دوره 14، شماره 4 - ( 11-1398 )                   جلد 14 شماره 4 صفحات 357-366 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Comparative Evaluation of Boosting, SS-GBLUP, SS-BayesA Methods: Consideration of Genomic Data Imputation. MGj. 2020; 14 (4) :357-366
URL: http://mg.genetics.ir/article-1-128-fa.html
نادری یوسف، استقامت اورنگ. ارزیابی مقایسه‌ای روش‌های Boosting، SS-GBLUP و SS-BayesA: با در نظرگرفتن ایمپیوتیشن داده‌های ژنومی. فصلنامه علمی ژنتیک نوین. 1398; 14 (4) :357-366

URL: http://mg.genetics.ir/article-1-128-fa.html


دانشگاه آزاد واحد آستارا
چکیده:   (568 مشاهده)

امروزه جهت غلبه بر محدودیت ژنوتایپینگ برخی از حیوانات، مدل‌های تک مرحله‌ای پیشنهاد شدند. مدل‌های پیش‌بینی ژنومی تک مرحله‌ای با توجه به عملکرد بالا و برآورد ارزش اصلاحی ژنومی هم‌زمان برای حیوانات ژنوتیپ‌شده و نشده، تبدیل به ابزاری غالب در ارزیابی ژنومی دام‌های اهلی شدند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی نقش روابط خویشاوندی ژنومی بین جمعیت مرجع و تأیید و معماری‌های مختلف ژنومی بر عملکرد روش‌های بوستینگ و تک مرحله‌ای بیز A و GBLUP با در نظر گرفتن ایمپیوتیشن (Imputation) داده‌های ژنومی شبیه‌سازی‌شده بود. بدین منظور، جمعیت‌های ژنومی برای سطوح مختلف تعداد جایگاه­های صفات کمی (10، 100 و 1000) بر روی 29 کروموزم شبیه‌سازی شدند. برای شبیه­سازی شرایط واقعی، به‌طور تصادفی اقدام به حذف (70 درصد) برخی نشانگرها نموده و در مرحله بعد از طریق نرم‌افزار Flmpute اقدام به ایمپیوتیشن و پیش‌بینی نقاط گم ‌شده نموده و صحت ایمپیوتیشن مورد ارزیابی قرار گرفت. در نهایت دادهای اصلی و ایمپیوتیشن با استفاده از روش‌های بوستینگ و تک مرحله‌ای بیز A و تک مرحله‌ای GBLUP جهت پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی طی نسل‌های G1 و G3 مورد ارزیابی قرار گرفتند. بر طبق نتایج، صحت پیش‌بینی ژنومی برای افراد ژنوتیپ‌نشده در مقایسه با افراد ژنوتیپ‌شده با شدت بیشتری تحت تاثیر روابط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و تأیید در هر دو سری داده ایمپیوتیشن و اصلی قرار گرفت. کمترین میزان صحت پیش‌بینی ژنومی برای افراد ژنوتیپ‌شده در هر دو سری داده ایمپیوتیشن و اصلی برای روش بوستینگ مشاهده شد. در مقایسه با روش‌های تک‌مرحله‌ای بیز A و بوستینگ، روش تک مرحله‌ای GBLUP عملکرد بالاتری در تعداد بالای QTL نشان داد. به‌طور کلی وجود روابط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و تائید نقش مهمی در آنالیز روش‌های تک مرحله‌ای و Boosting ایفا کرد، با این حال سودمندی روش تک مرحله‌ای بیز A هنگامی که صفات تحت تاثیر تعداد کمتر QTL قرار گیرند، مشهودتر بود.

متن کامل [PDF 489 kb]   (69 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشی کامل | موضوع مقاله: ژنتیک جانوری
دریافت: 1398/7/17 | پذیرش: 1398/12/15 | انتشار: 1398/12/15

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


کلیه حقوق این وب سایت متعلق به فصلنامه علمی ژنتیک نوین می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2020 All Rights Reserved | فصلنامه علمی ژنتیک نوین

Designed & Developed by : Yektaweb