ویروس‌های گیاهی باعث بسیاری از بیماری‌های مهم می‌شوند و مسئول کاهش عملکرد و کیفیت محصول در سراسر جهان هستند. شناسایی سریع و دقیق ویروس‌ها در یک نمونه برای سرویس‌های بازرسی،  قرنطینه و مدیریت بیماری مطلوب است. به‌تازگی، تکنیک‌های تعیین توالی نسل بعد (NGS) که نمایانگر یک رویکرد انعطاف‌پذیر در ردیابی پاتوژن گیاهی است، توسعه یافته است. از سال 2009، تکنیک‌های NGS در برخی نواحی ویروس شناسی گیاهی متشکل از توالی‌یابی ژنوم ویروس یا ویروئید، ردیابی و شناسایی، اکولوژی و اپیدمیولوژی آغاز به‌کار کرده است. تکنیک‌های NGS سریع، بسیار کارآمد و کم هزینه هستند و امکان توالی‌یابی چندین گیگابایت داده را در چند ساعت فراهم می‌سازند. در واقع، یک رویکرد عمومی برای شناسایی ویروس یا ویروئید است که نیازی به شناخت قبلی از میزبان یا ویروس ندارد. تنها با تعیین توالی کل آر.ان.ای‌های کوچک در یک اجرای NGS، شناسایی ویروس‌های دارای دی.ان.ای یا آر.ان.ای و ویروئیدها امکان‌پذیر می‌شود. در این مقاله، به پیشرفت‌های اخیر در به‌کارگیری تکنیک‌های NGS برای تشخیص ویروس‌ها و ویروئیدها در میزبانان آن‌ها پرداخته شده است.