Modern Genetics Journal
فصلنامه علمی ژنتیک نوین
MGj
General
http://mg.genetics.ir
1
admin
2008-4439
2008-4439
8
14
8888
13
fa
jalali
1398
10
1
gregorian
2020
1
1
14
4
online
1
fulltext
fa
مطالعه چند شکلی در ژن ATP1A1 و ارتباط آن با صفت نرخ باروری درگاوهای هلشتاین و سرابی
Study of polymorphism in the ATP1A1 gene and its association with conception rate in Holstein and Sarabi breeds
ژنتیک جانوری
Subject 02
پژوهشي کوتاه
Research
<h1 dir="RTL" style="text-align: justify;"><span style="font-family:tahoma;"><span style="font-size:12px;">هدف از این تحقیق، مطالعه چند­شکلی در ژن <em><span dir="LTR">ATP1A1</span></em> و ارتباط آن با صفت نرخ باروری در گاوهای هلشتاین و سرابی بود. به این منظور از 124 راس گاو شیرده شامل 72 راس هلشتاین و 52 راس گاو سرابی خون­گیری انجام شد. استخراج <span dir="LTR">DNA</span> با استفاده از روش بهینه یافته نمکی انجام پذیرفت. کمیت و کیفیت <span dir="LTR">DNA</span>های استخراجی با استفاده از الکتروفورز و اسپکتروفتومتری صورت پذیرفت. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر قطعه 330 جفتبازی از ناحیه مذبور انجام گرفت و برای شناسایی چندشکلی در ناحیه مذکور از روش تفاوت فرم فضایی رشتههای منفرد (<span dir="LTR">SSCP</span>) استفاده شد. در نهایت جهت شناسایی چندشکلی تک نوکلئوتیدی (<span dir="LTR">SNP</span>) از هر الگوی باندی متفاوت چند نمونه جهت توالییابی ارسال شد. نتایج حاصل از توالییابی و همردیفسازی با توالی ثبت شده در <span dir="LTR">NCBI</span> نشان داد که در این ناحیه دو <span dir="LTR">SNP</span> وجود دارد که یکی از این جهشها در ناحیه اینترون و دیگری در ناحیه اگزون اتفاق افتاده است و جهش اتفاق افتاده در ناحیه اگزون تغییری در اسیدآمینه و پروتئین حاصل از این ژن ایجاد نمیکند. برای بررسی ارتباط بین این جایگاهها با صفت نرخ باروری الگوهای باندی (هاپلوتایپ) در مدل قرار گرفت که نشان داد بین هاپلوتایپهای مشاهده شده و صفت نرخ باروری ارتباط معنیداری وجود ندارد.</span></span></h1>
The objective of this study was the detection of polymorphism in ATP1A1 gene and its association with conception rates in Holstein and Sarabi cows by PCR-SSCP method. For this purpose, blood samples were taken from 124 cows. DNA was extracted from whole blood using modified salting-out method and polymerase chain reactions were performed for amplification of 330bp fragment of the bovine ATP1A1gene. The polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) method was used to scan for the mutations within the amplified regions. Subsequently, a numbers of samples per each band pattern were sequenced for identification of Single Nucleotide Polymorphism (SNP). The results of the sequencing and alignment using available sequences in NCBI two SNPs in the ATP1A1 gene that one of those was located in exon14 and another one in intron14 area and the mutation located in exon area was along with no changes in amino acid and obtained protein of this gene. For evaluating of association between this locations and conception rate trait, the band pattern (haplotype) were considered in the model. The results showed that the observed haplotypes in the ATP1A1 gene is not significantly correlated with conception rate.<br>
استرس حرارتی , هاپلوتایپ, SNP و PCR-SSCP
Heat stress, Haplotypes, SNP, PCR-SSCP
367
371
http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-108-2&slc_lang=fa&sid=1
Mokhtar
Ghaffari
مختار
غفاری
m.ghaffari@urmia.ac.ir
10031947532846005766
10031947532846005766
Yes
Urmia University
دانشگاه ارومیه
Ardeshi
Nejati-Javaremi
اردشیر
نجاتی جوارمی
javaremi@ut.ac.ir
10031947532846005767
10031947532846005767
No
University of Tehran
پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
Mostafa
Sadeghi
مصطفی
صادقی
sadeghimos@ut.ac.ir
10031947532846005768
10031947532846005768
No
University of Tehran
پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
Mohammad
Moradi-shahrebabak
محمد
مرادی شهربابک
moradim@ut.ac.ir
10031947532846005769
10031947532846005769
No
University of Tehran
پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج