Modern Genetics Journal

fa الگوی ترجیح کدونی در ژن‌های متفاوت بیان شده بین دو زیر گونه گاو ( Bos indicusوBos taurus ) Codon usage pattern of genes differentially expressed between two bovine subspecies (Bos indicus vs. Bos taurus) ژنتیک جانوری Subject 02 پژوهشی کامل Applicable <h1 dir="RTL" style="text-align: justify;">الگوی ترجیح کدونی (CUB)، به‌عنوان الگوی استفاده غیرتصادفی از کدونهای مشابه که اسیدآمینههای مختلف را در ژنوم رمزگذاری میکنند، تعریف میشود که عوامل مختلفی از جمله جهش و انتخاب در شکلگیری آنها مؤثر هستند و از آنجایی‌ که این الگوها مرتبط با بیان و ترجمه ژنها میباشند، میتوان از آنها در فرآیند انتخاب دام‌ها بهره جست. در این مطالعه به بررسی الگوی ترجیح کدونی ژنهای متفاوت بیان شده ین دو جمعیت گاو هلشتاین و کلیستانی و ارتباط آن با بیان ژن پرداخته میشود. در این مطالعه، از نتایج آنالیز بیان ژن افتراقی دو داده‌RNA-Seq  به‌ترتیب مربوط به ادغام 40 و 45 نمونه خون کامل از گاوهای ماده هلشتاین (Bos taurus) و کلیستانی (Bos indicus) استفاده شد. الگوی ترجیح کدونی بر اساس شاخص‌هایی ازجمله ENC، GC3S، CAI و GC برای ژنهای متفاوت بیان شده بین این دو جمعیت گاو محاسبه شد. آنالیز ترجیح کدونی برای نواحی ORF ژنهای متفاوت بیان شده بین دو جمعیت هلشتاین و کلیستانی نشان داد که همبستگی بالایی بین مقادیر شاخص GC کل و GC3S وجود دارد. این موضوع حاکی از تأثیر مقدار GC و جهش به‌عنوان عامل مهم در ایجاد کدونهای مختلف میباشد. هم‌چنین، همبستگی بین شاخص ENC و GC3S نشان داد که جهش مهمترین عامل در شکلگیری کدونها بوده است. همبستگی بین شاخص CAI، که عمدتاً برای پیشبینی سطوح بیان ژن به کار میرود، با شاخص ENC نشان‌دهنده ارتباط بین الگوی ترجیح کدونی و بیان ژن بود. این مطالعه مقایسهای بین نمونههایی از دو زیرگونه گاو، به درک بهتر ساز و کارهای تکاملی شکلگیری الگوی ترجیح کدونی و نیز بررسی ارتباط آن با بیان ژن کمک می‌نماید.</h1> Today, cows are selected using genetic information at the level of the genome translation, transcriptome and  proteome. In this regard, there is a high correlation between codon usage patterns at the genome level and the level of expression of genes in the genome level, which are related to the expression and translation of the genes, this indicator is the result of a balance between factors such as mutation, natural selection, GC content and gene expression level. This information is useful in evaluating the evolutionary process and changes in the genome and predicting gene expression levels within species. However, there is limited information on the study of codon usage in bulls. In the present study, the codon usage pattern between two Holstein )Bos Taurus(and cholistani)Bos indicus(cattle populations is evaluated using gene expression data with different expression and its relation with gene expression. For this purpose, in this study, RNA-Seq data were used to assemble 40 samples of Holstein)Bos Taurus) and 45 cholistani (Bos indicus) breeds. Finally, the codon usage pattern was calculated based on indices such as ENC, GC3S, CAI and GC for different expression genes between the two breeds using the CODON W software. Also, R 3.4.2 Statistical software was used to calculate the correlation between the desired indicators and the graphs. An analysis of codon usage for ORF regions with different expressions in both Holstein and cholistani breeds showed that there is a high correlation between the total GC and GC3S values, which indicates the effect of GC and mutation as an important factor in the creation of various codons; Also, the correlation between ENC and GC3S showed that mutation was the most important factor in the formation of codons. The correlation between the CAI indexes, which is mainly used to predict gene expression levels, with the ENC index indicates the association between the codon usage pattern and the gene expression. This is the first report to examine the codon biology between the two Holstein and cholistani breeds, which not only provide a new perspective for understanding the mechanisms of the codon preference model, but also provide useful clues for molecular genetics and evolutionary studies. الگوی ترجیح کدونی گاو هلشتاین گاو کلیستانی ژن‌های متفاوت بیان شده RNA-Seq Codon usage pattern, RNA-Seq, Holstein cattle, Cholistani cattle 19 30 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-1-14&slc_lang=fa&sid=1 B Asghari بتول اصغری اسفدن 1003194753284600192 1003194753284600192 No گروه علوم دامی، دانشگاه زابل، زابل، ایران GR Dashab غلامرضا داشاب 1003194753284600193 1003194753284600193 No گروه علوم دامی، دانشگاه زابل، زابل، ایران MH Banabazi محمدحسین بناءبازی m.banabazi@areeo.ac.ir 1003194753284600194 1003194753284600194 Yes بخش پژوهش‌های بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران