fa شناسایی ایندل‌ها در ژنوم سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی‌یابی کل ژنوم ژنتیک جانوری Subject 02 پژوهشي کوتاه Research <h1 dir="RTL" style="text-align: justify;"><span style="font-family:tahoma;"><span style="font-size:14px;">حذف و درج (ایندل) یکی از اجزای اصلی تنوع ژنتیکی و فنوتیپی است که نسبت به چند ریختی‌های تک نوکلئوتیدی و تنوع‌های ساختاری کمتر مورد توجه قرار گرفته است. <span style="color:black;">به‌منظور شناسایی ایندل‌های موجود در ژنوم سگ و گرگ ایرانی و ارزیابی گروه‌های عملکردی مرتبط با آن‌ها، 5/287 گیگابایت داده حاصل از توالی‌یابی کل ژنوم شش قلاده سگ (دو سگ تازی از استان کردستان و یک سگ قهدریجانی از استان اصفهان) و گرگ (از استان‌های تهران، همدان و کرمان) با میانگین عمق پوشش </span><span dir="LTR"><span style="color:black;">X</span></span><span style="color:black;"> 16 و درصد همپوشانی 47/99 با ژنوم مرجع سگ</span> آنالیز شد. در این تحقیق برای افزایش دقت و صحت ایندل‌‌‌های شناسایی شده، از الگوریتم قدرتمند شناسایی واریانت (<span dir="LTR">HaplotypeCaller</span>) استفاده شد<span dir="LTR">.</span><span style="color:black;"> بیش از سه میلیون ایندل (باز 73-1) حاصل شد. اکثر ایندل‌ها (18/95 درصد)</span> <span style="color:black;">کوچک‌تر از 10 باز بودند. </span>مقایسه نتایج مستند‌سازی <span style="color:black;">ایندل‌های</span> ژنوم در سگ و گرگ نشان داد که درصد <span style="color:black;">ایندل‌های </span>ژنوم در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه (<span dir="LTR">RNA utr </span>ʹ3) در سگ بیش‌تر از گرگ است. بنابراین فرآیند اهلی‌سازی احتمالاً سبب افزایش تنوع ژنتیکی در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه <span dir="LTR">RNA</span> (<span dir="LTR">utr</span>ʹ3) شده‌است. </span></span></h1> Insertions and deletions (INDELs) are one of the main events contributing to genetic and phenotypic diversity, which have received less attention than SNPs and large structural variations. A total of 287.5 GB of data resulting from whole genome sequencing of six dog and wolf genomes with mean depth and coverage (percentage of mapping to genome reference) of 16X and 99.47, respectively, were analyzed to detect INDELs and assessment of their related functional groups, More than three million INDELs (1-73 bp) were detected. In this study, powerful algorithm (HaplotypeCaller) was used to increase precision and accuracy of detected INDELs. Most of the INDELs (95.179.9%) were smaller than 10bp. Results of INDELs annotation showed that the percentage of INDELs in exon and 3&acute; utr regions in dog genome was more than that in wolf genome, indicating that the domestication process has targeted the genomic variation in the exon and utr&#39;3 regions. اهلی‌سازی سگ ایندل ژن آنتولوژی گروه‌های عملکردی Domestication dog, functional groups, gene ontology, INDELs 85 88 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-1-13&slc_lang=fa&sid=1 Z Amiri Ghanatsaman زینب امیری قنات‌سامان 1003194753284600185 1003194753284600185 No بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران و عضو انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان A Esmailizadeh Koshkoiyeh علی اسمعیلی‌زاده کشکوئیه aliesmaili@uk.ac.ir 1003194753284600186 1003194753284600186 Yes بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران M Asadi Fozi مسعود اسدی‌فوزی 1003194753284600187 1003194753284600187 No بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران