دوره 16، شماره 1 - ( 1-1400 )                   جلد 16 شماره 1 صفحات 73-83 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Barati 1, Azimi 2 R, Naghavi M R, Mohseni Fard 4. Identification and confirmation of new common miRNAs in bread wheat and different Aegilops species by bioinformatics approach and Real time PCR. MGj. 2021; 16 (1) :73-83
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1622-fa.html
براتی مرتضی، عظیمی محمدرضا، نقوی محمدرضا، محسنی فرد احسان. شناسایی و تأیید miRNAهای جدید مشترک در گندم نان و گونه های مختلف اجیلوپس با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی و Real time PCR. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1400; 16 (1) :73-83

URL: http://mg.genetics.ir/article-1-1622-fa.html


دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان
چکیده:   (308 مشاهده)
گندم نان یکی از غلات مهم است که به طور وسیع در جهان کشت می­شود. miRNA­ها یک نوع از RNA­های کوچک تنظیمی هستند که حدود 18-22 نوکلئوتیدی بوده و می­توانند به­ عنوان یک ابزار اصلاحی جدید در بهبود ژنتیکی گیاهان عمل کنند. با توجه به اینکه بسیاری از miRNA­ها از نظر تکاملی در بین قلمرو گیاهان و جانوران محافظت­ شده هستند، استفاده از ژنومیکس مقایسه­ای­ و روش­های محاسباتی برای شناسایی miRNA­ها، بسیار مورد توجه است. در این مطالعه شناسایی miRNA بالقوه جدید در گندم نان مورد­نظر بود و از یک روش جستجوی مبتنی بر تشابه روی EST برای اینکار استفاده شد. بدین منظور miRNA­های شناخته شده گیاهی به عنوان مرجع در برابر EST­های گندم قرار گرفته و BLASTn انجام شد. سپس توالی­های کد کننده پروتئین توسط BLASTx شناسایی و حذف شدند. در مرحله بعد ساختار ثانویه مورد بررسی قرار گرفت و سپس miRNA­های کاندید در پایگاه اطلاعاتی Rfam بررسی شدند. در نهایت سه miRNA جدید با استفاده از این روش شناسایی شد که از نظر توالی، مشابه miRNA­های شناخته­ شده در اجیلوپس تائوشی بودند. به­منظور  تأیید وجود آنها در گندم و گونه­ های اجیلوپس حاوی ژنوم D شامل تائوشی، سیلندریکا و کراسا، از Real time PCR استفاده شد و در نهایت وجود توالی myseq2 در ساقه گیاهان مورد مطالعه تأیید شد. شناسایی ژن­های miRNA تأیید­شده نشان داد که بیشتراین ژن­ها مانند RGA، PIK و NB-ARC روی مقاومت به بیماری­های مختلف تأثیر داشته و برخی نیز در مقاومت به تنش­های غیر­زیستی از جمله تنش خشکی و شوری نقش داشتند. نتیجه تحقیق تأیید کرد که روش­های محاسباتی ابزار مناسبی برای پیش­بینی miRNA­های کاندید می­ تواند باشد که سبب صرفه ­جویی در وقت و هزینه شناسایی miRNA­ها می­شود.
متن کامل [PDF 728 kb]   (92 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشی کامل | موضوع مقاله: ژنتیک گیاهی
دریافت: 1398/11/7 | پذیرش: 1399/9/22 | انتشار: 1399/12/18

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به فصلنامه علمی ژنتیک نوین می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2021 CC BY-NC 4.0 | فصلنامه علمی ژنتیک نوین

Designed & Developed by : Yektaweb