Modern Genetics Journal

fa تشخیص پیش از تولد بتا تالاسمی از طریق cffDNA با تکنیک NGS و آنالیز RHDO Prenatal diagnosis of β‐thalassemia through cffDNA by NGS technique and RHDO analysis ژنتیک انسانی Subject 03 پژوهشی کامل Applicable <div dir="ltr" style="margin-left: 40px;"></div>بتا تالاسمی یک گروه از اختلالهای خونی ارثی با وراثت اتوزومی مغلوب است. موثرترین روش برای کاهش این بیماری ارثی، تشخیص پیش از تولد است. نمونهبرداری تهاجمی جهت بررسی جنین با خطر سقط تقریبی یک درصد برای جنین همراه است. DNA ی آزاد جنینی در پلاسما مادر، منبع بسیار خوبی از مواد ژنتیکی برای تشخیصهای مولکولی پیش از تولد جنین است. (RHDO) Relative Haplotype Dosage Analysis که بر اساس هاپلوتیپ است، به عنوان یک  کاربرد در تشخیص پیش از تولد امیدبخش است. هدف از این مطالعه، بررسی بیماری بتا تالاسمی از طریق تکنیکNext-Generation Sequencing (NGS)    با آنالیز (RHDO)  است. در این مطالعه 5 زوج ناقل بتا تالاسمی (مینور) با روش Amplification Refractory Mutation System- Polymerase chain reaction (ARMS-PCR)  نسبت به موتاسیونG>A  IVSII-I تعیین ژنوتیپ شدند. طی حاملگی 10 سیسی خون از هر خانم باردار و همچنین نمونهی بزاق از همسرانشان گرفته شد. نمونهها به مرکز Genoma ایتالیا جهت بررسی با تکنیک NGS ارسال شد. در نهایت نتایج بدست آمده با روش تهاجمی مقایسه شد. نتایج بدست آمده از تکنیک NGS با آنالیز RHDO بدون نیاز به آنالیز فرد مبتلا با بررسی بلوکهای هاپلوتیپی دارای دقت و صحت 100 درصد است. نتایج حاصل از  Cell-free fetal DNA (cffDNA) طبق پروتکل کشوری برای بیماری بتا تالاسمی تایید شدند. از 5 نمونهی جنینی بدست آمده از زوج های بالا که نسبت به موتاسیون   IVSII-1 G>A بررسی  شدند، ا جنین مبتلا، 2 جنین نرمال و 2 جنین مینور بودند. حساسیت و ویژگی تست NGS 100 درصد بود و همچنین ارزش پیشبینیکننده مثبت و منفی 100 درصد بود. تعیین توالی هدفمند پلاسمای مادری برای NIPD در بتا تالاسمی با استفاده از نرمافزار SHAPEIT برای آنالیز RHDO میسر است. بنابراین میتوان با استفاده از نرمافزارهای جدید در این زمینه بدون نیاز به اطلاعات سایر اعضای خانواده  هاپلوتیپ والدین را تهیه کرد. Beta-thalassemia is a group of inherited blood disorders with autosomal recessive inheritance. The most effective strategy is to reduce the incidence of this genetic disease, which can be accomplished by utilizing appropriate prenatal diagnosis in clinical practice. Aggressive biopsy during the pregnancy is associated with an abortion risk of approximately 1% for the fetus. Free fetal DNA in maternal plasma is an excellent source of genetic material for prenatal molecular diagnoses. Relative haplotype dosage (RHDO), a haplotype‐based approach, has shown promise as an application for noninvasive prenatal diagnosis. This study was conducted to investigate beta thalassemiain the fetus through maternal blood with NGS technique and RHDO analysis. Total of 5 beta-thalassemia carrier couples (minor) were genotyped by ARMS-PCR for IVSII-I G>A mutation. During the pregnancy, 10 ml of blood was collected from pregnant women, A sample of saliva was also taken from their Husbands. Samples were sent to the Genoma Center of Italy for NGS examination. Finally, results were compared with those of the invasion method.The results of NGS technique with RHDO analysis without having to analyze the affected person by haplotypic block analysis have 100% accuracy. The results with cffDNA were confirmed by invasive methods according to the national protocol for beta-thalassemia. A total of 5 fetal samples belong to above couples were genotyped for IVSII-I G>A mutation, in which 1 fetus were affected, 2 fetus were normal and 2 fetus were carrier of beta-thalassemia. Sensitivity and specificity of NGS test were equal to 100% and 100% respectively. Also, positive and negative predictive values were obtained as 100% and 100%, respectively.Targeted sequencing of maternal plasma DNA for NIPD of  beta- thalassemia  and  using  SHAPEIT software  for RHDO analysis is feasible, proved that it is applicable to construct parental haplotypes without information from other family members. کلید واژگان: بتا تالاسمی, تشخیص پیش ازتولد(PND),cffDNA , NGS , RHDO Keywords: Beta thalassemia, cffDNA, NGS, prenatal diagnosis (PND), RHDO 277 286 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-146-1&slc_lang=fa&sid=1 nadia mirzaee نادیا میرزایی Nadia¬_mirzaee@yahoo.com 10031947532846005307 10031947532846005307 No گروه زیست شناسی واحد علوم و تحقیقات تهران gholamreza javadi غلامرضا جوادی gdjavadiroberts@yahoo.com 10031947532846005308 10031947532846005308 No گروه زیست شناسی واحد علوم و تحقیقات تهران shohreh zare karizi شهره زارع کاریزی shohrehzare@yahoo.com 10031947532846005309 10031947532846005309 No گروه زیست شناسی واحد ورامین-پیشوا mohammad miryunesi محمد میریونسی miryounesi@gmail.com 10031947532846005310 10031947532846005310 No گروه ژنتیک پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی parvaneh keshavarz پروانه کشاورز keshavarz@gums.ac.ir 10031947532846005311 10031947532846005311 Yes دانشگاه علوم پزشکی گیلان