گونه­ های مختلف جنس Trigonella دارای جنبه‌های دارویی و غذایی بسیار مهمی می‌باشند. ارزیابی تنوع ژنتیکی یکی از اصول اولیه در هر برنامه اصلاحی می­باشد که موقعیت را جهت بررسی ویژگی‌های ژنتیکی و شناسایی ژن‌های جدید برای به‌نژادگران فراهم می‌آورد. در این پژوهش تنوع ژنتیکی موجود در 90 اکوتیپ شنبلیله با استفاده از نشانگرهای SCoT و URP مورد بررسی قرار گرفت. با استفاده از ده آغازگر SCoT و ده آغازگر URP در مجموع به‌ترتیب 100 و 109 قطعه تکثیر شد که تمامی آن‌ها چندشکل بودند. متوسط شاخص PIC در هر دو نشانگر 34/0 برآورد شد. با این حال متوسط شاخص‌های Rp و MI در نشانگرهای URP بیشتر از SCoT بود. تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) بر اساس داده‌های SCoT، URP و SCoT+URP نشان داد میزان تنوع درون جمعیت‌ها نسبت به بین جمعیت‌ها بیشتر است. براساس مقادیر شاخص‌های تنوع ژنتیکی مشخص شد بیشترین تعداد آلل­های مشاهده شده (Na) و بیشترین میزان شاخص شانون (I)، شاخص تنوع نی (H) و درصد جایگاه‌های چندشکل (PPL) مربوط به گونه­های T. foenum-graecum و T. monantha بود. تجزیه خوشه‌ای بر اساس هر یک از نشانگرها و ترکیب داده­های هر دو نشانگر تمامی اکوتیپ­های ارزیابی شده را به‌ترتیب در سه گروه اصلی دسته‌بندی کردند. علاوه براین مشخص شد الگوی گروه‌بندی به‌دست آمده بر اساس ترکیب داده‌های هر دو نشانگر به خوبی منطبق با ساختار تاکسونومی گونه­ها بود. به‌طورکلی نتایج به‌دست آمده نشان داد تنوع ژنتیکی بالایی در درون اکوتیپ‌های شنبلیله وجود دارد. بنابراین این مجموعه می‌تواند به‌عنوان یک منبع ژنی با ارزش جهت استفاده در برنامه‌های اصلاحی مورد استفاده قرار گیرد.