fa استفاده از الگوریتم CTAnalyzer به منظور شناسایی توالی‌های کاندید pri-microRNA در ژنوم Azadirachta indica ژنتیک گیاهی Subject 01 پژوهشی کامل Applicable <h1 dir="RTL" style="text-align: justify;"><span style="font-family:Tahoma;"><a name="_Hlk69022236"><span style="font-size:10.0pt;">ساختارهایی که مولکول&shy;های </span></a><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">microRNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> بالغ از آن&shy;ها حاصل می&shy;شوند (</span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">pri-microRNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> و </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">pre-microRNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;">) دارای ویژگی&shy;های به‌خصوصی هستند که آن&shy;ها را از مولکول‌های مشابه، متمایز ساخته و برای آنزیم‌ها و پروسسورها قابل شناسایی می‌نماید. این خصوصیات&shy; عمدتاً متاثر از ویژگی‌های ساختار ثانویه مولکول </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">RNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> است. به‌همین دلیل، تا به امروز الگوریتم&shy;های متعددی به‌منظور پیش‌بینی ساختار ثانویه برای توالی‌های پلی&shy;نوکلئوتید طراحی شده است. نرم‌افزار </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">CTAnalyzer</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> الگوریتمی است که با هدف رقومی&shy;سازی ویژگی&shy;های ساختارهای ثانویه مولکول </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">RNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> طراحی شده و طبقه‌بندی این ساختارها را با محوریت ویژگی&shy;های مهم در شناسایی مولکول&shy;های </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">microRNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> انجام می‌دهد. در تحقیق حاضر، نرم‌افزار </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">CTAnalyzer</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> با تعریف فیلترها و ضوابط مناسب، برای بررسی و طبقه‌بندی ساختارهای ثانویه استخراج شده از توالی ژنوم گیاه </span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Azadirachta indica</span></span></em><span style="font-size:10.0pt;"> مورد استفاده قرار گرفت و هدف از این پژوهش، بررسی کارامدی این نرم‌افزار در شناسایی جزئیات ساختاری </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">RNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> دو رشته&shy;ای و دسته&shy;بندی توالی&shy;ها برمبنای ویژگی&shy;های ساختارهای ثانویه آن&shy;ها بود. برای این منظور همردیفی بین ژنوم</span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">A. indica</span></span></em> <span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;و تمام توالی&shy;های</span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;"> miR </span></span><span style="font-size:10.0pt;">گیاهی به‌وسیله الگوریتم</span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;"> BLASTn </span></span><span style="font-size:10.0pt;">انجام گرفت و تعداد 80217 ناحیه در سراسر ژنوم</span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">A. indica</span></span></em> <span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;با هومولوژی قابل قبول شناسایی شدند. پس از گسترش طولی نواحی شناسایی شده در هم‌ردیفی و حذف توالی‌هایی که در نواحی کدکننده ژنوم قرار داشتند، برای 38067 توالی باقی‌مانده پیش‌بینی ساختار ثانویه انجام گرفت. مقادیر مورد توافق برای ضوابط مربوط به ساختارهای ثانویه </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">microRNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> در فیلتر نرم‌افزار </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">CTAnalyzer</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> تعریف شد و این نرم‌افزار موفق به شناسایی و معرفی توالی‌های کاندید </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">microRNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> شد. بر اساس نتایج نرم‌افزار </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">CTAnalyzer</span></span><span style="font-size:10.0pt;"> از کل 566754 ساختار ثانویه مورد بررسی برای شناسایی </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">microRNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;">‌های ژنوم </span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">A. indica</span></span></em><span style="font-size:10.0pt;">، تعداد 482 ساختار ثانویه (08/0 درصد) با دارا بودن تمام ویژگی‌های مورد تایید برای </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">microRNA</span></span><span style="font-size:10.0pt;">‌ها شناسایی شدند.</span></span></h1> <div style="text-align: justify;">The structures from which mature microRNA molecules can be derived (i.e., pri-microRNA and pre-microRNA) have special properties distinguishing them from similar molecules and make them identifiable for enzymes and processors. These properties are mostly influenced by the characteristics of the secondary structure of the RNA molecule. Therefore, several algorithms have been designed to predict the secondary structure of polynucleotide sequences. CTAnalyzer is an algorithm aimed to digitalize the characteristics of RNA secondary structures and categorize these structures using key properties in identifying microRNA molecules. In the current research, CTAnalyzer, by defining adequate filters and rulesets, was used to examine and categorize the derived secondary structures from the genome sequence of <em>Azadirachta indica</em>. The aim of this study was to investigate the efficiency of CTAnalyzer in identifying the structural details of double-stranded RNA and categorizing them based on their structural properties. For this purpose, a similarity alignment was conducted between known viridiplantae mature microRNAs and the whole genome sequence of <em>A. indica</em> using BLASTn algorithm. Following the bidirectional elongation for 80217 identified regions across <em>A. indica </em>genome with adequate homology and also the exclusion of coding sequences, the secondary structure prediction procedure was carried out for the remaining 38067 sequences. The agreed values of criteria for microRNA secondary structures was defined in the software and could to identify candidate microRNA sequences. According to the results obtained from CTAnalyzer, out of all the 566754 evaluated secondary structures, 482 (~%0.08) structures with all properties accepted for microRNAs were identified.</div> بیوانفورماتیک, ساختار ثانویه, Azadirachta indica, CTAnalyzer, microRNA Azadirachta indica, Bioinformatics, CTAnalyzer, microRNA, Secondary structure. 349 361 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-83-2&slc_lang=fa&sid=1 Sobhan Ataei سبحان عطائی sobhanataei@alumni.ut.ac.ir 10031947532846006193 10031947532846006193 No دانشگاه بین المللی امام خمینی (ره) Jafar Ahmadi جعفر احمدی njahmadi910@yahoo.com 10031947532846006194 10031947532846006194 Yes دانشگاه بین المللی امام خمینی (ره) Seyed-Amir Marashi سیدامیر مرعشی marashi@ut.ac.ir 10031947532846006195 10031947532846006195 No دانشگاه تهران