Modern Genetics Journal

fa پویش ژنومی نشانه‌های انتخاب و ژنهای کلیدی مرتبط با اختلال ژنتیکی ناشنوایی در سه نژاد سگ مبتنی بر داده های ریزآرایه Genomic scanning of selection signature and key genes associated with the genetic deafness disorder in three dog breeds based on microarray data ژنتیک جانوری Subject 02 پژوهشی کامل Applicable عملکرد شنوایی برای سگسانان به جهت ابزاری مهم ارتباطی حیوان با محیط اهمیت زیادی دارد و شناسایی ژنومیکس صفت شنوایی و اختلال ناشنوایی از افقهای تحقیقاتی مهم در این زمینه می باشد. با این انگیزه تحقیقاتی، هدف پژوهش حاضر، شناسایی نواحی تحت انتخاب مربوط به ناشنوایی در اطلاعات موجود ژنوم سه نژاد سگ (استرالین کتل داگ، دالماتین و انگلیش ستر) می&rlm;باشد. بدینمنظور، از داده های ژنوتیپی حاصل از تراشه های 220 هزارتایی نشانگرهای تک نوکلئوتیدی  مربوط به مجموع  ۵۰۳ سگ از این سه نژاد استفاده شد. جهت تجریه و تحلیل داده های بیوانفورماتیکی، کنترل کیفیت و پیش پردازش داده&rlm; های خام توسط نرم افزار plink انجام شد. برای فیلترینگ داده &rlm;های ژنومی از معیار&rlm;های فراوانی نمونه &rlm;های تعیین ژنوتیپ شده، نرخ تعیین ژنوتیپ نشانگر&rlm;ها در هر نمونه، تعادل هاردی-واینبرگ و فراوانی آلل نادر (MAF) استفاده گردید، و در نهایت تعدادنشانگرهای باقیمانده بعد از انجام مراحل مختلف کنترل کیفیت، به مجموع ۶۲۰۲۶  نشانگر رسید. همچنین، جهت شناسایی نشانه&rlm; های انتخاب از روش&rlm;های مبتنی بر تمایزفراوانی آللی (Fst) و توالی های متوالی هموزیگوت (ROH) استفاده شد. در نهایت،  ژن های واقع در نواحی تحت انتخاب با استفاده از وب سایتهای بیوانفورماتیکی شناسایی شدند. بطور خلاصه نتایج نشان داد که ژن‌های مختلفی از جمله SOX10،KIT، PAX3، MITF ،CDH23 ، CD164 ،MYO15A  واقع بر کروموزوم‌های مختلفی در بروز اختلال ناشنوایی این سه نژاد سگ نقش دارند. این مطالعه اولین مطالعه در زمینه شناسایی نشانه های انتخاب مرتبط با  ناشنوایی در این سه نژاد محسوب می&rlm;شودکه می&rlm;تواند منبع اطلاعات ارزشمندی در راستای شناسایی ژن&rlm;های مرتبط با  ناشنوایی در این سه نژاد فراهم کند. <div style="text-align: justify;">Identifying genomic regions under selection is a key strategy in biological research, particularly in animal genetics. This study aimed to identify selected regions associated with deafness in three dog breeds: Australian Cattle Dog, Dalmatian, and English Setter. Genotypic data from 220,000 single nucleotide polymorphism chips from 503 dogs were analyzed. Data quality control was performed using PLINK, employing criteria for sample genotyping frequency, marker genotype rates, Hardy-Weinberg equilibrium, and minor allele frequency (MAF). After quality filtering, 62,026 markers remained. Selection signatures were detected using allele frequency differentiation (Fst) and sequential homozygous runs (ROH). Genes in selected regions were identified via bioinformatics databases. The results revealed several genes—including SOX10, KIT, PAX3, MITF, CDH23, CD164, and MYO15A—located on various chromosomes, as contributors to deafness in these breeds. This study is among the first to identify selection signatures associated with deafness in Australian Cattle Dog, Dalmatian, and English Setter breeds.</div> سگ‌ های استرالین کتل داگ, دالماتین, انگلیش ستر, مناطق ژنگانی, ناشنوایی, نشانه انتخاب Australian cattle dog, Dalmatian, English setter, regions genome, deafness, signature selection 35 45 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-264-3&slc_lang=fa&sid=1 Farnaz Ghaffari فرناز غفاری farnaz.ghaffari9933@gmail.com 10031947532846008691 10031947532846008691 No Shahid Bahonar University of Kerman دانشگاه شهید باهنر کرمان Elaheh Rostamzadeh Mahdabi الهه رستم زاده rostamzade.eli30@yahoo.com 10031947532846008690 10031947532846008690 No Shahid Bahonar University of Kerman دانشگاه شهید باهنر کرمان Masood Asadi Fozi مسعود اسدی فوزی Masadi@uk.ac.ir 10031947532846008692 10031947532846008692 No Shahid Bahonar University of Kerman دانشگاه شهید باهنر کرمان Ali Esmailizadeh علی اسمعیلی زاده aliesmaili@uk.ac.ir 10031947532846008693 10031947532846008693 Yes Shahid Bahonar University of Kerman دانشگاه شهید باهنر کرمان