چاه نیمه­ های زابل در سال­های اخیر به‌دلیل خشکسالی­ های مختلفی که باعث عدم پایداری آب در تالاب هامون گشته است، برای حیات آبزیان که در آن قسمت زیست می‌کنند، دارای اهمیت فراوان شده‌اند. این شرایط، شناسایی گونه و تنوع زیستی ماهیان این منطقه را جهت ایجاد اطلاعات پایه مورد نیاز، در مدیریت و حفاظت از ماهیان ضروری می­ سازد. به‌منظور شناسایی و تهیه بارکد ژنتیکی گونه­ های ماهی در چاه نیمه‌های زابل، عملیات نمونه‌برداری در سال 1395 انجام شد. در مجموع 29 نمونه شاملCarassius sp. Schizothorax zaradunyi, Shizocypris altidorsalis, Cyprinus carpio, Gonorhynchus adiscus, Ctenopharingodon idella, Paracobitis rhadinaeus صید شدند. برای انجام تحلیل‌های شجره‌شناسی، انتهای ʹ5 ژن COI در نمونه­های مورد بررسی تعیین شد. جهت بررسی‌های شجره‌شناسی، از روش الحاق همسایگی (Neighbor-Joining)، استفاده شد. نتایج حاصل از این پژوهش وجود شش گروه شجره‌شناسی را نشان داد. بر همین اساس بیشترین میزان تمایز ژنتیکی 1/27 درصد، بین گونه P. rhadinaeus وC. idella، کمترین میزان تمایز ژنتیکی 8/10 درصد، بین گونه C. carpio و S. zarudyni مشاهده شد.