fa مطالعه پویش کل ژنوم برپایه آنالیز مسیر مرتبط با صفات رشد در گوسفند ژنتیک جانوری Subject 02 پژوهشی کامل Applicable پژوهش حاضر با هدف مطالعه پویش کل ژنوم بر اساس آنالیز غنی&shy;سازی مجموعه‌&shy;های ژنی برای شناسایی جایگاه&shy;‌های ژنی مؤثر بر صفات رشد با استفاده از آرایه&shy;‌های ژنومی <span dir="LTR">50K</span> بوده است. بدین منظور از اطلاعات رکورد‌های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با اوزان تولد (<span dir="LTR">BW</span>)، شیرگیری (<span dir="LTR">WW</span>)، شش ماهگی (<span dir="LTR">6MW</span>) و دوازده ماهگی (<span dir="LTR">12MW</span>) 240 رأس از گوسفند نژاد هوی استفاده شد. ابتدا آنالیز پویش کل ژنومی برای صفات رشد در برنامه <span dir="LTR">TASSEL</span> انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری <em><span dir="LTR">biomaRt2</span></em> برنامه <span dir="LTR">R</span> ژن&shy;های معنی&shy;داری که در داخل و یا 15 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی&shy;دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری <em><span dir="LTR">goseq</span></em> برنامه <span dir="LTR">R</span> با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن&shy;‌های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن‌&shy;های کاندیدا از طریق پایگاه‌&shy;های <span dir="LTR">GO</span>، <span dir="LTR">KEGG</span>، <span dir="LTR">DAVID</span> و <span dir="LTR">PANTHER</span> انجام شد. با تجزیه و تحلیل غنی&shy;سازی مجموعه&shy;های ژنی، مسیرهای زیستی و <span dir="LTR">)</span>ژن&shy;های کاندیدای) <span dir="LTR">Regulation of skeletal muscle cell proliferation </span>&nbsp;و<span dir="LTR">Actin filament polymerization </span>&nbsp;(<em><span dir="LTR">IGFBP4</span></em> و <em><span dir="LTR">MYOD1</span></em>) مرتبط با صفت <span dir="LTR">BW</span>، <span dir="LTR">Regulation of anatomical structure morphogenesis</span>،<span dir="LTR">regulation of muscle system process </span>&nbsp;و <span dir="LTR">cell junction</span> (<em><span dir="LTR">BMP2</span></em><em>،</em> <em><span dir="LTR">THBS1</span></em> و <em><span dir="LTR">MYH10</span></em>)،<span dir="LTR">Regulation of skeletal muscle tissue development</span> با صفت <span dir="LTR">WW </span>&nbsp;و <span dir="LTR">Regulation of anatomical structure size</span> (<em><span dir="LTR">FGF2</span></em><em>، </em><em><span dir="LTR">ANGPTL4</span></em><em>، </em><em><span dir="LTR">TGFBR3</span></em> و <em><span dir="LTR">ACTR3</span></em>) &nbsp;با صفت <span dir="LTR">6MW</span> و <span dir="LTR">Anatomical structure morphogenesis</span>، <span dir="LTR">Positive regulation of ossification</span> و <span dir="LTR">Cellular response to growth factor stimulus</span> (<em><span dir="LTR">MMP7</span></em><em>، </em><em><span dir="LTR">ACTA2</span></em><em>، </em><em><span dir="LTR">EGR1</span></em> و <em><span dir="LTR">MYBPC3</span></em>) با صفت <span dir="LTR">12MW</span> شناسایی شدند. مسیرهای شناسایی شده عملکرد‌های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه عضلات اسکلتی، متابولیسم گلوکز، فرآیند استخوان&shy;سازی، اندازه بدن، ترکیب عضله و تنظیم یون کلسیم بر عهده داشتند. ژن&shy;های کاندیدای گزارش شده در این پژوهش می&shy;توانند درک روشنی از پایه مولکولی مربوط به صفات رشد در گوسفند را ایجاد کنند. نتایج حاصل از این پژوهش می&shy;تواند دیدگاه جدیدی در رابطه با معماری ژنتیکی صفات رشد در برنامه&shy;های اصلاح نژادی گوسفند ایجاد کند.<span dir="LTR"></span> The present study aimed to conduct a genome wide association studies (GWAS) based on Gene-set enrichment analysis for identifying the loci associated with growth traits using the 50K arrays. For this purpose, phenotypes records and genotypic data related to birth weight (BW), weaning weight (WW), six month weight (6MW) and 12 month weight (12MW) were obtained from 240 Hu sheep. Genome wide association study was performed with growth traits using TASSEL software. Using the biomaRt2 package R the SNP were assigned to genes if they were within the genomic sequence of the gene or within a flanking region of 15 kb up- and downstream of the gene<span dir="RTL">.</span> For the assignment of the genes to functional categories, the GO, KEGG, DAVID and PANTHER databases were used. By Gene set enrichment analysis, the biological pathways and candidate genes of regulation of skeletal muscle cell proliferation&nbsp; and actin filament polymerization (<em>MYOD1</em> and <em>IGFBP4</em>), regulation of anatomical structure morphogenesis, regulation of muscle system process and cell junction (<em>BMP2</em>, <em>THBS1</em> and <em>MYH10</em>), regulation of skeletal muscle tissue development and regulation of anatomical structure size (<em>FGF2</em>, <em>ANGPTL4</em>, <em>TGFBR3</em> and <em>ACTR3</em>), anatomical structure morphogenesis, positive regulation of ossification and cellular response to growth factor stimulus (<em>MMP7</em>, <em>ACTA2</em>, <em>EGR1</em> and <em>MYBPC3</em>), for BW, WW, 6MW and 12MW were identified, respectively. The detected candidate genes played an important role in muscle structure development, glucose metabolism, Osteoclast differentiation, body size, skeletal muscle cell differentiation and regulation of ion calcium. These novel candidate genes identified in this study may be useful targets for clarifying our understanding of the molecular basis of growth traits in sheep. These results can provide new insight for future research into the genetic architecture of growth traits in sheep breeding program. پویش ژنوم, وزن بدن, ژن کاندیدا, گوسفند Body weight, Candidate gene, Genome scan, sheep 375 385 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-372-1&slc_lang=fa&sid=1 Hossein Mohammadi حسین محمدی mohammadi13371364@gmail.com 10031947532846007321 10031947532846007321 Yes Arak university دانشگاه اراک Abouzar Najafi ابوذر نجفی abozar.najafi@yahoo.com 10031947532846007322 10031947532846007322 No Tehran university دانشگاه تهران Mohammad Shamsollahi محمد شمس اللهی shamsollahimohammad@yahoo.com 10031947532846007323 10031947532846007323 No Illam university دانشگاه ایلام