سدها به طور بالقوه می‌توانند بر اندازه جمعیت و ارتباطات میان آن‌ها، کاهش تنوع ژنتیکی و افزایش تفاوت‌های ژنتیکی در میان جمعیت‌های ماهی رودخانه‌ای اثر بگذارند. بنابراین در این تحقیق، اثر سد شهید رجایی بر تنوع ژنتیکی سیاه ماهی در رودخانه تجن با استفاده از توالی‌های ژن سیتوکرومb  مورد بررسی قرار گرفت. نمونه‌های سیاه ماهی از بالادست و پایین دست سد جمع‌آوری شدند. توالی یابی و تجزیه و تحلیل این ژن 11هاپلوتیپ را در نمونه‌ها نشان داد و تنوع نوکلئوتیدی و هاپلوتیپی به‌ترتیب 00062/0، 00939/0، 37778/0 و 70526/0 برای جمعیت‌های بالادست و پایین دست بود. تجزیه و تحلیل واریانس مولکولی (AMOVA)، 45/88 درصد از تغییرات ژنتیکی موجود در درون جمعیت و 21/6 درصد از تغییرات ژنتیکی در میان جمعیت‌ها را نشان داد. تجزیه و تحلیل پارامتر F_ST نشان داد که تفاوت ژنتیکی معنی‌داری بین جمعیت‌های مورد مطالعه وجود دارد. در مجموع می‌توان گفت تمایز ژنتیکی قابل ملاحظه‌ای در بین جمعیت‌های بالادست و پایین دست سیاه ماهی در رودخانه تجن مشاهده شد (05/0 = P). هر چند باید با احتیاط در مورد این نتیجه‌گیری صحبت کرد زیرا در این تحقیق فقط از یک ژن استفاده شده‌است. برای نتیجه‌گیری بهتر توصیه می‌شود از سایر ژن‌ها و هم‌چنین از سایر شاخص‌های ژنتیکی دیگر از قبیل ریز مارهواره‌ها استفاده شود و به علاوه مطالعات مشابه نیز در سایر مناطق انجام شود.