fa شناسایی، همسانه‌سازی و بررسی برخی ژن‌های ضد میکروبی دیفنسین گیاه یولاف Avena sativa ژنتیک گیاهی Subject 01 پژوهشی کامل Applicable <h1 dir="RTL" style="text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:tahoma;">ظهور و گسترش مقاومت آنتی بیوتیکی در میان باکتری‌های بیماری‌زا یک تهدید جدی سلامت عمومی در جهانی است. به خاطر افزایش مقاومت به آنتی بیوتیک‌های مرسوم، بیشتر مطالعات روی توسعه پپتیدهای ضد میکروبی به‌عنوان یک درمان جایگزین متمرکز شده‌اند. دیفنسین‌ها گروهی از پپتیدهای ضد میکروبی غنی از سیستئین هستند که در گیاهان و جانوران وجود دارند. این پپتیدها در گیاهان به‌عنوان یک مکانیسم دفاعی علیه پاتوژن‌ها و آفات عمل می‌کنند. هدف از این تحقیق، شناسایی برخی از ژن‌های دیفنسین از گیاه یولاف و بررسی ویژگی‌های آن‌ها بود. به این منظور، خانواده ژنی دیفنسین گیاه گندم از بانک ژن دریافت و علیه ترانسکریپتوم گیاه یولاف مورد همردیفی قرار گرفت. توالی‌های حاصل از هم‌ردیفی جمع‌آوری و سرهم‌بندی شدند و سپس کانتیگ‌ها و سینگلتون‌های به‌دست آمده با استفاده از ابزار <span dir="LTR">BLASTn</span>، علیه پایگاه داده نوکلئوتیدی هم‌ردیف شدند. توالی‌های حاصل برای وجود چارچوب خوانش باز کامل بررسی و از توالی‌های حاوی چارچوب خوانش باز کامل برای طراحی آغازگرها استفاده شد. در مرحله‌ی بعد، از مخلوط بافت‌های (ریشه، ساقه و برگ) گیاه یولاف استخراج <span dir="LTR">RNA</span> صورت گرفت و <span dir="LTR">cDNA</span> ساخته شد. قطعات 327، 340، 375، 391 و 397 جفت‌بازی بوسیله <span dir="LTR">PCR</span> تکثیر و در ناقل <span dir="LTR">pTZ57R/T</span> همسانه سازی و توالی‌یابی شدند. نتایج آنالیز بیوانفورماتیکی، وجود 9 توالی کد‌‌کننده برای ژن‌های دیفنسین را در ترانسکریپتوم گیاه یولاف مشخص کرد. از این تعداد 5 ژن همسانه‌سازی و تعیین توالی شدند. این ژن‌ها دارای چارچوب‌های خوانش باز بین 246-234 بودند و پپتیدهایی به طول بین 81- 77 اسید آمینه را کد می‌کردند. توالی پپتیدی دیفنسین‌های شناسایی شده، دارای دمین عملکردی <span dir="LTR">Knot1</span> از خانواده <span dir="LTR">gamma-thionin</span> بود. شناسایی ژن‌ها و بررسی خصوصیات آن‌ها، اولین قدم در مهندسی ژنتیک و تولید موجودات با صفات مفید است. در این تحقیق برای اولین بار، توالی کد‌کننده‌ی 5 ژن دیفنسین از گیاه یولاف جداسازی شد و ساختار و ویژگی‌های مختلف آن‌ها مورد بررسی قرار گرفت.&nbsp; </span></span></h1> The emergence antibiotic resistant among pathogenic&nbsp;bacteria has become a serious&nbsp;threat to global&nbsp;public&nbsp;health in recent decades. With regards to the increasing prevalence of resistance&nbsp;to conventional&nbsp;antibiotics, many&nbsp;studies have focused on the development&nbsp;of antimicrobial peptides as an alternative antibacterial&nbsp;therapy. Defensins, are group of cysteine-rich antimicrobial peptides that are present in animals and plants. They are as components of the host defense system which acts against pathogens and pests. The purpose of this study was to identify, clone and characterize of some defensins genes from oat plant. For this purpose, the complete gene family of wheat was retrieved from GenBank and aligned&nbsp;against oat plant transcriptome. The resulted sequences were assembled and obtained contigs&nbsp;and&nbsp;singletons&nbsp;were aligned against nr database using BLASTn tools. The results were evaluated for the presence of complete ORF and sequences with complete ORF were used for primer designing. Then, the total RNA was extracted from oat pooled tissues and cDNA were synthesized. The fragments were amplified, cloned in pTZ57R/T vector and sequenced. The results of bioinformatics analysis, confirmed the presence of the nine genes encoding defensin in oat plant transcriptome. Five of these genes were cloned and sequenced. These genes contained the&nbsp;complete ORFs between 234-246 bp that produced peptides with length 77-81 amino acids. In addition, identified defensins comprised Knot1 functional domain from the gamma-thionin family. Identification&nbsp;and characterization&nbsp;of genes is the first step in the genetic engineering and production of organisms with favorable traits.&nbsp; In this study for&nbsp;the&nbsp;first&nbsp;time,&nbsp;the complete coding sequence of five defensin genes were isolated and characterized from the oat plant. بیوانفورماتیک پپتیدهای ضد ‌میکروبی دیفنسین‌های گیاهی Avena sativa Antimicrobial peptides, Bioinformatics, Plant defensin, Avena sativa 503 512 http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-1-59&slc_lang=fa&sid=1 S Emamifar سارا امامی‌فر 1003194753284600378 1003194753284600378 No گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه سمنان، ایران Sh Abolmaali شمس الضحی ابوالمعالی 1003194753284600379 1003194753284600379 No گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه سمنان، ایران M Mohammadi محسن محمدی mohamadi419@yahoo.com 1003194753284600380 1003194753284600380 Yes گروه بیوتکنولوژی و فارماکوگنوزی، دانشکده داروسازی دانشگاه علوم پزشکی لرستان، خرم آباد، ایران SM Sohrabi سید محسن سهرابی 1003194753284600381 1003194753284600381 No گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران