OTHERS_CITABLE
مطالعه اثر مراحل نموی در شکلدهی جمعیتهای میکروبی در ریشهگاه گندم
همه گیاهان در انواع بافتهایشان تعداد زیادی ریزسازواره دارند که برروی بسیاری از اعمال میزبان خود موثر هستند. عمدهترین بخش حضور ریزسازوارهها منطقه ریشهگاه است که در مجاورت ریشه گیاهان قرار دارد. سازوارههای همراه ریشه نقش مهمی در ارتقا رشد و سلامت میزبان دارند. شناسایی ترکیب جمعیتی این ژنوم مکمل، در علوم کشاورزی بسیار مهم است، چرا که میتواند وابستگی کشت و زرع را به استفاده از کودهای شیمیایی مضرکمترکند. براساس روشهای مرسوم آزمایشگاهی شناسایی بخش عمدهای از این جمعیت همچنان ناشناخته باقیمانده است زیرا کمتر از یک درصد جمعیتهای باکتریایی محیطهای خشکی امکان ایزولهشدن در محیطهای کشت خالص را دارند. روشهای توالییابی نسل جدید امکان شناسایی جمعیتهای میکروبی موجود در اکوسیستمهای مختلف را بهصورت مستقل از کشت و از طریق تکنیکی با نام متاژنومیکس فراهم میکنند. در این مقاله شناسایی باکتریها منطقه ریشهگاه گندم در دو نقطه زمانی مرتبط با مراحل رشد رویشی و زایشی، در کشت دیم بدون تناوب، براساس توالییابی ژن16SrRNA انجام گرفت. براساس نتایج بهدست آمده، شاخههای باکتریایی پروتئوباکتریها، باکترویدتها، اکتینوباکتریها، سیانوباکتریها و جنسهای خاصی در این شاخهها الگوی توزیع متفاوتی را در این دو مرحله نشان دادند. نتایج نشان داد که گیاه میتواند مجموعه خاصی از باکتریها را متناسب با مرحله نموی خود برای انجام اعمال خاص مطلوب در آن مرحله، برگزیند که نقش مهمی در حفظ سلامت آنها دارد. ازآنجاییکه، شناخت ساختار جمعیتی باکتریهای همراه ریشه، پیشنیاز اصلی برای تعیین نقش تکتک افراد جمعیت است، متاژنومیکس میتواند پاسخهای مهمی را در ارتباط با این بخش بزرگ غیرقابلکشت فراهم کند.
http://mg.genetics.ir/article-1-54-fa.pdf
2019-10-01
181
188
ریزسازواره
ریشهگاه
توالییابی نسل جدید
متاژنومیکس
Effect of developmental stages on microbial community during in wheat rhizosphere
Plants have many microorganisms in their different tissues which have effects on the plant as a host in many ways. Rhizosphere that exist around the root is the most significant of era for microorganisms. Root associated bacteria are critical for plant growth and health. Understanding the combination and role of root microbiota is crucial toward agricultural practices that are less dependent on chemical fertilization, which has known negative effects on the environment and human health. It has been estimated based on common approach that less than 1% of the total microbial population in dry lands have been successfully isolated in pure culture. Next generation techniques provide the possibilities of these communities through culture independent methods by metagenomics. In this study the wheat rhizosphere bacteria in dry farming without rotation cultivation during vegetative and flowering stages were identified based on 16srRNA sequencing. Results showed different distributions of Proteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria, Cyanobacteria and also specific genera. Based on these results, plant choose specific collection of bacteria according to developmental stage that are suitable for plant health. Since the identification of bacteria communities are main prerequisites for detection of individual functions, metagenomics can provide important answers about these huge unculturable portion.
http://mg.genetics.ir/article-1-54-en.pdf
2019-10-01
181
188
Alternative Splicing
functions
plasticity
Biotic
Abiotic
Stress
N
Maleki Tabrizi
1
AUTHOR
AA
Shahnejat Bushehri
ashah@ut.ac.i
2
AUTHOR
Gh
Hosseini Salekdeh
3
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
شناسایی چندشکلیهای تکنوکلئوتیدی کنترلکننده شدت فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ، یک مطالعه همراهی در سطح ژنوم
در پژوهش حاضر، یک مطالعه همراهی در سطح ژنوم با هدف شناسایی نواحی ژنومیک کنترلکننده میزان فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ انجام شد. پرندگان تحت آزمایش از یک جمعیت F2 حاصل از تلاقی ضربدری لاین گوشتی آرین و سویه بومی مرغ آذربایجان غربی بهدست آمد و آنالیزهای مربوطه با استفاده از پانل 60 هزارتایی چندشکلی تک نوکلئوتیدی شرکت ایلومینا انجام گرفت. در این مطالعه، میزان فعالیت آنزیم لیزوزیم علیه باکتری میکروکوکوس لوتئوس بهعنوان شاخصی برای فعالیت ایمنی ذاتی مورد مطالعه قرار گرفت. آنالیز آماری بر اساس مدل رگرسیونی مختلط و ثابت شده با تصحیح اثرات ناشی از اریبهای سیستماتیک و اثرات ثابت جنس و هچ بود. اثرات چند آزمونی با اعمال سطح 10 درصد نرخ کشف کاذب در سطح ژنوم بهعنوان سطح معنیدار تصحیح شدند. نتایج این پژوهش ضمن تطابق با مطالعات پیشین، نشان داد که در هر دو مدل آماری سه نشانگر GGaluGA206187، rs16479594 و rs15204127 که بهترتیب بر روی کروموزومهای 3، 5 و 1 واقع شدهاند؛ همراهی معنیداری با فعالیت آنزیم لیزوزیم در مرغ دارند (1/0 > FDR). آنالیزهای بعدی غناء ژن در پایگاه داده DAVID نشان داد که ژنهای کاندید واقع در این نواحی از ژنوم، در نه مسیر بیوشیمیایی مؤثر بر عملکرد سیستم ایمنی نقش قابل توجهی دارند (1/0 > FDR). تنوع جایگاههای ژنتیکی مؤثر بر صفت یاد شده نشان میدهد که توارث این صفت بهصورت پلی ژنیک بوده و اصلاح نژاد برای این صفت میتواند در دراز مدت به بهبود ژنتیکی حیوانات تحت انتخاب برای این صفت منجر شود.
http://mg.genetics.ir/article-1-55-fa.pdf
2019-10-01
189
196
انتخاب ژنومیک
جوجههای گوشتی
سیستم ایمنی
مارکر ژنتیکی
مطالعه پویش ژنوم
Identification of single nucleotide polymorphisms underlying the strength of lysozyme activity in chicken, a genome-wide association study
Using the Illumina 60k SNP chip panel, a genome-wide association study was carried out in order to identify genomic regions underlying lysozyme activity in chicken. Data were collected from an F2 chicken population originated from reciprocal crosses between Arian broiler line and West Azerbaijan indigenous chicken strains. In this study, the lysozyme activity against Micrococus luteus bacteria, recorded as an indicator for innate immunity. Statistical analysis was based on fixed and mixed linear models to account for population stratifications and avoiding systematic biases generated from sex and hatch. Correction for multiple testing was done by applying a 10% genome-wise false discovery rates as significant threshold. Results showed that in both statistical models three markers of GGaluGA206187, rs16479594 and rs15204127, located on chromosomes 3, 5 and 1 respectively have significant associations with innate immunity in chicken (FDR<0/1). The finding are in agreement with previous published studies. Subsequent gene enrichment analysis in DAVID database underpin that candidate genes flanking these three regions of the genome have considerable roles in nine biochemical pathways with pivotal effects on the function of immune system.
http://mg.genetics.ir/article-1-55-en.pdf
2019-10-01
189
196
Broilers
Genomic selection
Genetic markers
Genome-wide association study
Immunity system
V
Raeesi
1
AUTHOR
A
Ehsani
alireza.ehsani@modares.ac.ir
2
AUTHOR
R
Vaez Torshizi
3
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
بررسی بیان ژنهای اینترفرونگاما، اینترلوکین-2 و اینترلوکین-13 در بافت تیموس جوجههای گوشتی تغذیه شده با سطوح مختلف میوهی بلوط
امروزه استفاده از خوراکهای بومی مانند میوهی بلوط در جیرهی غذایی جوجههای گوشتی بهمنظور جایگزینی با ذرت، مورد توجه پرورشدهندگان این صنعت قرار گرفته است. آرد میوهی بلوط حاوی مقادیر قابل توجهی از ترکیبات فنولی نظیر تاننها میباشد. مصرف مواد غذایی حاوی ترکیبات فنولی میتواند میزان بیان ژنهای سیستم ایمنی را تحت تاثیر قرار دهد. بنابراین، هدف از این پژوهش، بررسی اثر سطوح مختلف آرد میوهی بلوط روی بیان ژنهای اینترفرونگاما (IFN-γ)، اینترلوکین-2 (IL-2) و اینترلوکین-13 (IL-13) در بافت تیموس جوجههای گوشتی بود. در این آزمایش، از سه جیره (فاقد بلوط، جیره حاوی 15 درصد و جیره حاوی 20 درصد بلوط) برای تغذیه جوجههای گوشتی در طول دورهی 42 روزه استفاده شد. در سن 42 روزگی پرورش، RNA کل از بافت تیموس 18 جوجهی گوشتی (6 جوجه برای هر تیمار) استخراج و بیان ژنهای IL-2، IL-13 و IFN-γ بررسی و با ژن مرجع بتا اکتین مقایسه شد. برای آنالیز دادههای بیان ژن از نرمافزار REST, 2009, V2.0.13 استفاده شد. نتایج نشان داد که میزان بیان ژنهای IL-2 و IL-13 در تیمار 15 درصد میوهی بلوط نسبت به تیمار شاهد افزایش معنیداری داشت (05/0P<). در تیمار 20 درصد میوهی بلوط، هیچ تغییر معنیداری در میزان mRNA ژنهای IL-2 و IL-13 یافت نشد، در حالیکه بیان این دو ژن در مقایسه با تیمار 15 درصد میوهی بلوط بهطور معنیداری کمتر بود (05/0P<). با توجه به نتایج این پژوهش بهنظر میرسد که با مصرف میوهی بلوط در جیرهی جوجههای گوشتی در سطوح پایینتر، افزایش توان سیستم ایمنی در بافت تیموس قابل مشاهده است، اما افزایش مقدار میوهی بلوط میتواند منجر به سرکوب بیان ژنهای IL-2 و IL-13 در بافت تیموس جوجههای گوشتی شود.
http://mg.genetics.ir/article-1-56-fa.pdf
2019-10-01
197
203
اینترفرونگاما
اینترلوکینها
بیان ژن
جوجه گوشتی
سیستم ایمنی
Expression analysis of IFN-γ, IL-2 and IL-13 genes in Thymus tissue of broiler chickens fed with different levels of oak acorn
Today, the use of native feeds such as oak acorn, in order to replace with corn, in the diet of broiler chicken has been considered by the breeders of this industry. Oak acorn contains significant amounts of phenolic compounds such as tannins. Consumption of feeds containing phenolic compounds can affect the genes expression levels of immune system. Therefore, the aim of this study was to investigate the effects of different levels of oak acorn on expression of interferon gamma, interleukine-2 and interleukine-13 genes in thymus tissue of broiler chickens. In this experiment, three different diets (without oak, diet contains 15% and 20% oak acorn) used for feeding broiler chickens during the 42-day period. At 42 days of age, the total RNA was extracted from thymus tissue of 18 broiler chickens (6 chickens per treatment) and the expression of IL-2, IL-13 and IFN-γ genes was evaluated and compared with the beta-actin reference gene. REST, 2009, V2.0.13 software was used for analysis of gene expression data. The results showed that the expression levels of IL-2 and IL-13 genes were significantly higher in 15% oak acorn in compared to control treatment (P <0.05) but in 20% treatment oak acorn, no significant different was found in mRNA levels of IL-2 and IL-13, while expressions of two genes in compared to 15% oak acorn were significantly lower (P <0.05). According to the results of this study, it seems that consumption of oak acorn in broiler chicken diets at low levels can be observed to increase of the immune system ability in thymus tissue, but increasing the amount of oak acorn could led to suppress of expression IL-2 and IL-13 genes in thymus tissue of broiler chickens.
http://mg.genetics.ir/article-1-56-en.pdf
2019-10-01
197
203
Interferon gamma
Interleukins
Gene expression
Broiler chicken
Immune system
E
Nobakht
nc.nobakht0043@gmail.com
1
AUTHOR
M
Muhaghegh Dolatabadi
2
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
بررسی میزان تولید بنزیل ایزوکوئینولن آلکالوئیدها (BIA) در کشت سوسپانسیون سلولی گیاه Papaver bracteatum با استفاده ازتنظیمکننده-های رشد گیاهی
فیتوهورمونها و تنظیمکنندههای رشد گیاهی از فاکتورهای موثر در تولید متابولیتهای ثانویه هستند. گیاه Papaver bracteatum از تیره پاپاوراسه شامل آلکالوئیدهای تجاری ارزشمندی است. بنزیل ایزوکوئینولین آلکالوئیدها گروه بزرگ و متنوعی از محصولات طبیعی با خاصیتهای دارویی منحصر به فرد هستند که شامل بیش از 2500 ترکیب مشخص میباشند و بهطور عمده در پنج خانواده گیاهی از جمله Papaveraceae یافت میشوند. در این مطالعه اثر متیل جاسمونات (MJ) و فلوروگلیسنول (PG) در سه غلظت صفر، 100 و 200 میکرومولار و میلیگرم در لیتر به تنهایی و در ترکیب با یکدیگر روی تولید تبائین و سنگوئینارین در کشت سوسپانسیون سلولی خشخاش ایرانی مورد مطالعه قرار گرفت. افزودن هر دو الیسیتور بهطور معنیداری منجر به افزایش بازدهی تولید تبائین و سنگوئینارین در مقایسه با شاهد شد. تولید تبائین در بازهی زمانی 48 ساعت بعد از تیمار با uM 200 متیل جاسمونات و mg/L 100 فلوروگلیسینول، 63/68 برابر شاهد و بازده تولید سنگوئینارین در بازهی زمانی 48 ساعت بعد از تیمار با uM 200متیل جاسمونات و mg/L 200 فلوروگلیسینول 71/107 برابر شاهد شد. بهنظر میرسد این افزایش ناشی از همافزایی تاثیر الیسیتورهای بهکار رفته است. افزودن متیل جاسمونات و فلوروگلوسینول هرکدام به تنهایی نیز بهطور معنیداری باعث افزایش تبائین و سنگوئینارین نسبت به شاهد شدند. نتایج این پژوهش نشان داد که استفاده از تنظیمکنندههای رشد گیاهی میتواند چرخه بیوسنتز تولید و تجمع آلکالوئیدهای مورفینان در گیاهان را تحریک کند و منجر به دستیابی سطوح بالایی از آلکالوئید در مقایسه با شاهد شود.
http://mg.genetics.ir/article-1-57-fa.pdf
2019-10-01
205
213
متیل جاسمونات
فلوروگلیسینول
متابولیتهای ثانویه
بنزیل ایزوکوئینولین آلکالوئیدها
تنظیمکنندههای رشد گیاهی
Evaluation of Benzylisoquinoline Alkaloids (BIA) production in Papaver bracteatum cell suspension culture using plant growth regulators
Phytohormones and PGRs are influencing factors in the production of secondary metabolites. Papaverace family includes valuable alkaloids with commercial importance and Papaver bracteatum belongs to this family. Benzylisoquinoline alkaloids are a diverse group of more than 2500 specified natural compounds with medicinal effect which are found in 5 plant families including Papaveraceae. In vitro plant cell culture is a promising source for high rate secondary metabolites production. In this study, the effect of methyl jasmonate (MJ) and phloroglucinol (PG) in three different concentration, 0, 100 and 200 uM and mg/L, individually and in combination together, on the stimulation of thebaine and sanguinarine production in Papaver bracteatum cell suspension cultures was studied. Both elicitors significantly increased yields of thebaine and sanguinarine production compared to the control. Thebaine production 48 hours after elicitation with concentration of 200uM MJ and 100mg/L PG was about 68.63-fold and sanguinarine production at the same period with concentration of 200uM MJ and 200mg/L PG increased about 107.71-fold more than control. It seem that increases can due to synergic effects of used elicitors in this suspension cell culture. Adding MJ and PG, each one lonely, also increased yields of thebaine and sanguinarine. The results of this study showed that the use of PGRs can motivate biosynthetic cycle of the production and accumulation of morphinan alkaloids in plants and levels of this alkaloids can be eleveted comparing to control plants.
http://mg.genetics.ir/article-1-57-en.pdf
2019-10-01
205
213
elicitor
methyl jasmonate
plant growth regulators
phloroglucinol
secondary metabolites
T
Dastmalchi
1
AUTHOR
M
Omidi
momidi@ut.ac.ir
2
AUTHOR
R
Azizinezhad
3
AUTHOR
S
Rezazadeh
4
AUTHOR
A
Etminan
5
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
همسانهسازی و بیان توالی کد کننده ABRaAدر ﺑﺎﮐﺘﺮی اﺷﺮﺷﯿﺎﮐﻠﯽ
ابرین یک پروتئین گیاهی سمی از خانواده پروتئینهای بازدارندهی ریبوزومی و با ماهیت گلیکوپروتئینی است. این پروتئین شامل دو زنجیره متفاوت A وB است، زنجیره A با وزن 30 کیلو دالتون و با فعالیت ان- گلیکوزیدازی rRNA و زنجیره B با وزن حدود 35 کیلو دالتون و با خاصیت لکتینی که نقش آن تسهیل جذب زنجیره A به داخل سلول میزبان است. در این مطالعه، جداسازی توالی DNA کدکننده زنجیره A ابرین از گیاهAbrus precatorius با استفاده از تکنیکPCR انجام و در تی وکتور همسانهسازی شد. توالی حاصل بهطول bp 753 بهعنوان اولین توالی ژنومی زنجیره A ابرین با شماره دسترسی MF573784 در پایگاه GenBank NCBI ثبت شد. در ادامه ساختار مولکولی و ویژگیهای بیوشیمیایی آن مورد بررسی قرار گرفت. بررسی ساختارهای دوم و سوم توالی پروتئینی ABRaA با وزن مولکولی 07/28 کیلو دالتون، نشان داد که این پروتئین از نظر ساختاری مشابه با توالی پروتئینهای بازدارندهی ریبوزومی نوع II گیاهی میباشد. بیان پروتئین نوترکیب در سویه (DE3) BL21 انجام و صحت آن با استفاده از آزمون لکهگذاری وسترن بلات تائید شد.
http://mg.genetics.ir/article-1-58-fa.pdf
2019-10-01
215
223
ابرین
پروتئین نوترکیب
همسانه سازی
وسترن بلات
Cloning and expression of the sequence coding ABRaA in Escherichia coli.
Abrin is a plant-derived glycoprotein toxin composed of two polypeptide chains, A chain and B chain. The A-chain (molecular weight 30 kDa) as a N-glycosidase is able to catalyzes the deadenylation of the 28S rRNA and thereby inactivate ribosomes. On the other hand, B-chain (molecular weight 35 kDa) is responsible for binding to the target cell and internalization of A-chain. In this study, an abrin A-chain (ABRaA) DNA was isolated from Abrus precatorius by PCR technique and then cloned into a T-vector. This isolated sequence with 753 bp in length was registered to NCBI GenBank with the accession number MF573784, as the first report of A chain abrin DNA. In continue molecular structures and biochemicalcharacteristics of ABRaA were analyzed. The secondary and three dimensional analysis of the polypeptide structure with 28.07 kDa indicated that ABRaA is similar to the RIP-II family of plant proteins. The bacterial expression of ABRaA carried out in BL21 (DE3) strain and subsequently confirmed by Western blot.
http://mg.genetics.ir/article-1-58-en.pdf
2019-10-01
215
223
Abrin
cloning
recombinant protein
Western blot
F
Rafiei
1
AUTHOR
AA
Shah Nejat Boushehri
2
AUTHOR
H
Alizadeh
halizade@ut.ac.ir
3
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
ارزیابی مسیر بیوسنتزی پلیآمینها در نخود زراعی (Cicer arietinum L.) تحت تنش سرما
در بررسی نقش پلیآمینها (PAs) در پاسخ به تنش سرما (°C 4) در ژنوتیپ متحمل (Sel96th 11439) و حساس (ILC533) نخود (Cicer arietinum L.)، محتوی پوتریسین (Put)، اسپرمیدین (Spd)، اسپرمین (Spm)، پراکسید هیدروژن (H2O2) و بیان نسبی ژنهای مسیر بیوسنتز Put، آرژنین دکربوکسیلاز (ADC) و ارنیتین دکربوکسیلاز (ODC) مطالعه شد. در ژنوتیپ متحمل محتوی H2O2 پس از افزایش معنیدار در روز اول، در روز ششم تنش کاهش یافته (بیش از 7/4 درصد)، بهطوریکه تجمع آن در مقایسه با شرایط شاهد کمتر شد، در حالیکه تجمع آن در ژنوتیپ حساس در مقایسه با شرایط شاهد افزایش یافت (تا50 درصد). تحت تنش سرما به موازات کاهش خسارت سلولی (H2O2) محتوی هر سه نوع PAs بهویژه Put تحت تنش سرما در مقایسه با شرایط شاهد افزایش یافت (حداکثر تا 116 درصد)، در حالیکه در ژنوتیپ حساس در روز ششم تنش افزایش محتوی Put در مقایسه با ژنوتیپ متحمل کمتر بود (تا 14 درصد). بنابراین، بهنظر میرسد که Put بهعنوان محافظت کننده در پاسخ به تنش سرما در اثر خسارت القایی تنش تجمع مییابد. تحت تنش سرما به موازات افزایش میزان Put، محتوی Spd و Spm نیز در مقایسه با شرایط شاهد افزایش یافت (به ترتیب حداکثر تا 66 و 69 درصد) بهطوریکه افزایش آنها در ژنوتیپ متحمل بیشتر از ژنوتیپ حساس بود. تحت تنش سرما میزان بیان ژن ADC در مقایسه با شاهد در هر دو ژنوتیپ افزایش یافت (حداکثر تا بیش از 26 برابر) در حالیکه میزان بیان ژن ODC در هر دو ژنوتیپ در مقایسه با شاهد کاهش یافت (تا بیش از 2 برابر). نتایج نشان داد که تحت تیمارهای آزمایش افزایش بیوسنتز Put وابسته به بیان ژن ADC مسیری غالب در مقایسه با مسیر ODC در نخود است. احتمالا افزایش بیان نسبی ژن ADC با تولید Put باعث افزایش تحمل به تنش سرما میشود. بنابراین افزایش میزان پلیآمینها (PAs) بهویژه Put، که احتمالا با افزایش بیان ژن ADC سنتز میشود، در بهبود تحمل به تنش سرما نخود زراعی نقش مهمی ایفا میکند.
http://mg.genetics.ir/article-1-59-fa.pdf
2019-10-01
225
233
نخود
تنش سرما
پراکسید هیدروژن
پلیآمینها
Evaluation of polyamine biosynthetic pathway in chickpea plants under cold stress
Contribution of polyamines (PAs) in response to cold stress (4◦C) were studied in chickpea (Cicer arietinum L.) genotypes. The content of putrescine (Put), spermidine (Spd), Spermine (Spd), hydrogen peroxide (H2O2) and relative expression of Arginine decarboxylase (ADC) and ornithine decarboxylase (ODC) genes that involve in Put biosynthesis pathway were investigated in cold-tolerant (Sel96th 11439) and cold-sensitive (ILC533) genotypes. In the tolerant genotype, H2O2 accumulation was gradually decreased (up to 4.7%) from the first day to 6th day of cold stress treatment and its accumulation decreased while its accumulation in sensitive genotype increased up to 50% compared to the control. Under cold stress, as damage index (H2O2) was decresed, PA and Put content increased comparing to control conditions (up to 116%), while Put content in cold-sensitive genotype was lower compared to cold-tolerant genotype on the sixth day (up to 14%). Therefore, Put accumulates as an osmoprotectant in response to induced damage caused by cold stress. Under cold stress, increasing in Put content was accompanied by increasing of Spd and Spm comparing to control conditions (up to 66% and 69%) while, their increases in cold-tolerant genotype was more than cold-sensitive one. Also in both genotypes, under cold stress the transcript levels of ADC gene was increased up to 26-fold and the transcripts of ODC gene was increased up to 2-fold comparing to control conditions. These results showed that in chickpea under cold stress, increase of Put biosynthesis dependent on ADC pathway was dominant compared to ODC gene. Possibly increasing relative expression of the ADC gene with the production of Put improved cold tolerance mechanisim. Therefor, increasing PAs content particularly Put which is probably synthesized by the up-regulation of ADC gene, plays an important role in cold tolerance development in chickpea.
http://mg.genetics.ir/article-1-59-en.pdf
2019-10-01
225
233
Chickpea
Cold stress
Hydrogen peroxide
Polyamines
S
Amini
1
AUTHOR
R
Maali-Amiri
rmamiri@ut.ac.ir
2
AUTHOR
H
Zeinali
3
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
مقایسه صحت برآورد ارزشهای اصلاحی ژنومی صفات ایمنی با روشهای مختلف بیزی
هدف از این مطالعه ارزیابی صحت مکانیابی QTL و پیشبینیهای ژنومی سه صفت ایمنی شامل تعداد سلولهای B، CD4 و CD8 بر اساس دو روش آمای بیزی شامل بیز Cπ و لاسو و GBLUP بر روی ۱۰۹۴ موش هتروژنوس بود. دادههای ژنوتیپی متشکل از ۱۰۹۴ حیوان با ۱۲۲۲۶ جایگاههای چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNPs) بر روی ۱۹ کروموزوم اتوزومی بعد از کنترل کیفیت دادههای SNPs برای نرخ خوانش به ازای هر فرد و SNP و حداقل فراوانی آللی بودند. از هفت مدل آماری با در نظر گرفتن اثرات افزایشی و غالبیت نشانگرها و همچنین آثار پلیژنیک حیوان برای برآورد اثر SNPs و پیشبینی مؤلفههای واریانس استفاده شد. اثر SNPها با روش بنفرونی تصحیح شد و صحت برآورد ارزشهای اصلاحی ژنومی با روش cross-validation ارزیابی شدند. مکانیابی نهایی جایگاههای کنترل کننده صفات کمی با هفت مدل و سه روش آماری برای سه صفت تعداد سلولهای B، CD4 و CD8 به ترتیب ۱۰، ۶ و ۷ QTL را بر روی کروموزومهای ۱، ۳، ۵، ۷، ۸، ۹، ۱۲، ۱۴، ۱۶، ۱۷ و ۱۸ نشان داد. نتایج این مطالعه نشان داد که افزودن آثار افزایشی و غالبیت نشانگرها به همراه اثر پلیژنیک حیوان منجر به افزایش صحت پیشبینی میشود. همچنین، روش آماری نیز یکی از عاملهای مؤثر در صحت پیشبینیهای ژنومیک هستند. بالاترین پیشبینی ژنومیک برای تمام صفات مربوط به مدل ۷ و روش بیز لاسو بود. تفاوت بین روشهای آماری مربوط به پسزمینه ژنتیکی و همچنین فرضیاتی است که برای میزان تنوع آثار نشانگرها در نظر گرفته میشود.
http://mg.genetics.ir/article-1-60-fa.pdf
2019-10-01
235
246
آثار غالبیت
پیشبینی ژنومی
روشهای آماری
صفات ایمنی
مکانیابی
Comparision of accuracy of genomic breeding values for immunity characters by different Baysian approaches
The aim of this study was to assess the accuracy of QTL mapping and genomic predictions for three immunity traits including B cell, CD4 and CD8 based on two Bayesian statistical methods such as Cπ, LASSO and GBLUP in 1094 heterogeneous mice. Genotype data set was composed of 1094 individuals with 12226 polymorphic loci (SNPs) on 19 autosomal chromosomes, after the quality control filtering of all genotyped SNPs data, for call rate per individual and per SNP and minimum all frequency. The seven statistical model to exploring of additive and dominance effects of SNPs as well as polygenic effect of animal was used to estimate SNPs effect and variance components. SNPs effect was corrected with Bonferoni methods and accuracy of genomic breeding values for all of traits were evaluated using cross-validation. Final QTL mapping with seven model and three statistical methods showed that 10, 6 and 7 on 1, 3, 5, 7, 8, 9, 12, 14, 16, 17 and 18 chromosomes for B cell, CD4 and CD8 traits, respectively. The results of this study showed that by added to additive and dominant effects of markers with the animal's polygenic effect, the accuracy of genomic predictions is increased. Also, statistical methods were used a factor affecting the accuracy of the genomic pridictions. The highest accuracy of genomic predictions for all of traits was related to seven model and Bayesian LASSO. The difference between these statistical methods was related to the background of genetic architecture, as well as assumptions that are considered for the variance of marker effects.
http://mg.genetics.ir/article-1-60-en.pdf
2019-10-01
235
246
Dominace effects
Genomic pridiction
Statistical methods
Immunity traits
Quantitative trait loci
B
Asghari
1
AUTHOR
Gh
Dashab
dashab@uoz.ac.ir
2
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
بررسی بیان ژنهای کلیدی در مسیر تولید گلیکوزیدهای استویول در گیاه Stevia rebaudiana تحت الیسیتورهای زیستی و غیر زیستی
الیسیتورها ترکیباتی با منشا زیستی و یا غیر زیستی هستند که از طریق القای پاسخهای دفاعی باعث بیوسنتز و انباشت متابولیتهای ثانویه میشوند. در این پژوهش اثر الیسیتورهای کیتوزان، عصاره مخمر و متیل جاسمونات بر بیان ژنهای KO، UGT85C2، UGT74G1 و UGT76G1 در مسیر تولید گلیکوزیدهای استویول در گیاه Stevia rebaudiana مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور گیاه استویا تحت الیسیتورهای مذکور با غلظتهای 20، 40 و 80 میلیگرم بر لیتر تیمار شدند و بعد از یک ماه برداشت از برگهای انتهایی انجام گرفت. نتایج حاصل نشان داد که کیتوزان در غلظت 20 (میلیگرم بر لیتر) باعث افزایش معنیدار بیان ژنهای UGT85C2 و UGT76G1 نسبت به تیمار شاهد (16 و 5 درصد) شد. همچنین غلظت 40 کیتوزان نیز باعث افزایش معنیدار (14 درصد) بیان ژن UGT85C2 شد. تیمار متیل جاسمونات 20 باعث بیشترین میزان بیان ژن KO شد که به نسبت تیمار شاهد 13 درصد افزایش داشت. همچنین بیان ژن UGT85C2 تحت غلظت 20 متیل جاسمونات نیز افزایش معنیداری نشان داد. طبق نتایج مشخص شد که افزایش غلظت الیسیتورهای کیتوزان و متیل جاسمونات (80 میلیگرم بر لیتر) بر بیان ژنهای مسیر گلیکوزیدهای استویول اثر منفی داشته و باعث کاهش بیان ژن شدند. عصاره مخمر در غلظت 40 باعث افزایش معنیدار بیان ژنهای UGT85C2 و UGT76G1 شد که به نسبت تیمار شاهد بهترتیب 11 و 5 درصد افزایش بیان نشان دادند. بهنظر میرسد که غلظت 40 نسبت به غلظتهای 20 و 80 عصاره مخمر تأثیر بهتری در افزایش بیان داشته است. بنابراین با توجه به نتایج بهدست آمده در این تحقیق، میتوان نتیجه گرفت که الیسیتورهای کیتوزان و متیل جاسمونات در غلظتهای پایین و عصاره مخمر در غلظت متوسط، میتوانند از طریق تحریک بیان ژنهای درگیر در مسیر تولید گلیکوزیدهای استویول و افزایش میزان ترکیبات شیمیایی در تولید متابولیتهای ثانویه گیاه استویا تأثیر گذار باشند.
http://mg.genetics.ir/article-1-61-fa.pdf
2019-10-01
247
257
استویا
الیسیتور
بیان ژن
کیتوزان
متیل جاسمونات
گلیکوزیدهای استویول
Expression analysis of genes involed in steviol glycosides biosynthesis pathway in Stevia rebaudiana Bertoni under biotic and abiotic elicitors
The elicitors are biotic and abiotic compounds that by stimulation of defensive responses causes biosynthesis and accumulation of secondary metabolites. In this research, the expression of KO, UGT85C2, UGT74G1 and UGT76G1 genes involve in production pathway of steviol glycosides in the Stevia rebaudiana were investigated under chitosan, yeast extract and methyl jasmonate as elicitors. For this purpose, the stevia plants were treated by the elicitors in 3 concentrations of 20, 40 and 80 mg/L and then apical leaves were harvested after one month. The results showed that chitosan in the concentration of 20 (mg/L) significantly increased the expression of UGT85C2 and UGT76G1 genes compared to control plants (16 and 5%). Plus, Chitosan in the concentration of 40mg/l significantly increased the expression of UGT85C2 gene (14%). Methyl jasmonate 20mg/l caused the highest expression of KO gene, which increased by 13% in comparison with control plant. Also, the expression of UGT85C2 gene under the concentration of 20 methyl jasmonate showed a significant increase. According to the results, it was found that increasing the concentrations of chitosan and methyl jasmonate had a negative effect on gene expression profiles of steviol glycosides. Yeast extract in the concentration of 40mg/l significantly increased the expression of UGT85C2 and UGT76G1 genes, which showed 11 and 5% increase in expression, respectively. It was specified that concentration of 40mg/l compared to concentrations of 20 and 80mg/l of yeast extract had a better effect on gene expression enhancement. Hence, according to the results, it can be concluded that chitosan and methyl jasmonate at low concentrations and yeast extract in a moderate concentration can stimulate of the gene expression profiles that involved in the production of steviol glycosides, so increasing the amount of chemical compounds can be effective in the production of secondary metabolites in s. rebaudiana.
http://mg.genetics.ir/article-1-61-en.pdf
2019-10-01
247
257
Chitosan
Elicitor
Gene expression
Methyl jasmonate
Stevia rebaudiana
Steviol glycoside
D
Rasouli
diakorasouli@znu.ac.ir
1
AUTHOR
B
Maleki
2
AUTHOR
H
Jafary
3
AUTHOR
A
Bahari
4
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
مکانیابی QTLهای کنترل کننده صفات فنولوژیک در گندم نان
بهمنظور مکانیابی QTLهای اصلی و اپیستاتیک و اثر متقابل آنها با محیط برای صفات فنولوژیک، 148 اینبرد لاین نوترکیب گندم همراه با والدین‘YecoraRojo’ و ‘No. 49در دو ایستگاه تحقیقات کشاورزی میاندوآب و مهاباد در شرایط نرمال و تنش کمآبی انتهای فصل طی دو سال زراعی 1393 و 1394 مورد ارزیابی قرار گرفتند. نقشه پیوستگی مورد استفاده شامل 177 نشانگر ریز ماهواره و 51 نشانگر رتروترانسپوزون بود. نتایج تجزیه واریانس نشان داد بین ژنوتیپهای مورد بررسی از لحاظ کلیه صفات اندازهگیری شده اختلاف معنیدار وجود داشت. تجزیه QTL بر اساس روش مکانیابی فاصلهای مرکب نشان داد در شرایط نرمال رطوبتی دو QTL، دو اثر متقابل QTL ´ محیط، 14 اثر اپیستازی QTL× QTL و 10 اثر متقابل × QTL محیط مشاهده شد. دامنه توجیه تغییرات فنوتیپی برای QTLها در محدوده 6/2 برای طول دوره پر شدن دانه تا 14/7 درصد برای روز تا رسیدگی متغیر بود. در شرایط تنش کمآبی 6 QTL، دو اثر متقابلQTL × محیط، 9 اپیستازی QTL× QTL و 2 اثر QTL× QTL در محیط مکانیابی شد که دامنه تبیین تغییرات فنوتیپی برای QTLهای افزایشی بین 46/4 تا 44/12 درصد بهترتیب برای طول دوره پرشدن دانه و روز تا سنبلهدهی قرار داشت. همچنین، برای روز تا سنبلهدهی و روز تا رسیدگی فیزیولوژیک QTLهایی بر روی کروموزومهای 2A، 3A، 5A و 2B مکانیابی شدند که با ژنهای مرتبط با بهارهسازی (VRN) و ژنهای حساسیت به دوره نوری (Ppd) در گندم روی کروموزومهای مشابهی قرار داشتند.
http://mg.genetics.ir/article-1-62-fa.pdf
2019-10-01
259
272
تنش کمآبی
صفات فنولوژیک
نشانگرهای ریز ماهواره
رتروترانسپوزون
Mapping main and epistatic effects and environmental interactions of QTLs for Phenological traits in normal and water deficit conditions in wheat
In order to Mapping main and epistatic effects and environmental interactions of QTLs for Phenological traits in normal and water deficit conditions in wheat, a recombinant inbred lines population, comprising 148 lines derived from a cross between two winter wheat cultivars, ‘YecoraRojo’ and ‘No. 49’, was evaluated in two location in Miandoab and Mahabad during 2014-2016. A linkage map including 177 microsatellites and 51 retrotransposons markers. Analysis of variance results showed that there was a significant difference between genotypes for all studied traits. QTL analysis based on composite interval mapping (CIM) showed in normal moisture conditions 2 QTL, 2 QTL × environments interactions, 14 additive × additive epistasis effects and 10 QTL × QTL× environment effects were significant. Phenotypic variance explained by main QTL varied from 2.6% to 7.14% for grain filling period and days to heading. In water deficit condition, 6 QTLs, 2 QTL × environments interactions,9 additive × additive inactions and 2 QTL × QTL × environment interactions effects were found, The highest and lowest explained phenotypic variation belonged to photosynthetic for grain filling period and days to heading with R2 value of 4.46 and 12.44 respectively. Also for days to heading and days to physiological maturity QTLs was detected on chromosomes 2A, 3A, 5A and 2B which coincided with Vernalization-related genes (VRN) and genes sensitive to photoperiod (Ppd) chromosomes in wheat.
http://mg.genetics.ir/article-1-62-en.pdf
2019-10-01
259
272
Water deficit
phonological traits
retrotransposons markers
H
Hamza
1
AUTHOR
A
Asghari
2
AUTHOR
SA
Mohammadi
3
AUTHOR
O
Sofalian
4
AUTHOR
S
Mohammadi
5
AUTHOR
M
Nouraein
6
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
مطالعه ژنهای آنالوگ مقاومت به بیماری متعلق به خانواده NBS-LRR در کولتیوارهای مختلف بادام (Prunus dulcis) ایران
بادام با نام علمی Prunus dulcis یکی از قدیمیترین درختان میوه است که امروزه یکی از بیشترین تولیدات میوه خشکباری جهان را به خود اختصاص داده است. در حال حاضر استراتژی کارآمد برای کنترل بیماریهای مختلف استفاده از گیاهان مقاوم میباشد. گیاهان مکانیسمهای مختلفی را برای دفاع در مقابل بیمارگرها به کار میبرند. این مکانیسمها با ژنهای مقاومت گیاه (R genes) فعال میشوند. در این مطالعه ژنهای آنالوگ مقاومت متعلق به خانواده NBS-LRR در کولتیوارهای بادام ایران بررسی شدند. به این منظور حدود بیست کولتیوار مختلف بادام موجود در کلکسیونهای ایران تهیه و DNA آنها با روش CTAB استخراج شد. آغازگرهای دجنریت برای تکثیر ژنهای آنالوگ مقاومت طراحی شد. در مجموع 90 قطعه چند شکل حاصل شد که قطعات چندشکلی از روی ژل آکریل آمید جداسازی و پس از همسانهسازی در وکتورpGEM، توالی یابی شدند. نتایج نشان داد که در آنالوگهای ژنهای مقاومت خانواده NBS-LRR بین کولتیوارهای مختلف بادام تنوع زیادی وجود دارد. نتایج توالییابی آنالوگهای تکثیرشده، نشان داد که 55 درصد آنها با ژنهای مقاومت شناخته شده یا پروتئینهای مقاومت به بیماری شباهت داشتند و 45 درصد آنها آنالوگهای جدید بوده که تاییدی بر انجام مطالعات جامعتر جهت شناسایی منابع مقاومت جدید به بیماریها در کولتیوارهای بادام ایرانی است. توالیهای شناخته شده عمدتاً با پروتئینهای مقاومت به نماتد شباهت داشتند. از نظر فیلوژنی توالی آنالوگ ژنهای مقاومت در کولتیوارهای بادام ایران در هشت شاخهی مجزا قرا گرفتند که از آنها میتوان در مکانیابی ژنهای مقاومت منفرد و تعیین مکانهای کمی مقاومت به بیماریها در بادام استفاده نمود.
http://mg.genetics.ir/article-1-63-fa.pdf
2019-10-01
273
280
بادام
Prunus dulcis
مقاومت به بیماری
NBS-LRR
Study of resistance gene analoguses related to NBS-LRR famiily in different almonds cultivars
Almond (Prunus dulcis) as a fruit trees has one of the highest production among nut products. At the moment, the use of resistant cultivars is one of the main strategies to control and manage plants diseases. Plants use different defense mechanisms against pathogens. These mechanisms are activated by R genes. In this study resistance gene (R-gene) analogues have been studied in different Iranian almonds cultivars. In this study, 20 different Iranian almonds cultivars have been collected from almond collection and DNA was extracted using CTAB method. Four set of degenerate primers from conserved NBS (nucleotide binding site) motifs were selected. Totally, 90 resistance-gene analogues were isolated and sequenced. The results of this study shows the NBS-LRR resistance gene analogues family possessed variation between different almond cultivars that 55% of them were similar to known disease resistance genes or proteins and 45% of them were new analogues, what proof the nessesory of comprehensive studies to identify new sources of resistance to diseases in Iranian almond cultivars. Sequences of linked proteins mainly were similar to resistance gene analogues (RGA) related to root knot nematode. Phylogenetic analysis showed that differenant resistance genes analogues of almonds cultivars in Iran distribiuted in 8 main groups. From our results, we concluded that some of RGA in this study are new and could be used in resistance genes mapping in future research.
http://mg.genetics.ir/article-1-63-en.pdf
2019-10-01
273
280
Almonds
Prunus dulcis
Resistance to pathogen
NBS-LRR
N
Maleki Barmi
1
AUTHOR
M
Ghayeb Zamharir
Zamharir2005@yahoo.com
2
AUTHOR
AM
Naji
3
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
نقشهیابی مکانهای ژنی صفات کیفیت نانوایی گندم نان تحت تنش خشکی
یکی از روشهای نوین مورد استفاده در برنامههای اصلاحی در گیاهان شناسایی مکانهای صفت کمی (QTL) در ژنوم بهکمک نشانگرهای مولکولی است. بهمنظور شناسایی QTL برای صفات کیفیت نانوایی نظیر محتوای پروتئین، حجم رسوب زلنی، حجم نان، حجم رسوب SDS، میزان جذب آب، درصد رطوبت، شاخص گلوتن، الاستیسیته گلوتن، گلوتن مرطوب، شاخص سختی دانه و وزن هزار دانه در گندم نان، یک جمعیت ژنتیکی متشکل از 169 لاین اینبرد نوترکیب (RIL) حاصل از تلاقی SeriM82 و Babax در رابطه با صفات فوق مورد ارزیابی قرار گرفت. برای شناسایی QTL از نقشه پیوستگی که با استفاده از 249 نشانگر AFLP، 264 نشانگر DarT و 74 نشانگر SSR تهیه شده بود و شامل 29 گروه لینکاژی بود، استفاده شد. در مجموع سی QTL برای صفات مورد مطالعه در شرایط نرمال و تنش بهدست آمد که سه QTL برای محتوای پروتئین، شش QTL جهت گلوتن مرطوب، دو QTL مربوط به حجم نان، دو QTL جهت حجم رسوب زلنی، شش QTL جهت وزن هزار دانه و سه QTL مربوط به شاخص گلوتن شناسایی شد؛ و واریانس فنوتیپی توجیه شده بهوسیله این QTLهای شناسایی شده بین 05/0 تا 47/21 درصد متغیر بود و LOD در دامنه 50/2 – 08/6 قرار داشت. QTLهای شناسایی شده بعد از اعتبارسنجی میتوانند در برنامههای اصلاحی و گزینش بهکمک نشانگر مورداستفاده قرار گیرند.
http://mg.genetics.ir/article-1-64-fa.pdf
2019-10-01
281
292
واریانس فنوتیپی
صفات کمی
QTL
کیفیت نانوایی
گندم نان
Linkage mapping of Bread Wheat Quality Characteristics in Bread Wheat under Drought Stress
One of the new methods used in breeding programs in plants is the identification of QTLs in the genome using molecular markers. In order to identify QTL for Bread quality traits such as protein content, Zeleny sedimentation volume, bread volume, SDS sedimentation volume, water absorption, moisture content, gluten index, gluten elasity, wet gluten, grain hardness index and 1000 grain weight in bread wheat, one Genetic population of 169 recombinant inbred lines (RIL) from crosses SeriM82 and Babax in relation to the above traits was evaluated. To identify the QTL, a continuity map was developed using 249 AFLP markers, 264 DarT markers, and 74 SSR markers including 29 linkage groups. Totally 30 QTL were detected for studied traits under drought and normal conditions which 3 QTLs for protein content, 6 QTLs for wet gluten, 2 QTL for bread volume, 2 QTLs for Zeleny sedimentation volume, 6 QTLs for 1000 seed weight and 3 QTLs for gluten indexThe justified phenotypic variance with these QTLs varied from 0.05 to 21.41 percent, and the LOD was in the range of 2.50 to 6.0.08. QTLs identified after validation can be used in correction and selection programs using markers.
http://mg.genetics.ir/article-1-64-en.pdf
2019-10-01
281
292
Phenotypic variance
Quantitative traits
QTL
Bread quality
Bread wheat
SMT
Tabatabai
1
AUTHOR
M
Solouki
mahmoodsolouki@gmail.com
2
AUTHOR
B
Fakhery
3
AUTHOR
M
Ismail-Zadeh Moghadam
4
AUTHOR
N
Mehdinezhad
5
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
تشخیص مشاهدهای ویروس X سیبزمینی در آزمون IC-RT-LAMP با استفاده از رنگ HNB
سیبزمینی بهوسیله ویروسهای مختلفی آلوده میشود که میتوانند عملکرد را کاهش دهند، ویروس X سیبزمینی (PVX) به لحاظ اقتصادی یکی از ویروسهای مهم این محصول است. روشهای متعددی شامل آزمونهای سرولوژیکی و مولکولی جهت تشخیص این ویروس وجود دارند، اما این روشها زمانبر بوده و نیازمند ابزارهای پیچیدهای هستند. هدف از این پژوهش، کاهش زمان مورد نیاز جهت تشخیص PVX با استفاده از روش IC-RT-LAMP بود. نمونههای برگی (50 نمونه) با علایم مشابه به ویروس X سیبزمینی از سطح استان کردستان جمعآوری و برای آزمون سرولوژیکی (DAS-ELISA) بهکارگرفته شدند. واکنش IC-RT-LAMP بهصورت یک مرحلهای (بدون نیاز به استخراج RNA)، تحت شرایط همدما انجام شد و نتایج بهوسیله الکتروفورز بر روی ژل آگارز و رنگ هیدروکسینفتولبلو (HNB) ارزیابی شد. نتیجه مثبت استفاده از رنگ HNB تغییر رنگ مخلوط واکنش از بنفش به آبی آسمانی بود. از مزایای روش IC-RT-LAMP در مقایسه با سایر روشهای پیشین میتوان به اختصاصیت بالا، حساسیت بالا، سرعت بالا، کارآیی بالا، ایمنی، سهولت، عدم نیاز به تجهیزات پر هزینه جهت تکثیر، عدم نیاز به استخراج RNA، عدم نیاز به کارهای تشخیصی بعد از تکثیر، تشخیص مشاهدهای و کاربر دوستی آن اشاره کرد.
http://mg.genetics.ir/article-1-65-fa.pdf
2019-10-01
293
299
الایزا
IC-RT-LAMP
رنگ HNB
ویروس X سیبزمینی
Visual detection of Potato Virus X in IC-RT-LAMP assay by using HNB dye
Potato can be contaminated by many different viruses that can reduce yield . Potato virus X (PVX) is one of the most economically important viruses of this product. There are several techniques to detect PVX including serological and molecular assays but these methods are time consuming and requiring using complicated tools. The aim of this study was to reduce the time required to detect PVX, using IC-RT-LAMP technique. Fifty leaf samples with symptoms similar to PVX were collected from Kurdestan province and were subjected to a serological (DAS-ELISA) test. One-step IC-RT-LAMP reaction was carried out under isothermal conditions (without RNA extraction) and results were evaluated by agarose gel electrophoresis and hydroxynaphthol blue (HNB) dye. A positive result using the HNB dye was a color change in master-mix from the violet to sky blue. The advantages of IC-RT-LAMP method in compare to other methods are the high specificity, high sensitivity, high rapidity, high efficiency, safety, high efficiency, no expensive tools for amplification, no RNA extraction, no post-amplification treatment of the amplicons, visual detection and user friendly.
http://mg.genetics.ir/article-1-65-en.pdf
2019-10-01
293
299
ELISA
IC-RT-LAMP
HNB dye
Potato virus X
M
Amin Almasi
aminalmasi66@gmail.com
1
AUTHOR
A
Moradi
2
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
معرفی یک دستگاه کاربردی برای تخلیص ژن از ژل آگارز: خالصسازی و همسانهسازی ژن HMGR از جنسینگ آمریکایی
بهمنظور همسانهسازی ژن، ابتدا باید ژن موردنظر از سایر آلودگیها (پروتئین، باندهای غیرتخصصی و پرایمردایمرها و ...) جدا شود. خالصسازی ژن موردنظر از سایر آلودگیهای با روشهای شیمیایی و فیزیکی مختلفی قابل انجام است. در این پژوهش برای اولین بار، ژن هدف موجود در بافر TAE.1X با استفاده از یک روش فیزیکی با کمک میدان الکتریکی جداسازی شد. ژن PqHMGR (FJ755158.1) با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحیشده از توالیهای cDNA گیاه جنسینگ (Panax quinquefolius) توسط واکنش زنجیرهای پلیمراز تکثیر شد. الحاق ژن خالصسازیشده به پلاسمید حامل PTG-19 و همسانهسازی آن در باکتری E.coli سویه DH5α با موفقیت انجام شد. در نهایت ژن PqHMGR توسط دستگاه و روش معرفی شده بهخوبی خالصسازی و همسانهسازی شد و پلاسمید نوترکیب، بهمنظور تائید موفق بودن همسانهسازی توالییابی شد.
http://mg.genetics.ir/article-1-66-fa.pdf
2019-10-01
301
306
ژل آگارز
خالصسازی ژن از ژل
PqHMGR
Introduction of an applied device for DNA purification from Agarose gel: purification and cloning of HMGR gene from American ginseng plant
In order to gene cloning, at first desired gene should separate from other contaminants (proteins, primer-dimer bands unskilled, etc.). Various physical and chemical methods were used for purification of target gene from other contaminates; Here we have applied a new physical methods for purification of gen from agarose gel under an electric field containing TAE.1X fluid. We isolated PqHMGR form Panax quinquefoliusby using specific primers based on cDNA sequences. Ligation of isolated gene tovector and its cloning was done through E.coli (DH5α). Finally, PqHMGR gene was purified by the foresaid device and after cloning in desired vector, extracted plasmid were sequenced for confirmation of gene purification and cloning. Our resultd showed accuracy of this device in gene purification.
http://mg.genetics.ir/article-1-66-en.pdf
2019-10-01
301
306
Agarose gel
gene purification from gel
PqHMGR
K
Saaed Mocheshi
1
AUTHOR
A
Izadi Darbandi
aizady@ut.ac.ir
2
AUTHOR
N
Saaed Mocheshi
3
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیبهای گندم نان ایرانی و خارجی با استفاده از نشانگرهای SSR
گندم از جمله قدیمیترین و مهمترین گیاهان زراعی مورد استفاده انسان است. بهطور حتم موفقیت در برنامه اصلاحی در گرو میزان تنوع ژنتیکی است. روشهایی مختلفی برای تخمین تنوع ژنتیکی مورد استفاده قرار میگیرد. از جمله آنها میتوان ثبت شجره، خصوصیات مورفولوژیکی و نشانگرهای مولکولی را نام برد. هدف از این پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی 35 ژنوتیپ گندم نان بر اساس نشانگرهای ریزماهواره بود. برای این منظور از 15 جفت آغازگر ریزماهواره استفاده شد. تعداد آللهای مشاهده شده توسط 13 نشانگر مورد استفاده بین دو تا 11 بود که بیشترین تعداد آلل مربوط به نشانگر 5D–Xgwm190 و کمترین تعداد آلل مربوط به نشانگر Xcn13-6B بود. میانگین کل آللهای مشاهده شده در مجموع مکانهای ژنی 84/6 بهدست آمد. آغازگرهای WMC420 و BARC328 باند قابل امتیازدهی تکثیر نکردند. محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) از 11/0 تا ۳۸۵ با میانگین 22/0 متغیر بود. میزان تنوع ژنی مشاهده شده برای مکانهای ژنی از 107/0 تا ۳۵۷ با میانگین 214/0 بهدست آمد. بر اساس ضرایب تشابه بهدست آمده، ارزشهای تشابه دامنهای از 90/0 تا 98/0 درصد را نشان دادند. بیشترین تشابه ژنتیکی بین ژنوتیپهای ترکیه و ایران و کمترین آن بین ژنوتیپهای عراق و افغانستان مشاهده شد. بر اساس نتایج حاصل، بالاترین ضریب کوفنتیک (73/0 =r) مربوط به زمانی بود که از روش جاکارد برای تشکیل ماتریس تشابه و از الگوریتم UPGMA برای ترسیم نمودار درختی استفاده شد. بنابراین نمودار درختی حاصل از این روش ملاک دستهبندی قرار گرفت. تجزیه خوشهای ژنوتیپها را در چهار گروه طبقهبندی کرد.
http://mg.genetics.ir/article-1-67-fa.pdf
2019-10-01
307
311
تنوع ژنتیکی
ضریب تشابه
محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC)
نشانگر ریزماهواره
Evaluation of Genetic diversity in Iranian and Exotic wheat genotypes using SSR markers
Wheat is one of the oldest cultivated and the most important crop plant that has been used by humans. Success of any breeding program depends on the amount of genetic diversity. There are several methods to estimate genetic diversity such as pedigree, pattern morphological traits and molecular markers. This study was conducted to study genetic diversity among 35 bread wheat genotypes using SSR markers. Fifteen SSR primer pairs were used to explore the genetic diversity of the diverse population of bread wheat. The number of alleles observed by the fifteen markers were ranged from two to 11. The marker Xgwm190-5D had the highest number of alleles and the lowest number of alleles was associated with the markers Xcn13-6B. Average of observed alleles in the total of loci was 6/84. Wmc420 and BARC328 band amplification primers were not scored. Polymorphism information content (PIC) varied from 0.11 to 0.385 with an average of 0.22. The genetic diversity observed for the loci ranged from 0.107 to 0.357 with an average of 0.214. Based on similarity coefficients obtained from 0/90 to 0/98 percent showed similar values. The highest genetic similarity was found between genotypes from Turkey and Iran, and the lowest was observed between genotypes from Iraq and Afghanistan. Based on the results, the highest Cophenetic coefficient (r= 0/73) was observed when the Jacard method and UPGMA algorithm were used to create similarity matrix and to draw the dendrogram, respectively. Therefore, the dendrogram resulted of this method was considered for clustering. Cluster delineating the genotypes into four groups.
http://mg.genetics.ir/article-1-67-en.pdf
2019-10-01
307
311
Genetic diversity
Microsatellite marker
Polymorphism information content (PIC)
Similarity coefficient
H
Kafi
1
AUTHOR
S
Navabpour
s.navabpour@gau.ac.ir
2
AUTHOR
Kh
Zaynali Nezhad
3
AUTHOR
MH
Pahlavani
4
AUTHOR
OTHERS_CITABLE
بررسی تنوع ژنتیکی جمعیتهای مختلف تربچه با استفاده از نشانگرهای رتروترانسپوزونی ریزماهواره
بهمنظور بررسی تنوع ژنتیکی گیاه دارویی تربچه از 36 آغازگر REMAP استفاده شد. آغازگرهای UBC825-Ltr2، UBC815-Ltr1 و UBC815-Ltr20 با 6 آلل کمترین و آغازگر UBC848-Ltr3 با 17 آلل بیشترین و میانگین تعداد آلل در کل جایگاهها برابر 04/10 بود. بیشترین میزان شاخص چندشکلی (41/0) مربوط به آغازگر UBC848-Ltr2 و کمترین میزان شاخص (24/0) مربوط به آغازگر UBC818-Ltr15 بود. بیشترین میزان شاخص مارکری (69/34) مربوط به آغازگر UBC848-Ltr2 و کمترین میزان شاخص مارکری (36/20) مربوط به آغازگر UBC857-Ltr1 بود. بیشترین میزان تعداد الل مؤثره، شاخص تنوع شانون و شاخص تنوع نی بهترتیب 73/1، 42/0 و 61/0 متعلق به آغازگر UBC825-Ltr2 و کمترین میزان تعداد آلل مؤثر، شاخص تنوع شاندن و شاخص تنوع ژنی بهترتیب 26/1، 18/0 و 31/0 متعلق به آغازگر UBC815-Ltr15 بود و در بین جمعیتهای تربچه بیشترین درصد مکان چندشکل، تعداد الل مؤثر، شاخص تنوع ژنی و شاخص تنوع شانون بهترتیب 89 درصد، 18/42، 3/1، 170/0 و 248/0 متعلق به جمعیت French breakfast بود. تغییرات درون و بین جمعیتها با استفاده از تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که 66 درصد کل تغییرات ژنتیکی درون جمعیتها وجود دارد.
http://mg.genetics.ir/article-1-68-fa.pdf
2019-10-01
313
319
تنوع ژنتیکی
شباهت ژنتیکی
رتروترانسپوزونی ریزماهواره
تربچه
Genetic diversity of some population of Radish (Raphanus sativus) using REMAP marker
In this research were used 36 REMAP marker to evaluate genetic diversity among radish population. 6 alleles were amplified by UBC825-Ltr2, UBC815-Ltr1 and UBC815-Ltr20 primers and 17 alleles were amplified by UBC848-Ltr3 primer, minimum and maximum allele numbers respectively with average of 10.04 alleles. The highest diversity index (0.41) among remap primers was belong to UBC848-Ltr2 primer and the lowest (0.24) belong to UBC848-Ltr2 Primer, The highest Marker Index (34.69) among remap primers was belong to UBC848-Ltr2 and the lowest (20.36) belong to UBC857-Ltr1, the most Ne allele, Shanon diversity and Nei diversity (1.73, 0.42 and 0.61 respectively) among remap primers was belong to UBC825-Lt2 primer and the lowest Ne allele, Shanon diversity and Nei diversity (1.26, 0.18 and 0.31 respectively) was belong to UBC815-Ltr15 primer and also the most diversity loci, Ne allele, Nei diversity and Shanon diversity (89%, 42.18, 1.3, 0.17 and 0.248 respectively) among radish population was belong to French breakfast population. Partitioning variations within and between populations, using an analysis of molecular variance (AMOVA), showed that 66% of the total genetic variation existed within growing regions.
http://mg.genetics.ir/article-1-68-en.pdf
2019-10-01
313
319
Genetic Diversity
Genetic similarity
REMAP
Radish
N
Sancholi
1
AUTHOR
H
Kamalaldini
2
AUTHOR
F
Haddadi
3
AUTHOR
B
Fazeli-Nasab
Bfazeli@uoz.ac.ir
4
AUTHOR