به‌منظور بررسی تنوع آللی و هاپلوتایپی و هم‌چنین شناسایی نشانگرهای آگاهی­بخش خصوصیات مورفولوژیک در 41 لاین و ژنوتیپ کلزا تحت شرایط تنش خشکی، از 36 نشانگر ریزماهواره‌ای که با QTL‌های کنترل‌کننده صفات مورفولوژیک بر روی کروموزم‌های A1، C3، C5 و C6 در شرایط تنش خشکی پیوسته بودند، استفاده شد. سی و شش نشانگر مورد مطالعه، 166 نوار قابل تشخیص ایجاد کردند و 157 آلل (58/94 درصد) آن چند شکل بودند که نشان‌دهنده تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه‌ی میان لاین­ها و ژنوتیپ­ها بود. نتایج نشان داد که متوسط شاخص نشانگری، تنوع ژنی نِی، شاخص اطلاعات شانون و تعداد آلل‌های مؤثر به‌ترتیب 508/1، 449/0 و 298/0 بود. تنوع هاپلوتایپی دو صفت وزن خشک اندام هوایی و وزن خشک کل توسط نشانگرهای SSR مرتبط با QTL­های متحمّل به خشکی بر روی کروموزوم­های A1، C3، C5 و C6 بررسی شد. نتایج نشان داد که 41 لاین و ژنوتیپ کلزا به‌ترتیب به 9 و 5 هاپلوتایپ مختلف بر مبنای QTL وزن خشک کل، روی کروموزوم­های A1 و C3 تقسیم شدند. هم­چنین، ژنوتیپ SLM046 به­عنوان رقم مرجع استفاده شد. هاپلوتایپ­هایی که با نشانگرهای Ol12-F12، BRMS-096 و BRAS041 روی کروموزوم A1 و نشانگرهایNa10-E02 ، FITO133 و Na12-A08 بر روی کروموزوم C1 مشخص شدند، می­توانند در شناسایی ژنوتیپ­های متحمّل به­کار روند و بنابراین برای انتخاب به کمک نشانگر (MAS) QTLهای متحمّل به خشکی استفاده شوند.