Modern Genetics Journal
فصلنامه علمی ژنتیک نوین
MGj
General
http://mg.genetics.ir
1
admin
2008-4439
2008-4439
8
14
8888
13
fa
jalali
1401
1
1
gregorian
2022
4
1
17
1
online
1
fulltext
fa
شناسایی SNP ها در ژنهای CYC-B و PSY1 دخیل در رنگ میوه گوجهفرنگی
Identification of SNPs in CYC-B and PSY1 genes responsible for fruit color in tomatore
ژنتیک گیاهی
Subject 01
پژوهشی کامل
Applicable
<h1 dir="RTL" style="text-align:justify"><span style="font-size:12px;"><span style="font-family:Tahoma;"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span lang="AR-SA">به</span><span lang="AR-SA">منظور شناسایی تنوع</span><span lang="AR-SA"></span><span lang="AR-SA">های تک نوکلئوتیدی (</span><span dir="LTR">Single nucleotide polymorphism</span><span lang="AR-SA">)</span> <span lang="FA">در ژنهای بتا سیکلاز (</span><i><span dir="LTR">CYC-B</span></i><span lang="FA">)<i> </i>و فیتون سنتاز (</span><i><span dir="LTR">PSY1</span></i><span lang="FA">) </span><span lang="FA">در ۹۳ ژنوتیپ گوجه</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">فرنگی و</span> <span lang="FA">سه</span> <span lang="FA">رقم</span> <span lang="FA">تجاری، </span><span lang="AR-SA">قطعاتی به</span><span lang="AR-SA"></span><span lang="AR-SA">طول ۴۰۹ </span><span lang="FA">و ۱۰۰۰ جفت</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">باز</span> <span lang="FA">از نواحی کد</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">کننده این دو </span><span lang="AR-SA">ژن تکثیر شد</span><span lang="FA">.</span><span lang="FA"><span style="color:black"> سپس جهت آشکارسازی چندشکلی در نواحی تکثیری این ژن</span></span><span lang="FA"><span style="color:black"></span></span><span lang="FA"><span style="color:black">ها، هضم قطعات تکثیری با آنزیم</span></span><span lang="FA"><span style="color:black"></span></span><span lang="FA"><span style="color:black">های برشی </span></span><i><span dir="LTR"><span style="color:black">Tru1I</span></span></i><span lang="FA"><span style="color:black"> و</span></span><i><span dir="LTR"><span style="color:black">PstI</span></span></i> <span lang="FA"><span style="color:black"> انجام گرفت ولی چندشکلی بین ژنوتیپ</span></span><span lang="FA"><span style="color:black"></span></span><span lang="FA"><span style="color:black">ها مشاهده نشد. </span></span><span lang="AR-SA">بنابراین</span> <span lang="FA"><span style="color:black">چهار فرد از جمعیت</span></span><span lang="FA"><span style="color:black"></span></span><span lang="FA"><span style="color:black">های مختلف (ارومیه، سردشت، ترکیه و بوکان برای ژن </span></span><i><span dir="LTR"><span style="color:black">CYC-B</span></span></i><span lang="FA"><span style="color:black">، ارومیه، سردشت، ترکیه و پیرانشهر برای ژن </span></span><i><span dir="LTR"><span style="color:black">PSY1</span></span></i><span lang="FA"><span style="color:black">) انتخاب و قطعه تکثیری ژن</span></span><span lang="FA"><span style="color:black"></span></span><span lang="FA"><span style="color:black">ها در این افراد توالی</span></span><span lang="FA"><span style="color:black"></span></span><span lang="FA"><span style="color:black">یابی شد. بعد از بازیابی قطعه تکثیری هر ژن، شناسایی </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black">SNP</span></span><span lang="FA"><span style="color:black">ها با استفاده از همردیفی توالیهای هر ژن با نرمافزار </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black">Clustal</span></span> <span dir="LTR"><span style="color:black">Omega</span></span><span lang="FA"><span style="color:black"> انجام گرفت.</span></span> <span lang="FA">در ژن </span><i><span dir="LTR">CYC-B</span></i><span lang="FA"> هشت </span><span dir="LTR">SNP</span><span lang="FA"> شناسایی شد که ۷۵ درصد آن</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">ها از نوع همجنس با فراوانی ۵۰ درصد </span><span dir="LTR">A/G</span><span lang="FA">، ۲۵ درصد </span> <span dir="LTR">T/C</span><span lang="FA">و ۲۵ درصد آن</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">ها از نوع غیرهمجنس با فراوانی 5/12 درصد </span><span dir="LTR">C/A</span><span lang="FA"> و 5/12 درصد </span><span dir="LTR">G/C</span><span lang="FA"> بود. در ژن </span><i><span dir="LTR">PSY1</span></i><span lang="FA"> نیز<i> </i>هشت </span><span dir="LTR">SNP</span><span lang="FA"> شناسایی شد که به</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">ترتیب سه و پنج </span><span dir="LTR">SNP</span><span lang="FA"> در ناحیهی اگزون و اینترون قرار داشت. 5/62 درصد این </span><span dir="LTR">SNP</span><span lang="FA">ها از نوع همجنس با فراوانی 5/37 درصد </span><span dir="LTR">A/G</span><span lang="FA">،</span><span lang="FA"> ۲۵ درصد </span><span dir="LTR">T/C</span><span lang="FA"> و 5/37 درصد آن</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">ها از نوع غیرهمجنس با فراوانی ۲۵ درصد </span><span dir="LTR">C/G</span> <span lang="FA">و 5/12 درصد </span><span dir="LTR">C/A</span><span lang="FA"> بود. میانگین تعداد</span><span dir="LTR">SNP </span><span lang="FA">ها به ازای</span> <span lang="FA">هر ۱۰۰ جفت</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">باز در قطعه تکثیر شده ژن </span><i><span dir="LTR">CYC-B</span></i><span lang="FA">،<i> </i>44/0 بود در حالی</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">که در نواحی اینترونی و اگزونی ژن</span> <i><span dir="LTR">PSY1</span></i><span lang="FA"> به</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">ترتیب 26/1 و 71/0 بود. </span><span dir="LTR">SNP</span><span lang="FA">های شناسایی شده در این تحقیق می</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">تواند در تهیه نقشه</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">های ژنتیکی و همچنین شناسایی نشانگرهای عملکردی مرتبط با صفت رنگ میوه در گوجه</span><span lang="FA"></span><span lang="FA">فرنگی مورد استفاده قرار گیرد.</span> </span></span></span></span></h1>
<span style="font-size:12px;"><span style="font-family:Tahoma;"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"> <span lang="FA"><span style="font-family:"B Lotus""></span></span></span></span></span></span><br>
To identify single nucleotide polymorphisms (SNP) in beta-cyclase (<em>B-CYC</em>) and phytoene synthase (<em>PSY1</em>) genes in 93 tomato genotypes and three commercial cultivars, fragments with a length of 409 and 1000 bp were amplified from the coding regions of these two genes. The amplified fragments of both genes were digested using <em>Tru1I</em> and <em>PstI</em> restriction enzymes to visualize polymorphisms among the studied genotypes, but no polymorphism was observed. Therefore, four individuals from different populations (Urmia, Sardasht, Turkey and Boukan for <em>CYC-B</em>; Urmia, Sardasht, Turkey and Piranshahr for <em>PSY1</em>) were selected and the amplified fragment of the genes were sequenced in these genotypes. After retrieval of the sequenced fragments of each gene, multiple alignment was used for the sequences of the genes to identify SNPs using Clustal omega software. Eight SNPs were identified in the <em>CYC-B</em> gene, 75% of which was transition with a frequency of 50% A/G, 25% T/C, and 25% of which was transversion with a frequency of 12.5% C/A and 12.5% G/C. In <em>PSY1</em> gene, eight SNPs were also identified in the <em>PSY1</em> gene, with three and five SNPs in the exon and intron regions, respectively. 62.5% of these SNPs was transition with a frequency of 37.5% A/G, 25% T/C, and 37.5% of them was transversion with a frequency of 25% C/G and 12.5% C/A. The average number of SNPs per 100 bp in the amplified fragment of <em>CYC-B</em> was 0.44, while taht was 1.26 and 0.71 for intron and exon of <em>PSY1</em>, respectively. The SNPs identified in this study can be used in the preparation of genetic maps as well as the identification of functional markers associated with fruit color in tomato.
تنوع تک نوکلئوتیدی,گوجهفرنگی, رنگ میوه, ژن بتا سیکلاز, ژن فیتون سنتاز
Single nucleotide polymorphism, tomato, fruit color, beta-cyclase, phytoene synthase
59
68
http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-48-2&slc_lang=fa&sid=1
Roghayeh
Ebrahimi
رقیه
ابراهیمی
realmv30@gmail.com
10031947532846006392
10031947532846006392
No
Urmia University
دانشگاه ارومیه
Babak
Abdollahi Mandoulakani
بابک
عبدالهی مندولکانی
b.abdollahi@urmia.ac.ir
10031947532846006393
10031947532846006393
Yes
Urmia University
دانشگاه ارومیه
Mashhid
Henareh
مشهید
هناره
mashhid_henareh@yahoo.com
10031947532846006394
10031947532846006394
No
West Azarbaijan Agricultural and Natural Resources Research and Education Center, AREEO, Urmia, Iran
مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان آذربایجان غربی،