دراین پژوهش تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت 90 ژنوتیپ آنغوزه با استفاده از 13 آغازگر ISSR مورد ارزیابی قرارگرفت. نتایج نشان داد که آغازگرهای  ISSRدر مجموع 186 باند چند شکل با متوسط38/14 باند به ازای هرآغازگر در جمعیت مورد بررسی تکثیر نمودند. میانگین مقادیر شاخص نشانگر (MI) و محتوای اطلاعات چند شکل (PIC) برای آغازگرهای ISSR به‌ترتیب 98/4 و 37/0به‌دست آمد و نشان داد که آغازگرهای ISSR از کارایی بالایی در شناسایی تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های آنغوزه برخوردارند. درمقایسه بین جمعیت‌های مورد مطالعه جمعیت کرمان شامل 33 ژنوتیپ بر اساس مقادیر تعداد الل‌های مؤثر (Ne)، مقادیر هتروزیگوسی (H)، شاخص شانون (I) و تعداد کل الل­های مشاهده شده (Na) که به‌ترتیب 62/1، 35/0، 51/0 و 93/1 دراین جمعیت از تنوع بیش‌تری برخوردار بود. نتایج به‌دست آمده از این پژوهش نشان داد که جمعیت کرمان نسبت به سایر جمعیت‌های مورد مطالعه از میزان تنوع ژنتیکی بالاتری برخوردار است. نتایج حاصل از تجزیه واریانس ملکولی (AMOVA) نشان داد که 8 درصد از تغییرات کل مربوط به تنوع بین جمعیتی است در حالی‌که 92% از تغییرات با تنوع درون جمعیتی قابل توجیه می‌باشد. به‌عبارت دیگر می‌توان بیان داشت که آغازگرهای ISSR بیشترین میزان تنوع ژنتیکی را درون خویشاوندان نشان دادند. تجزیه خوشه‌ای و ساختار جمعیت تمامی ژنوتیپ‌های ارزیابی شده را به‌ترتیب به 5 دسته اصلی تقسیم تفکیک کردند. با توجه به نتایج به‌دست آمده از این تجزیه مقدار K در حالت 5 درحد بهینه قرارداشت. این نتایج نشان داد که تنوع ژنتیکی نسبتاً بالایی در جمعیت­های مورد مطالعه وجود داشته و نشانگر ISSR ابزار مناسبی جهت بررسی تنوع ژنتیکی در این ژرم پلاسم هستنند.