fa شبیه‌سازی مسیرهای مولکولی مراحل مختلف فولیکولوژنسیز در گاو با استفاده از زبان برنامه‌نویسی سیستم بیولوژی (SBML) ژنتیک جانوری Subject 02 پژوهشی کامل Applicable <p dir="RTL"><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">فولیکولوژنسیز فرآیند بلوغ فولیکول‌های تخمدان می‌باشد، یک پوسته بسته‌بندی شده از سلول‌های سوماتیک که حاوی تخمک نابالغ است. از سوی دیگر، مسیر سیگنالینگ </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">TEK</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> نقش بسیار مهمی را در فرآیند فولیکولوژنسیز بازی می‌کند. این مسیر، با افزایش و یا کاهش بیان ژن‌ها مسیرهایی دیگری را از قبیل استروئیدوژنسیز،</span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">PI3K/AKT/mTORC1</span></span></span></em> <span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;و </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Ras/ERK/MYC</span></span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> را فعال می‌کند. این مسیرها مسیرهای اصلی در رشد، تمایز، مهاجرت، چسبندگی، تکثیر، زنده‌مانی سلول و سنتز پروتئین در سلول می‌باشند. در این راستا مدل ریاضیاتی مرتبط با سیگنالینگ </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">TEK</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> در فولیکول</span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">های غالب (</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">>10mm</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">)</span></span> <span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">و زیردست (</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><5mm</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">) با استفاده از زبان برنامه‌نویسی سیستم بیولوژی در محیط متلب توسعه یافت. شبیه</span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">سازی سطوح بیان ژن متفاوت را در ژن‌های </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">ANGPT1</span></span></span></em><em><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></em><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">TEK</span></span></span></em><em><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></em><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">MYC</span></span></span></em><em><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">،</span></span></em><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">MAPK1</span></span></span></em><em><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></em><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">PIK3</span></span></span></em><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">MCL1</span></span></span></em><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">EBP4EIF1</span></span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> و بیان افزایش یافته در فاکتورهای مهم در فولیکولوژنسیز در این دو مسیر مهم نشان داد که سطوح پروتئین </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">pERK</span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">pMYC</span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">pAkt</span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">، ¹</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">pMCL</span></span></span> <span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">و</span></span> <span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">EBP4pEIF1</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> در فولیکول</span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">های غالب افزایش و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">pMYC</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> کاهش نشان دادند. افزایش بیان ژن‌ها و فعالیت </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">ERK</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">MYC</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> که بیشتر در رشد و تکثیر سلول و افزایش بیان و فعالیت </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Akt</span></span></span></em><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">MCL1</span></span></span></em><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">mTORC1</span></span></span></em><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> و</span></span> <em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">EBP4EIF1</span></span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> که اغلب در زنده</span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">مانی سلول و سنتز پروتئین نقش دارند در فرآیند فولیکولوژنسیز مشاهده شد. همچنین سطح بیان ژن و فعالیت </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">MYC</span></span></span></em> <span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">به‌طور قابل ملاحظه</span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">ای در فولیکول</span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">های زیردست افزایش یافته بود. در آخر شبیه‌سازی مسیرهای سیگنالینگ می‌تواند افق‌های جدیدی را در راستای فرآیندهای زیستی پیش روی ما قرار دهد.</span></span></p> Folliculogenesis is the maturation of the ovarian follicle, a densely packed shell of somatic cells that contains an immature oocyte. On the other hand, TEK signaling plays a very important role in folliculogenesis. It activates Ras/ERK/MYC, PI3K/AKT/mTORC1 and ovarian steroidogenesis activation pathways. These are the main pathways for cell growth, differentiation, migration, adhesion, proliferation, survival and protein synthesis. So, we have developed mathematical models relate to the different TEK signaling in dominant (> 10 mm) and subordinate follicles (< 5 mm) using systems biology markup language in Matlab environment. Simulation denotes the effect of different expression levels of ANGPT1, TEK, MYC, MAPK1, PIK3R1, MCL1 and EIF4EBP1 and increased expression of certain factors in folliculogenesis TEK signaling on each of the two important pathways where levels of pERK, pMYC, pAkt , pMCL1 and pEIF4EBP1 are increased in dominant follicles and pMYC is decreased in dominant follicles. Over activation of ERK and MYC which are the main cell growth and proliferation and over activation of Akt, MCl1, mTORC1 and EIF4EBP1 which are the main cell survival and protein synthesis factors act as promoting factors for folliculogenesis. Finally, the simulation of signaling pathways may give new insights into biological procedures.<br> &nbsp; فولیکولوژنسیز, PI3K/AKT/mTORC1, Ras/ERK/MYC, سیگنالینگ TEK PI3K/AKT/mTORC1, Ras/ERK/MYC 189 196 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-101-1&slc_lang=fa&sid=1 ابوالفضل بهرامی a.bahrami@ut.ac.ir 10031947532846005426 10031947532846005426 No پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج سیدرضا میرایی آشتیانی ashtiani@ut.ac.ir 10031947532846005427 10031947532846005427 Yes پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج مصطفی صادقی sadeghimos@ut.ac.ir 10031947532846005428 10031947532846005428 No پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج علی نجفی najafi74@bmsu.ac.ir 10031947532846005429 10031947532846005429 No دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله