اهداف اصلی این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی موجود در 53 توده آژیلوپس متعلق به سه گونه Aegilops tauschii، Ae. cylindrica و Ae. crassa و همچنین مقایسه کارایی دو نشانگر مولکولی SCoT (Start codon targeted) و (Target Region Amplification Polymorphism) TRAP بود. در مجموع 15 آغازگر SCoT و شش جفت آغازگر TRAP به‌ترتیب 165 و 201 قطعه چند شکل تکثیر کردند. متوسط شاخص‌های تعداد قطعات چندشکل تکثیری، شاخص نشانگری و قدرت تمایز آغازگر برای آغازگرهای TRAP بیشتر از SCoT بود. با این حال متوسط شاخص محتوای اطلاعات چندشکل در آغازگرهای SCoT بیشتر از TRAP بود. نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) انجام شده بر اساس هر یک از سیستم­های نشانگری متفاوت از هم بود به‌طوری‌که بر اساس داده­های SCoT بیشترین سهم تنوع ژنتیکی مربوط به تنوع درون گونه­ای بود و بر عکس داده­های TRAP بیشترین میزان تنوع ژنتیکی را در بین گونه­ها نشان دادند. آغازگرهای SCoT نسبت به TRAP مقادیر بالاتری برای کلیه پارامترهای ژنتیکی نشان دادند و بر اساس آغازگرهای SCoT و TRAP بیشترین مقادیر پارامترهای ژنتیکی به‌ترتیب در گونه Ae. cylindrica وAe. tauschii مشاهده شد. تجزیه خوشه­ای بر اساس هر یک از سیستم­های نشانگری و هم‌چنین ترکیب داد­های حاصل از هر دو نشانگر کلیه توده­های مورد بررسی را درسه گروه اصلی تفکیک نمود. الگوی گروه­بندی به وجود آمده بر اساس آغازگرهای SCoT نسبت به TRAP واضح‌تر بود. از این‌رو استفاده از نشانگرهای SCoT در بررسی ساختار جمعیت و گروه­بندی توده­های مختلف و استفاده از نشانگرهای TRAP در اشباع نقشه­های ژنتیکی توصیه می­شود.