در این پژوهش تاثیر دو فرمولاسیون نانونقره LS2000 و L2000 بر جمعیت باکتریایی خاک ریزوسفر و بالک پنبه بررسی شد. پیش از کاشت بذر، خاک با غلظت‌های صفر، 5، 10، 25 و 50 پی‌پی‌ام دو فرمولاسیون تیمار شد. نمونه‌های خاک ریزوسفر و بالک گیاه پنبه در مراحل گیاهچه، تشکیل کاسبرگ و تشکیل غوزه جمع‌آوری شد. شمارش باکتری در محیط کشت TSA انجام شد. برای نشان دادن تنوع باکتریایی در خاک تیمار شده با فرمولاسیون‌های نانونقره PCR–DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) انجام شد. تعداد کل باکتری‌های قابل کشت در نمونه‌های خاک در حدود 10⁴ و 10⁷ واحد تشکیل دهنده کلنی (CFU) در هر گرم خاک خشک به‌ترتیب برای خاک بالک و ریزوسفر بود. تعداد متوسط باکتری‌های قابل کشت خاک در نتیجه تیمار خاک با غلظت‌های 0 تا 50 پی‌پی‌ام هر دو فرمولاسیون در مقایسه با کنترل کاهش پیدا کرد. اثر مهار‌کننده فوق برای فرمولاسیون LS2000 به‌ویژه در خاک ریزوسفری بیش‌تر از L2000 بود. تعداد کل باکتری ریزوسفر با پیشرفت مراحل نمو پنبه به‌طور معنی‌دار (P≤ 0.01) افزایش پیدا کرد. در مرحله گیاهچه، حساسیت فلور میکروبی به فرمولاسیون‌های نانونقره بیش‌تر بود و به‌ترتیب غلظت‌های 5 و 25 پی‌پی‌ام از LS2000 و L2000 به‌طور کامل از رشد باکتری‌های خاک ممانعت کرد. بر اساس نتایج مولکولی، تیمار خاک با LS2000 یا L2000 تنوع ژن 16S rDNA در بالک و ریزوسفر پنبه را تغییر داد. نتایج مشخص کرد تاثیر LS2000 بر پروفایل PCR-DGGE ژن16S rDNA  بیش‌تر از L2000 بود.