Modern Genetics Journal

fa تجزیه و تحلیل ژنوم، رونوشت‌ها و ژن‌های متأثر از رخداد پیرایش در گندم نان Analysis of genomes, transcripts and genes affected by splicing in bread wheat ژنتیک گیاهی Subject 01 پژوهشی کامل Applicable <h1 dir="RTL" style="text-align:justify">گندم نان (Triticum aestivum L.) یک گیاه آلوهگزاپلوئید متشکل از سه ژنوم (A، B و D) است که از سه گونه دیپلوئیدی اجدادی از طریق هیبریداسیون‌های متعدد منشاء گرفته است. با وجود در دسترس بودن توالی ژنوم گندم و مطالعات انجام شده در مورد آن، همچنان می‌توان اطلاعات بیشتری در مورد ژنوم و ترانسکریپتوم آن به‌دست آورد. در این تحقیق هدف استخراج اطلاعات توصیفی در مورد ژن‌ها و رونوشت‌های گندم و بررسی شباهتها و تفاوتهای موجود در ژنوم‌های مختلف گندم از موادری مانند تعداد ژن‌ها و رونوشت‌ها، چگالی ژنی، تعداد اینترونها، پیرایش متناوب و همچنین مقایسه شاخص‌هایی مانند طول CDS، UTR و درصد GC بود. نتایج نشان داد که چگالی ژن در گندم حدود 5/7 می‌باشد و ژنوم D نسبت به دو ژنوم دیگر چگالی بالاتری دارد. به‌علاوه علی‌رغم تفاوت در میانگین طول ژن و اینترون، شباهت بسیاری در میانگین طول اگزون، رونوشت و طول ناحیه کدکننده (CDS) در ژنومهای A، B و D دیده شد. مقایسه رونوشتها و ژنها نشان داد که تقریباً 80 درصد ژنها دارای اینترون بوده و رخداد پیرایش متناوب تقریباً در 16 درصد ژنها اتفاق افتاده است. بخش عمده پیرایشها در ناحیه کدکننده رونوشتها و بخش کمی در ناحیه UTR صورت میگیرد. همچنین در ناحیه کدکننده (CDS)، فراوانی پیرایش در بین کدون بیش از پیرایش در درون کدونها بود. اکثر رونوشتها در گندم دارای UTR بوده و  حدود 10 درصد از UTRها دارای uORF میباشند. اگرچه تغییرات GC برای ژنها، رونوشتها، اینترونها و UTR، بین 30 تا 80 درصد بود با این وجود بررسی ارتباط تغییرات درصد GC با طول موارد اشاره شده الگوی متفاوتی را نشان داد. در نهایت می‌توان گفت با وجود تفاوت در منشأ ژنوم‌های گندم وجود شباهت‌های بسیاری از نظر طول کروموزوم، چگالی ژن، پیرایش متناوب و پارامترهای مختلفی از جمله طول CDS، طول UTR و درصد GC قابل ‌توجه میباشد.</h1> <div style="text-align: justify;">Bread wheat (Triticum aestivum L.) is an allohexaploid plant consisting of three genomes (A, B and D) that originated from three ancestral diploid species via multiple hybridizations. Despite the availability of the wheat genome sequence and the related studies conducted, more information about its genome and transcriptome can still be obtained. The aim of this study was to extract descriptive information about wheat genes and transcripts and investigate the similarities and differences of wheat genomes from different points of view such as number of genes and transcripts, gene density, number of introns, alternative splicing, CDS and UTR length, and GC content. Results showed that the gene density in wheat is about 7.5 and the D genome has a higher density than the other two genomes. In addition, despite the difference in the average of genes and introns lengths, high similarities were found in the average of exon, transcripts, and coding region lengths of A, B, and D genomes. Comparison of transcripts and genes represented approximately 80% of the genes contained introns. This comparison also revealed alternative splicing occurred in approximately 16% of the genes. Our study showed most of the splicing sites occur<s>s</s> in the CDS and a small part of the UTR region. By focusing on CDS regions, more abundance of splicing was observed between codons than within codons. It was also shown most of wheat transcripts contain UTR and almost 10% of UTRs contain uORF. Although the amount of GC content of genes, transcripts, introns and UTRs were between 30-80 percent, the relationship between GC content and the length of mentioned cases showed a different pattern. Finally, it could be concluded, despite differences in the origin of bread wheat genomes, many similarities in terms of chromosome length, gene density, alternative splicing and various parameters such as CDS length, UTR length and GC percentage would be seen.</div> اینترون, بیوانفورماتیک, رونوشت, محتویGC, ناحیه غیر ترجمه شونده Bioinformatics, Intron, GC content, Transcript, Untranslatable region 59 72 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-159-3&slc_lang=fa&sid=1 Diba Andalibi دیبا عندلیبی diba.andalibi@gmail.com 10031947532846008573 10031947532846008573 No University of Zanjan دانشگاه زنجان Ehsan Mohseni Fard احسان محسنی فرد mohsenifard.ehsan@znu.ac.ir 10031947532846008574 10031947532846008574 Yes University of Zanjan دانشگاه زنجان Morteza Barati مرتضی براتی mbaraty@znu.ac.ir 10031947532846008575 10031947532846008575 No University of Zanjan دانشگاه زنجان