دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان
چکیده: (1706 مشاهده)
گندم نان یکی از غلات مهم است که به طور وسیع در جهان کشت میشود. miRNAها یک نوع از RNAهای کوچک تنظیمی هستند که حدود 18-22 نوکلئوتیدی بوده و میتوانند به عنوان یک ابزار اصلاحی جدید در بهبود ژنتیکی گیاهان عمل کنند. با توجه به اینکه بسیاری از miRNAها از نظر تکاملی در بین قلمرو گیاهان و جانوران محافظت شده هستند، استفاده از ژنومیکس مقایسهای و روشهای محاسباتی برای شناسایی miRNAها، بسیار مورد توجه است. در این مطالعه شناسایی miRNA بالقوه جدید در گندم نان موردنظر بود و از یک روش جستجوی مبتنی بر تشابه روی EST برای اینکار استفاده شد. بدین منظور miRNAهای شناخته شده گیاهی به عنوان مرجع در برابر ESTهای گندم قرار گرفته و BLASTn انجام شد. سپس توالیهای کد کننده پروتئین توسط BLASTx شناسایی و حذف شدند. در مرحله بعد ساختار ثانویه مورد بررسی قرار گرفت و سپس miRNAهای کاندید در پایگاه اطلاعاتی Rfam بررسی شدند. در نهایت سه miRNA جدید با استفاده از این روش شناسایی شد که از نظر توالی، مشابه miRNAهای شناخته شده در اجیلوپس تائوشی بودند. بهمنظور تأیید وجود آنها در گندم و گونه های اجیلوپس حاوی ژنوم D شامل تائوشی، سیلندریکا و کراسا، از Real time PCR استفاده شد و در نهایت وجود توالی myseq2 در ساقه گیاهان مورد مطالعه تأیید شد. شناسایی ژنهای miRNA تأییدشده نشان داد که بیشتراین ژنها مانند RGA، PIK و NB-ARC روی مقاومت به بیماریهای مختلف تأثیر داشته و برخی نیز در مقاومت به تنشهای غیرزیستی از جمله تنش خشکی و شوری نقش داشتند. نتیجه تحقیق تأیید کرد که روشهای محاسباتی ابزار مناسبی برای پیشبینی miRNAهای کاندید می تواند باشد که سبب صرفه جویی در وقت و هزینه شناسایی miRNAها میشود.
نوع مطالعه:
پژوهشی کامل |
موضوع مقاله:
ژنتیک گیاهی دریافت: 1398/11/7 | پذیرش: 1399/9/22 | انتشار: 1399/12/18