@article{ author = {davoodi, d and omidi, mansoor and Bihamta, MR}, title = {Germplasm Collection and Karyological Evaluation of wild sugarcane (Saccharum spontaneum L.) in Iran}, abstract ={Commercial sugarcane plants are the result of a limited series of crosses and backcrosses derived from the domesticated species Saccharum officinarum and the wild species S. spontaneum. In order to broadening genetic resources of sugarcane, wild species S. spontaneum from some regions of Iran were collected for the first time and evaluated karyologically. Microscopic examination of squashed root tips showed that these samples are in the two groups of diploid and tetraploid (2n = 2x = 20 and 2n = 4x = 40) in terms of number of chromosomes. Multivariate and cluster analysis showed that 20 chromosome samples had a significant difference in chromosomal and karyotypic variables and the diversity of samples in the southern region was higher than that of the northern region. The 20 chromosome samples had the longest chromosomes and the most symmetric karyotype, and the southern tetraploid samples were placed in a separate cluster. The karyotype indices of tetraploid samples were similar and no significant difference was observed between them. S. spontaneum diploid with 2n=2x=20 is a new case and has the smallest number of chromosomes that are ever identified and reported in this species.  }, Keywords = {Saccharum spontaneum, Wild sugarcane, Karyology, Karyotype analysis}, volume = {14}, Number = {1}, pages = {1-12}, publisher = {Genetics Society}, title_fa = {جمع‌آوری و بررسی کاریولوژیکی ژرم پلاسم نیشکر وحشی (Saccharum spontaneum L.) ایران}, abstract_fa ={ارقام زراعی نیشکر حاصل مجموعه محدودی از تلاقی‌ها و بک کراس‌ها بین گونه اهلی (S. officinarum) و گونه وحشی (S. spontaneum) می‌باشند. به‌علت سهیم شدن تعداد معدودی از کلون‌ها در تلاقی‌های اولیه، پایه ژنتیکی ارقام مدرن هیبرید محدود است. به‌منظور توسعه منابع ژنتیکی این واریته‌ها، گونه وحشی S. spontaneum برای اولین بار از مناطق جنوبی و شمالی ایران جمع‌آوری شد و مورد مطالعه کاریولوژیکی قرار گرفت. بررسی میکروسکوپی نمونه‌های اسکواش شده نشان داد که این نمونه­ها از حیث تعداد کروموزوم در دو گروه دیپلویید و تتراپلویید (2n=4x=40 و 2n=2x=20) قرار دارند. تجزیه آماری چند متغیره نشان داد که نمونه‌های 20 کروموزومی از حیث متغیرهای کروموزومی و کاریوتیپی اختلاف معنی‌دار دارند و میزان تنوع در نمونه‌های منطقه جنوب بیش‌تر از نمونه‌های منطقه شمال بود. نمونه‌های 20 کروموزومی دارای طویل‌ترین کروموزوم و متقارن‌ترین کاریوتیپ بودند و نمونه‌های تتراپلویید جنوب نیز در کلاستر جداگانه‌ای قرار گرفتند. شاخص‌های کاریوتیپی نمونه‌های تتراپلویید40 کروموزومی تقریبا مشابه بود و اختلاف معنی‌داری بین آن‌ها مشاهده نشد. spontaneum S. دیپلویید با 2n=2x=20 یک مورد جدید است که دارای کم‌ترین تعداد کروموزوم است و تا به‌حال در این گونه شناسایی و گزارش می‌شود.}, keywords_fa = {نیشکر وحشی, Saccharum spontaneum, کاریولوژی, تجزیه کاریوتیپ}, url = {http://mg.genetics.ir/article-1-30-en.html}, eprint = {http://mg.genetics.ir/article-1-30-en.pdf}, journal = {فصلنامه علمی ژنتیک نوین}, issn = {2008-4439}, eissn = {2008-4439}, year = {2019} } @article{ author = {Mombeni, M and Arjmand, and RanaeiSiyadat, SO and Abassi, A and Alizadeh, H}, title = {The expression of cellulase CMC3 under control the alcohol oxidase 1 (AOX1) and methanol oxidase (MOX) promoters in the yeast Pichia pastoris}, abstract ={Small and powerful promoters play a key role in recombinant protein expression in different hosts including Pichia pastoris. In the present study, expression of cellulase beta endoglucanase CMC3 gene was studied under the control of the alcohol oxidase 1 (AOX1) and methanol oxidase (MOX) promoters, with the methanol feeding, in the yeast Pichia pastoris. To avoid the gene dosage effect, colonies harbored single copy of target constructs were screened by Real-Time PCR method. The results of enzymatic assay, zymogaphy and SDS-PAGE for the culture of single copy harboring transformants showed powerful, comparable expression of CMC3 under the control of both MOX and AOX1 promoters. High-level expression of recombinant CMC3 under control of the MOX promoter indicated that this small, new powerful promoter could be considered as a promising tool for recombinant protein production in the yeast Pichia pastoris.}, Keywords = {cellulose, Pichia pastoris, promoter, recombinant protein}, volume = {14}, Number = {1}, pages = {13-23}, publisher = {Genetics Society}, title_fa = {بیان سلولاز CMC3 تحت کنترل راه‌اندازهای متانل اکسیداز و الکل اکسیداز در مخمر Pichia pastoris}, abstract_fa ={راه‌اندازهای کوتاه و قدرتمند از اجزای کلیدی بیان موفق پروتئین نوترکیب در میزبان‌های مختلف از جمله مخمر  Pichia pastorisمی‌باشند. در این مطالعه بیان خارج سلولی آنزیم سلولاز بتااندوگلوکاناز (CMC3) تحت کنترل راه‌انداز متانول‌اکسیداز (MOX) و الکل‌اکسیداز 1 (AOX1) با تحت خوراک‌دهی متانول مورد بررسی قرار گرفت. به‌منظور حذف اثر تعداد کپی، کلون‌های نوترکیب حاوی یک نسخه جای‌گیری در ژنوم با استفاده از روش Real-Time PCR شناسایی و مورد استفاده قرار گرفتند. نتایج حاصل از سنجش فعالیت آنزیم، زایموگرافی و SDS-PAGE بیان قدرتمند و قابل مقایسه سلولاز تحت کنترل هر دو راه‌انداز MOX و AOX1 در این مخمر را نشان دادند. نتایج بیان قوی CMC3 نشان داد که راه‌انداز کوتاه MOX می‌تواند با موفقیت برای تولید پروتئین نوترکیب با بیان بالا مورد استفاده قرار گیرد.}, keywords_fa = {پروتئین نوترکیب, سلولاز,راه‌انداز,Pichia pastoris }, url = {http://mg.genetics.ir/article-1-31-en.html}, eprint = {http://mg.genetics.ir/article-1-31-en.pdf}, journal = {فصلنامه علمی ژنتیک نوین}, issn = {2008-4439}, eissn = {2008-4439}, year = {2019} } @article{ author = {Bazrkar-Khatibani, L and Fakheri, BA and Hosseini-Chaleshtori, M and Mahdinejad, N}, title = {QTL analysis of traits related to rice (Oryza sativa L.) cooking and eating quality in a Recombinant Inbred Lines (RILs) population}, abstract ={Cooking and eating quality of rice (Oryza sativa L.) is a crucial issue for marketing and consumers main preference in Iran. In the present study, 157 recombinant inbred lines derived from a cross between two Iranian cultivars (Ali-kazemi and Kadous) were used for quantitative trait loci (QTLs) analysis of 9 important quantity traits. A total of 300 simple sequence repeat (SSR) markers of known chromosomal position were used to survey the parents and a genetic linkage map covering 1213 cM of rice was constructed using 65 polymorphic markers. In total, 16 number of QTLs including two for amylose content (AC) , one for  gel consistency (GC), two for gelatinization temperature (GT), two for cooked rice length (CL)  one for viscosity (VI),  two for water absorption (WA), three for volume Expansion (VE), two for elongation (EL) and one for cooking time (CT) were detected on seven different linkage groups over two years which can be considered as stable QTLs. The findings also indicated that qac2, qgt6, qve1,6, qel3,4 and qct2 were influenced by the environment.}, Keywords = {Cooking and eating quality, RIL population, SSR, QTL}, volume = {14}, Number = {1}, pages = {25-37}, publisher = {Genetics Society}, title_fa = {تجزیه QTL صفات مرتبط با کیفیت پخت و خوراک در جمعیت لاین‌های اینبرد نوترکیب (F9) برنج}, abstract_fa ={کیفیت پخت و خوراک برنج مسئله‌ای حیاتی در بازاریابی این محصول استراتژیک و اولویت اصلی مصرف‌کنندگان آن می‌باشد. در پژوهش حاضر، 157 لاین اینبرد نوترکیب حاصل از تلاقی دو رقم ایرانی (علی کاظمی و کادوس) برای نقشه‌یابی مکان‌های ژنی کنترل‌کننده 9 صفت کمی مهم مورد استفاده قرار گرفتند. ارزیابی والدین با کمک 300 نشانگر ریزماهواره واقع در نواحی کروموزومی مشخص انجام شد و یک نقشه ژنتیکی که 1213 سانتی‌مورگان از ژنوم برنج را پوشش می‌داد با به‌کارگیری 65 نشانگر که در ارزیابی چندشکلی نشان دادند تشکیل شد. در مجموع شانزده QTL شامل دو QTL برای مقدار آمیلوز (AC)، یک QTL برای غلظت ژل (GC)، دو QTL برای درجه حرارت ژلاتینه شدن (GT)، دو QTL برای طول دانه پخته (CL)، یک QTL برای ویسکوزیته یا چسبندگی نشاسته (VI)، دو QTL برای میزان جذب آب (WA)، سه QTL برای انبساط حجمی (VE)، 2 QTL برای نسبت ری آمدن (EL) و یک QTL برای مدت زمان پخت دانه برنج (CT) روی هفت گروه پیوستگی مختلف طی دو سال آزمایش شناسایی شد که می‌توانند به‌عنوان QTL‌های پایدار مورد توجه قرار گیرند. همچنین نتایج نشان داد که QTL‌های qac2، qgt6 qve1,6، qel3,4 و qct2 تحت تاثیر محیط قرار داشتند.}, keywords_fa = {جمعیت اینبرد نوترکیب (RIL),کیفیت پخت و خوراک, نشانگر ریزماهواره,QTL }, url = {http://mg.genetics.ir/article-1-32-en.html}, eprint = {http://mg.genetics.ir/article-1-32-en.pdf}, journal = {فصلنامه علمی ژنتیک نوین}, issn = {2008-4439}, eissn = {2008-4439}, year = {2019} } @article{ author = {Mehrabi, AA and Miri, SMT}, title = {Identification of informative SNP markers associated to root traits and indices, water use efficiency and transpiration efficiency in durum wheat using GWAS}, abstract ={This research conducted out to investigate genetic control of root traits and indices, water use efficiency and transpiration efficiency using genome wide association study. 3321 SNP markers with at least 5% minor frequency for alleles along with a mixed linear model on evaluated traits applied to association analysis in a structured population (112 genotypes in three subpopulations). Seminal roots were associated with two markers on 2A and 1B chromosomes. But the length of extended roots was under control of 1A and 6B chromosomes. Some markers on 2B and 5B chromosomes were significant with root dry weight. The volume of roots was associated to a marker on 7B chromosome. Root surface and diameter also were under genetic control. Twenty markers were associate to water use efficiency, eleven of them on genome A (1A, 2A, 3A, 5A and 6A) and nine on genome B (2B, 3B and 4B). Genetic control of transpiration efficiency was in association with 2A, 3A, 6A, 2B and 3B chromosomes. Genomic selection is an efficient strategy for early screening of segregated population in breeding programs when just few markers determine majority of variation for a phenotypic trait.}, Keywords = {Informative markers, Genomic selection, Germplasm, Association analysis.}, volume = {14}, Number = {1}, pages = {39-47}, publisher = {Genetics Society}, title_fa = {شناسایی نشانگرهای SNP آگاهی‌بخش مرتبط با صفات و شاخص‌های رشد ریشه، کارایی مصرف آب و کارایی تعرق در گندم دوروم با استفاده از تحلیل ارتباط در گستره ژنوم (GWAS)}, abstract_fa ={با هدف بررسی کنترل ژنتیکی صفات و شاخص‌های رشد ریشه و هم‌چنین ارزیابی کارایی مصرف آب و کارایی تعرق گیاه در ژرم­پلاسم گندم دوروم، از تحلیل ارتباط در گستره ژنوم استفاده شد. تعداد 3321 نشانگر SNP پلی­مورف تثبیت شده در گندم دوروم (با حداقل 5 درصد الل مینور) با استفاده از مدل آماری خطی آمیخته (MLM) روی صفات ارزیابی شده در یک جمعیت ساختارمند متشکل از سه زیر جمعیت (112ژنوتیپ) برای تحلیل ارتباط استفاده شد. مشخص شد که طول ریشه­های بذری با نشانگرهایی روی کروموزوم­های A2 و B1  ارتباط داشت درحالی‌که طول ریشه­های گسترش یافته تحت کنترل قسمت­هایی از کروموزوم­های A1 و B6 بود. وزن ریشه نیز با نشانگرهایی روی کروموزوم‌های B2 و B5 ارتباط معنی‌دار داشت. حجم ریشه با نشانگری روی کروموزوم B7 مرتبط بود. به همین ترتیب، برای سطح ریشه و قطر ریشه نیز نشانگرهای پیوسته‌ای که بخش عمده‌ای از تغییرات این صفات را کنترل می‌کردند شناسایی شد. تعداد 20 نشانگر آگاهی‌بخش برای صفت کارایی مصرف آب شناسایی شد. از این نشانگرها 11 مورد روی ژنومA  (کروموزوم‌های 1، 2، 3، 5 و 6) و نه مورد نیز روی ژنوم B گندم دوروم قرار داشت (کروموزوم‌های 2، 3 و 4). کارایی تعرق در گندم دوروم نیز کنترل ژنتیکی داشت و کروموزوم‌های A2، A3 و A6 از ژنوم A و کروموزوم‌های B2 و B3  نیز از ژنومB  در کنترل این صفت مشارکت داشتند. در چنین مواردی که تعداد اندکی نشانگر بخش عمده‌ای از تغییرات یک صفت را کنترل می‌کنند، می‌توان با گزینش ژنومی در جمعیت‌های اصلاحی در حال تفرق در حداقل زمان به ژنوتیپ‌های ایده‌آل رسید.}, keywords_fa = {تحلیل ارتباط ژرم پلاسم گزینش ژنومی نشانگرهای آگاهی‌بخش }, url = {http://mg.genetics.ir/article-1-33-en.html}, eprint = {http://mg.genetics.ir/article-1-33-en.pdf}, journal = {فصلنامه علمی ژنتیک نوین}, issn = {2008-4439}, eissn = {2008-4439}, year = {2019} } @article{ author = {Karkazi, S and Abdollahi, P and Hasanzadehrastegari, N}, title = {Genetic studies on Bacillus cereus, the cause of cold damage on onion plant (Allium cepa)}, abstract ={The ice nucleation active (INA+) bacteria are one of the most important biological factors in fields and orchards frost damage. Most of these bacteria usually accelerate the freezing process at- 5°C and higher temperatures. In order to identify INA+ bacteria, many plant samples were screened and one positive Ice bacterium associated with onion bulb was selected. The bacterium was then tentatively identified using some key bacteriological methods. Accurate identification of the strain A at species level was made by PCR amplification of 16SrRNA followed by blast at NCBI. Ice nucleation activity of the bacterium was tested by tube INA assay and droplet freezing method. Due to the absence of a nucleus-producing gene for representative isolate at the NCBI site, a primer set similar to inaZ gene of Pseudomonas syringae was designed and PCR analysis was performed. PCR-amplicons were further analyzed by plasmid DNA analysis as well as cloning and sequencing. The results were indicated that there might be different types of ice gene in Bacillus cereus strain A. This is the first report of an Ice-plus Bacillus cereus from plant samples.}, Keywords = {INA, Bacillus cereus, Cloning, Ice nucleation bacteria}, volume = {14}, Number = {1}, pages = {49-54}, publisher = {Genetics Society}, title_fa = {مطالعات ژنتیکی روی ژن هسته یخ باکتری Bacillus cereusعامل سرمازدگی گیاه پیاز (Allium cepa)}, abstract_fa ={باکتری­های فعال هسته ‌یخ به‌دلیل تسریع فرآیند یخ‌زدگی در دمای °C 5- و دماهای بالاتر، یکی از عوامل مهم سرمازدگی در سطح مزارع و باغ‌های کشور هستند. به‌منظور شناسایی باکتری‌های دارای ژن هسته یخ، چندین نمونه باکتریائی با قدرت هسته‌ یخ جداسازی شد که نهایتاً باکتری عامل سرمازدگی گیاه پیاز انتخاب شد. جهت ارزیابی فعالیت هسته ‌یخ از آزمون انجماد درون لوله‌ای و انجماد قطره‌ای استفاده شد. شناسایی به روش معمول صفات فنوتیپی انجام گرفت و جدایه باکتریائی در سطح جنس Bacillus شناسائی شد. با تکثیر ژن 16SrRNA و بلاست توالی در سایت NCBI تعلق آن به گونه Bacillus cereus محرز شد. به‌دلیل عدم وجود ژن مولد هسته ‌یخ برای جدایه مذکور در سایت NCBI آغازگری مشابه با آغازگرهای تعریف شده برای ژن هسته‌ یخ درPseudomonas syringae  با این فرض که ژن ina درB. cereus مشابه با ژن هسته‌ یخ (inaZ) در Pseudomonas syringae  است طراحی شد و برای ردیابی ژن هسته ‌یخ (ina) آنالیز واکنش زنجیره‌ای پلیمراز انجام گرفت. در ادامه تحقیق با استفاده از آغازگر 16SrRNA، فرآیند همسانه‌سازی و استخراج پلاسمید به‌منظور انجام توالی‌یابی دقیق‌تر انجام گرفت. این اولین گزارش از وجود ژن هسته ‌یخ در گونه Bacillus cereus است.}, keywords_fa = {همسانه‌سازی هسته ‌یخ INA Bacillus cereus}, url = {http://mg.genetics.ir/article-1-34-en.html}, eprint = {http://mg.genetics.ir/article-1-34-en.pdf}, journal = {فصلنامه علمی ژنتیک نوین}, issn = {2008-4439}, eissn = {2008-4439}, year = {2019} } @article{ author = {ShaikholeslamEsfahani, E and Shahpiri, A}, title = {Production of recombinant form of rice Glutaredoxin in Escherichia coli}, abstract ={Glutaredoxins (Grxs) are low-molecular-mass proteins with two cysteins in their active site which are involved in reversible reduction of disulfide bonds. The reduction of Grxs is catalyzed by glutathioen reductase via glithathione. Plants contain several isoforms of Grx. In this study we aim to heterologously express OsGrx9 in E.coli. To this end the gene encoding OsGrx9 was cloned in pET28a.  The new construct pET28a-OsGrx9 was transformed to Rosetta (DE3).  After inducing T7 promoter with IPTG, proper amount of recombinant proteins were produced in soluble fraction. The recombinant proteins were purified by affinity chromatography and was analyzed for its ability to reduce Insulin – an electron receptor substrate for Grxs. For this reaction we used DTT or GSH as reducing agent. The results show that OsGrx9 is able to reduce insulin in vitro and the rate of insulin reduction is pH-dependent.}, Keywords = {Glutaredxin, Escherichia coli, Heterologous expression,Rice }, volume = {14}, Number = {1}, pages = {55-61}, publisher = {Genetics Society}, title_fa = {تولید شکل نوترکیب گلوتاردوکسین گیاه برنج در باکتری اشریشیاکلی}, abstract_fa ={گلوتاردوکسین‌ها (Grx‌ها) ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ‌ﻫﺎیﯽ ﺑﺎ وزن ﻣﻮﻟﮑﻮﻟﯽ پایین ﻫﺴﺘﻨﺪ ﮐﻪ ﺑﺎ داﺷﺘﻦ یﮏ ﮔﺮوه ﺗﯿﻮل-دی ﺳﻮﻟﻔﯿﺪ در ﺟﺎیﮕﺎه ﻓﻌﺎﻟﺸﺎن در اﺣﯿﺎ ﺑﺮﮔﺸﺖ‌‌‌‌‌‌‌‌‌ﭘﺬیﺮ ﭘﯿﻮﻧﺪﻫﺎی دی ﺳﻮﻟﻔﯿﺪی ﻧﻘﺶ دارﻧﺪ. این پروتئین‌ها توسط آنزیم گلوتاتیون ردوکتاز توسط مولکول گلوتیون احیا می‌شوند. سپس این پروتئین خود در احیای باندهای دی سولفیدی پروتئین‌های دیگر دخالت دارد. ایﺰوﻓﺮم‌ﻫﺎی ﻣﺨﺘﻠﻔﯽ از Grx در ﮔﯿﺎﻫﺎن وﺟﻮد دارد. در ﭘﮋوﻫﺶ ﺣﺎﺿﺮ ﺗﻮاﻟﯽ ژن کد‌کننده ایﺰوﻓﺮم OsGrx9 از ﮔﯿﺎه ﺑﺮﻧﺞ ﭘﻼﺳﻤﯿﺪ ﺑﯿﺎﻧﯽ pET28a، ﻫﻤﺴﺎﻧﻪ‌ﺳﺎزی و ﺳﭙﺲ ﺑﻪ ﺳﻮیﻪ‌ی ﻣﻨﺎﺳﺒﯽ از ﺑﺎﮐﺘﺮی اﺷﺮیﺸﯿﺎ ﮐﻠﯽ ﺑﻪ‌ﻧﺎم (DE3) Rosetta ﻣﻨﺘﻘﻞ ﺷﺪ. ﺑﺎ ﺗﺤﺮیﮏ ﭘﺮوﻣﻮﺗﺮ T7 ﺑﻪ‌وﺳﯿﻠﻪی IPTG، ﻣﯿﺰان ﻣﻨﺎﺳﺒﯽ از ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ ﻧﻮﺗﺮﮐﯿﺐ His-OsGrx9 در فاز محلول باکتری ﺗﻮﻟﯿﺪ شد و سپس ﺑﺎ اﺳﺘﻔﺎده از روش ﮐﺮوﻣﺎﺗﻮﮔﺮاﻓﯽ تمایلی ﺧﺎﻟﺺ‌ﺳﺎزی ﺷﺪ .ﻓﻌﺎﻟﯿﺖ اﺣﯿﺎیﯽ این ایﺰوﻓﺮم ﻧﻮﺗﺮﮐﯿﺐ ﺗﻮﻟﯿﺪ ﺷﺪه ﺑﺎ اﺳﺘﻔﺎده از اﻧﺴﻮﻟﯿﻦ ﺑﻪ‌ﻋﻨﻮان ﺳﻮﺑﺴﺘﺮای اﻟﮑﺘﺮون ﮔﯿﺮﻧﺪه و حضور  DTTیا GSH ﺑﻪ‌ﻋﻨﻮان عوامل اﺣﯿﺎ‌ﮐﻨﻨﺪه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که Grx9 در محیط این ویترو به‌خوبی فعال می‌باشد. به‌نظر می‌رسد فعالیت این پروتئین در حضور GSH کاملا وابسته به pH محیط می‌باشد.}, keywords_fa = {اشریشیاکلی برنج بیان هترولوگ گلوتاردوکسین }, url = {http://mg.genetics.ir/article-1-35-en.html}, eprint = {http://mg.genetics.ir/article-1-35-en.pdf}, journal = {فصلنامه علمی ژنتیک نوین}, issn = {2008-4439}, eissn = {2008-4439}, year = {2019} } @article{ author = {Karimi, E and Sadeghi, A}, title = {Impact of silver nanoparticles on bacterial flora of the cotton rhizosphere and bulk soil}, abstract ={In this study, the effect of two types of colloidal nanosilver formulations, LS2000 and L2000 on cotton bulk and rhizosphere soil bacterial communities was investigated. Soil was treated with 0, 5, 10, 25 and 50 ppm of each formulation before seed planting. Soil samples were collected from rhizosphere and bulk soil of cotton at seedling, squaring and bolling stages. Enumeration of bacteria was carried out on Tryptic Soy Agar (TSA). PCR–DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) was performed to show bacterial diversity in soil samples treated with different concentrations of nanosilver formulations. Total numbers of culturable bacteria in the soil samples were approximately 104 to 107 CFU/g of dried soil for balk and rhizosphere respectively. The average numbers of culturable soil bacteria were decreased following soil treatment with 5, 10, 25 and 50 ppm of both nanosilver formulations compared to the control. The inhibitory effect of LS2000 was more than L2000 at all concentration especially in rhizosphere soil samples. Total numbers of rhizosphere bacteria significantly (P≤ 0.01) increased with development stage of cotton. At the seedling stage, sensitivity of bacterial flora to nanosilver formulations was higher and LS2000 and L2000 completely inhibited growth of soil bacteria at 5 and 25 ppm concentrations respectively. Based on the molecular data, the diversity of 16S rDNA gene in cotton bulk and rhizosphere soil changed when LS2000 or L2000 was added to soil. Data revealed that the effect of LS2000 on the PCR-DGGE profile of 16S rDNA gene was more than L2000.}, Keywords = {Bactreial flora, Cotton, DGGE, Nanosilver particles.}, volume = {14}, Number = {1}, pages = {63-72}, publisher = {Genetics Society}, title_fa = {تاثیر نانوذرات نقره بر فلور باکتریایی خاک بالک و ریزوسفر پنبه}, abstract_fa ={در این پژوهش تاثیر دو فرمولاسیون نانونقره LS2000 و L2000 بر جمعیت باکتریایی خاک ریزوسفر و بالک پنبه بررسی شد. پیش از کاشت بذر، خاک با غلظت‌های صفر، 5، 10، 25 و 50 پی‌پی‌ام دو فرمولاسیون تیمار شد. نمونه‌های خاک ریزوسفر و بالک گیاه پنبه در مراحل گیاهچه، تشکیل کاسبرگ و تشکیل غوزه جمع‌آوری شد. شمارش باکتری در محیط کشت TSA انجام شد. برای نشان دادن تنوع باکتریایی در خاک تیمار شده با فرمولاسیون‌های نانونقره PCR–DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) انجام شد. تعداد کل باکتری‌های قابل کشت در نمونه‌های خاک در حدود 104 و 107 واحد تشکیل دهنده کلنی (CFU) در هر گرم خاک خشک به‌ترتیب برای خاک بالک و ریزوسفر بود. تعداد متوسط باکتری‌های قابل کشت خاک در نتیجه تیمار خاک با غلظت‌های 0 تا 50 پی‌پی‌ام هر دو فرمولاسیون در مقایسه با کنترل کاهش پیدا کرد. اثر مهار‌کننده فوق برای فرمولاسیون LS2000 به‌ویژه در خاک ریزوسفری بیش‌تر از L2000 بود. تعداد کل باکتری ریزوسفر با پیشرفت مراحل نمو پنبه به‌طور معنی‌دار (P≤ 0.01) افزایش پیدا کرد. در مرحله گیاهچه، حساسیت فلور میکروبی به فرمولاسیون‌های نانونقره بیش‌تر بود و به‌ترتیب غلظت‌های 5 و 25 پی‌پی‌ام از LS2000 و L2000 به‌طور کامل از رشد باکتری‌های خاک ممانعت کرد. بر اساس نتایج مولکولی، تیمار خاک با LS2000 یا L2000 تنوع ژن 16S rDNA در بالک و ریزوسفر پنبه را تغییر داد. نتایج مشخص کرد تاثیر LS2000 بر پروفایل PCR-DGGE ژن16S rDNA  بیش‌تر از L2000 بود.}, keywords_fa = {پنبه فلور باکتریایی نانوذرات نقره DGGE }, url = {http://mg.genetics.ir/article-1-36-en.html}, eprint = {http://mg.genetics.ir/article-1-36-en.pdf}, journal = {فصلنامه علمی ژنتیک نوین}, issn = {2008-4439}, eissn = {2008-4439}, year = {2019} } @article{ author = {Mahmoodi, and AyatollahiMehrjerdi, A and Mohammadabadi, MR}, title = {Genetic diversity of kappa-casein gene in Raini Cashmere, Saanen and Wild goats using PCR-RFLP}, abstract ={Milk has long been considered as a complete food supply and supplying part of the daily nutritional needs of humans. Kappa casein has the most important role in stability of casein micelles, size and their specific function among the milk proteins. Also it has an important role in the quality of the produced cheese and speed cottage and the process of changing milk to cheese. Hence, the purpose of this study was to investigate polymorphism in the exon 4 gene of CSN3 using the PCR-RFLP technique. For this purpose, blood samples were taken from 75 goats (Sannan, Raini and wild breeds), and genomic DNA was extracted. The polymerase chain reaction (PCR) was performed for amplification of exon 4 on CSN3 gene with a length of 645bp using a pair of specific primer. PCR productions were separated using agarose gel and it was found that the intended fragment was amplified well. The amplified fragment was digested with HaeIII enzyme and determining the genotype was performed on the 2% agarose. The result of studies carried out on the goat breeds indicated that the population was monomorphic for the kappa casein gene. Lack of the polymorphism, can be because of no mating with others goat breeds, the closed breeding place and small sample size probably, therefore, next studies on more number of these animals should aim to determine crucial relationship between kappa casein genotypes and maternal characteristics, as selection could be enhanced by the inclusion of genetic markers in breeding decisions.}, Keywords = {Kappa casein Gene, goat, PCR-RFLP, Polymorphism.}, volume = {14}, Number = {1}, pages = {73-77}, publisher = {Genetics Society}, title_fa = {تنوع ژنتیکی ژن کاپاکازئین درجمعیت بزهای کرکی راینی، سانن و وحشی با تکنیک PCR-RFLP}, abstract_fa ={شیر از دیر‌باز به‌عنوان غذای کامل و تامین‌کننده بخشی از نیازهای تغذیه‌ای روزانه‌ی انسان مورد توجه بوده است. کاپاکازئین در پایداری میسل‌های کازئین، اندازه و عملکرد اختصاصی آن‌ها دارای اصلی‌ترین نقش در بین پروتئین‌های شیر می‌باشد. همچنین در کیفیت پنیر تولید شده و سرعت دلمه بستن و راندمان تبدیل شیر به پنیر اهمیت به‌سزایی دارد. هدف مطالعه حاضر بررسی چندشکلی در ناحیه اگزون چهار ژن CSN3 با استفاده از تکنیک PCR-RFLP  بود. بدین منظور از 75 راس بز (نژاد سانن، راینی و وحشی) خونگیری به‌عمل آمد و DNA ژنومی به‌کمک روش فنل-کلروفرم استخراج شد. واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز (PCR) جهت تکثیر ناحیه اگزون چهار جایگاه CSN3 به‌طول 645 جفت‌بازی با استفاده از یک جفت پرایمر اختصاصی انجام گرفت، محصولات PCR به‌وسیله ژل آگارز جدا شدند و مشخص شد که قطعه مورد نظر به‌خوبی تکثیر شده‌است. قطعه تکثیر شده با آنزیم HaeIII هضم شد و تعیین ژنوتیپ روی آگارز دو درصد انجام گرفت. نتاج بررسی‌های انجام شده بر روی نژادهای بز مورد مطالعه نشان دهنده تک‌شکل بودن جمعیت مورد بررسی برای ژن کاپاکازئین بود. عدم وجود چندشکلی احتمالا می‌تواند به‌دلیل عدم آمیزش با سایر نژادها، بسته بودن محیط پرورش و کوچک بودن تعداد نمونه‌های بررسی شده باشد، بنابراین مطالعات بعدی باید روی دام‌های بیشتری انجام شود و به سمت و سویی سوق داده شوند تا همبستگی قطعی بین ژنوتیپ‌های کاپاکازئین و خصوصیات مادری تعیین شود تا بتوان با وارد کردن اطلاعات نشانگرهای ملکولی در طرح‌های اصلاح نژادی، پاسخ به انتخاب را افزایش داد.}, keywords_fa = {بز چندشکلی ژن کاپاکازئین PCR-RFLP }, url = {http://mg.genetics.ir/article-1-37-en.html}, eprint = {http://mg.genetics.ir/article-1-37-en.pdf}, journal = {فصلنامه علمی ژنتیک نوین}, issn = {2008-4439}, eissn = {2008-4439}, year = {2019} } @article{ author = {Yousefmousavi, SM and MalekiZanjani, B and Bahari, A}, title = {Genetic analysis of F2 by using EST-SSR markers associated with Glutenin subunits in a cross between two wheat cultivars}, abstract ={Bread wheat (TriticumaestivumL.) is an important crop not only for its yield potential, but also for special physical properties of its grain storage proteins (gluten) which can be used to create diverse food products. Composition and quantity of these proteins, affect dough properties and glutenare containing glutenin and gliadin.Availability of genetic resources and awareness about genetic structure and inheritance of traits is necessary to breed cultivars as well as to create varieties with high yield. Simple sequence repeat (SSR) markers generated from expressed sequence tag (EST) sequences that were associated with the HMW- Glutenin and LMW-glutenin Subunits genes were used to investigate genetic diversity in 70 F2 plants in a cross between two bread wheat cultivars. More than 70% polymorph bands were obtained from 9 bands in EST-SSR molecular markers system. Also this markers were used to evaluation of mendelian diversity between F2 progenies. According to calculated χ2, disttrubution of EST-SSR bonds in F2 individuals with 95% probability were matched to Mendelian variation and it was expected that the proportion of 1: 2: 1was observed between the F2 progenies. Clustering the individuals lead to four clusters and F1 and both parents were in separate groups that show the outstanding potential of diversity for selection based on high bakery quality in progeny of investigated cultivars.}, Keywords = {bakery quality, glutenin,wheat and EST-SSR}, volume = {14}, Number = {1}, pages = {79-84}, publisher = {Genetics Society}, title_fa = {تعیین ژنوتیپ نسل 2F با نشانگرهای EST-SSR مرتبط با زیرواحدهای گلوتنین در یک تلاقی بین دو رقم گندم}, abstract_fa ={گندم نان به علت پتانسیل بالا و خصوصیات فیزیکی خاص پروتئین‌های ذخیره‌ای دانه که امکان تولید انواع محصولات غذایی را فراهم می‌کند، مورد توجه است. ترکیب کلیدی آندوسپرم شامل پروتئین‌های گلوتن است که ترکیبی از گلوتنین و گلیادین هستند و کیفیت نانوایی آرد گندم را تعیین می‌کند. دسترسی به منابع ژنتیکی و داشتن اطلاعاتی درباره‌ی ساختار ژنتیکی و نحوه‌ی توارث صفات برای تولید واریته‌هایی با عملکرد بالا ضروری می‌باشد. نشانگرهای EST-SSR مرتبط با ژن‌های HMW-گلوتنین و LMW-گلوتنین جهت تجزیه ژنتیکی و بررسی میزان تنوع ژنتیکی 70 گیاه نسل 2F حاصل از تلاقی دو واریته گندم نان (گلستان و خزر یک) مورد استفاده قرار گرفتند. از تعداد 9 باند حاصل از نشانگرهای EST-SSR، 7 باند چند شکل نشان دادند که بیش از 70 درصد پلی مورفیسم را شامل شد. هم‌چنین جهت ارزیابی تنوع مندلی بین نتاج 2F از این نشانگرها استفاده شد که طبقχ2  به‌دست آمده با احتمال 95 درصد تعداد افراد مشاهده شده و مورد انتظار تفاوت معنی‌داری با همدیگر نداشتند و در نسل 2F از لحاظ تعداد قطعات تکثیر شده تنوع مندلی با نسبت‌های 1:2:1 مشاهده شد و گروه‌بندی افراد با روش دوتایی افراد مورد بررسی را به چهار گروه تقسیم کرد که 1F و هر دو والدین در گروه‌های مجزا قرار گرفتند که پتانسیل بالای این تنوع برای انتخاب بر مبنای کیفیت برتر نانوایی در نتایج حاصل از ارقام مورد بررسی را نشان می‌دهد.}, keywords_fa = {کیفیت نانوایی گلوتنین گندم نان EST-SSR }, url = {http://mg.genetics.ir/article-1-38-en.html}, eprint = {http://mg.genetics.ir/article-1-38-en.pdf}, journal = {فصلنامه علمی ژنتیک نوین}, issn = {2008-4439}, eissn = {2008-4439}, year = {2019} } @article{ author = {AmiriGhanatsaman, Z and EsmailizadehKoshkoiyeh, A and AsadiFozi, M}, title = {Detection of deletions and insertions in genome of Iranian dogs and wolves with the method whole genome sequencing}, abstract ={Insertions and deletions (INDELs) are one of the main events contributing to genetic and phenotypic diversity, which have received less attention than SNPs and large structural variations. A total of 287.5 GB of data resulting from whole genome sequencing of six dog and wolf genomes with mean depth and coverage (percentage of mapping to genome reference) of 16X and 99.47, respectively, were analyzed to detect INDELs and assessment of their related functional groups, More than three million INDELs (1-73 bp) were detected. In this study, powerful algorithm (HaplotypeCaller) was used to increase precision and accuracy of detected INDELs. Most of the INDELs (95.179.9%) were smaller than 10bp. Results of INDELs annotation showed that the percentage of INDELs in exon and 3´ utr regions in dog genome was more than that in wolf genome, indicating that the domestication process has targeted the genomic variation in the exon and utr'3 regions.}, Keywords = {Domestication dog, functional groups, gene ontology, INDELs}, volume = {14}, Number = {1}, pages = {85-88}, publisher = {Genetics Society}, title_fa = {شناسایی ایندل‌ها در ژنوم سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی‌یابی کل ژنوم}, abstract_fa ={حذف و درج (ایندل) یکی از اجزای اصلی تنوع ژنتیکی و فنوتیپی است که نسبت به چند ریختی‌های تک نوکلئوتیدی و تنوع‌های ساختاری کمتر مورد توجه قرار گرفته است. به‌منظور شناسایی ایندل‌های موجود در ژنوم سگ و گرگ ایرانی و ارزیابی گروه‌های عملکردی مرتبط با آن‌ها، 5/287 گیگابایت داده حاصل از توالی‌یابی کل ژنوم شش قلاده سگ (دو سگ تازی از استان کردستان و یک سگ قهدریجانی از استان اصفهان) و گرگ (از استان‌های تهران، همدان و کرمان) با میانگین عمق پوشش X 16 و درصد همپوشانی 47/99 با ژنوم مرجع سگ آنالیز شد. در این تحقیق برای افزایش دقت و صحت ایندل‌‌‌های شناسایی شده، از الگوریتم قدرتمند شناسایی واریانت (HaplotypeCaller) استفاده شد. بیش از سه میلیون ایندل (باز 73-1) حاصل شد. اکثر ایندل‌ها (18/95 درصد) کوچک‌تر از 10 باز بودند. مقایسه نتایج مستند‌سازی ایندل‌های ژنوم در سگ و گرگ نشان داد که درصد ایندل‌های ژنوم در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه (RNA utr ʹ3) در سگ بیش‌تر از گرگ است. بنابراین فرآیند اهلی‌سازی احتمالاً سبب افزایش تنوع ژنتیکی در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه RNA (utrʹ3) شده‌است.}, keywords_fa = {اهلی‌سازی سگ ایندل ژن آنتولوژی گروه‌های عملکردی }, url = {http://mg.genetics.ir/article-1-39-en.html}, eprint = {http://mg.genetics.ir/article-1-39-en.pdf}, journal = {فصلنامه علمی ژنتیک نوین}, issn = {2008-4439}, eissn = {2008-4439}, year = {2019} }