%0 Journal Article %A Barati, 1- Morteza %A Azimi, 2- Mohamad Reza %A Naghavi, Mohamad Reza %A Mohseni Fard, 4- Ehsan %T Identification and confirmation of new common miRNAs in bread wheat and different Aegilops species by bioinformatics approach and Real time PCR %J Modern Genetics Journal %V 16 %N 1 %U http://mg.genetics.ir/article-1-1622-fa.html %R %D 2021 %K Aegilops, Comparative Genomics, Computational Approach, qRT-PCR, micro RNA, %X گندم نان یکی از غلات مهم است که به طور وسیع در جهان کشت می­شود. miRNA­ها یک نوع از RNA­های کوچک تنظیمی هستند که حدود 18-22 نوکلئوتیدی بوده و می­توانند به­ عنوان یک ابزار اصلاحی جدید در بهبود ژنتیکی گیاهان عمل کنند. با توجه به اینکه بسیاری از miRNA­ها از نظر تکاملی در بین قلمرو گیاهان و جانوران محافظت­ شده هستند، استفاده از ژنومیکس مقایسه­ای­ و روش­های محاسباتی برای شناسایی miRNA­ها، بسیار مورد توجه است. در این مطالعه شناسایی miRNA بالقوه جدید در گندم نان مورد­نظر بود و از یک روش جستجوی مبتنی بر تشابه روی EST برای اینکار استفاده شد. بدین منظور miRNA­های شناخته شده گیاهی به عنوان مرجع در برابر EST­های گندم قرار گرفته و BLASTn انجام شد. سپس توالی­های کد کننده پروتئین توسط BLASTx شناسایی و حذف شدند. در مرحله بعد ساختار ثانویه مورد بررسی قرار گرفت و سپس miRNA­های کاندید در پایگاه اطلاعاتی Rfam بررسی شدند. در نهایت سه miRNA جدید با استفاده از این روش شناسایی شد که از نظر توالی، مشابه miRNA­های شناخته­ شده در اجیلوپس تائوشی بودند. به­منظور تأیید وجود آنها در گندم و گونه­ های اجیلوپس حاوی ژنوم D شامل تائوشی، سیلندریکا و کراسا، از Real time PCR استفاده شد و در نهایت وجود توالی myseq2 در ساقه گیاهان مورد مطالعه تأیید شد. شناسایی ژن­های miRNA تأیید­شده نشان داد که بیشتراین ژن­ها مانند RGA، PIK و NB-ARC روی مقاومت به بیماری­های مختلف تأثیر داشته و برخی نیز در مقاومت به تنش­های غیر­زیستی از جمله تنش خشکی و شوری نقش داشتند. نتیجه تحقیق تأیید کرد که روش­های محاسباتی ابزار مناسبی برای پیش­بینی miRNA­های کاندید می­ تواند باشد که سبب صرفه ­جویی در وقت و هزینه شناسایی miRNA­ها می­شود. %> http://mg.genetics.ir/article-1-1622-fa.pdf %P 73-83 %& 73 %! %9 Applicable %L A-10-159-1 %+ University of Zanjan %G eng %@ 2008-4439 %[ 2021