگر آلل رقم شکری بود. نتایج ضمن تایید گزارشات قبلی وجود جریان ژنی دیگر گونه&shy;های گلابی در تکامل ارقام بومی ایران، نشانگر اهمیت بررسی جامع بیوانفورماتیک آلل&shy;های جنس </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Pyrus</span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> در کنار هم بود.</span></span></p> New identified alleles of self-incompatibility locus in <em>Pyrus communis </em>and renumbering of these alleles caused some confusion in their evaluation and categorization. Therefore, this research was performed for a comprehensive bioinformatics review on all 27 <em>S</em>-alleles of this species, and identification of <em>S</em>-alleles in some native Iranian pear cultivars. The results demonstrated that 21 <em>S</em>-alleles, out of 27 identified <em>S</em>-alleles are completely sequenced, that subsequently all 13 parts of them, including promoter, signal region, conserved C1 to C5, intron region and 6 intermediate region were aligned. Bioinformatic analysis revealed considerable conservation also in promoter, signal and terminal parts of locus and their appropriateness for primer design, also showed presence of two CAAT and two coherent TAAT boxes in most promoter regions of <em>S</em>-alleles. Cluster analysis of various parts of alleles showed the complete similarity of polypeptide sequence of <em>S119</em> and <em>S121</em> alleles, but in intron region they were moderately different, this high similarity level causes some mistakes in <em>S</em>-alleling of some cultivars such as Dargazi. Comparison of the results also demonstrated that due to sequence similarities and gene flow of other species, the specific primer method is not a trustable method for <em>S</em>-alleling in pear. Finally, <em>S</em>-alleling of some cultivars confirmed <em>S104</em> in two control cultivars, Coscia and Beurre Diel, also in central Asian cultivar, Krus Siehan, also <em>S108</em> in Krusalun and <em>S107</em> in Shekkari and Shahmiveh cultivars, while <em>S119</em> in Esfarayeni and Dargazi. Interestingly, <em>S35</em> from <em>P. ussuriensis</em> in Shirin Torkan, Konjuni and Kaftarbache cultivars and <em>S19</em> from <em>P.&times;bretschneideri</em> as the second allele of Shekkari cultivar were detected that reconfirming the previously reported gene flow of other <em>Pyrus</em> species in the native Iranian pear cultivars.<br> &nbsp; سازگاری گرده, تعیین توالی, تجزیه خوشه‌ای, جریان‌ژنی, رقم بومی Pollen compatibility, Sequencing, Cluster analysis, Gene flow, Native cultivar. 197 210 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-100-1&slc_lang=fa&sid=1 حمید عبداللهی h.abdollahi@areeo.ac.ir 10031947532846005430 10031947532846005430 Yes سازمان تحقیقات اموزش و ترویج کشاورزی-موسسه تحقیقات سارا صادق نژاد sadeghnejad_sara@yahoo.com 10031947532846005431 10031947532846005431 No دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم و تحقیقات